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①药品辨义识语：原在目录之后，且无标题。今移至目录之前，根据文义增加此标题。
顾焉文 ② 曰：“今人大凡四民 ③ 不就，计习于医，以及羽流 ④ 、释子，不安本位者，咸窜业于斯，通都之市，悬壶者载道。概欲务趋简易，不乐博搜，或诵病症之歌括，记汤头之口诀，以为道在是矣。又有时遭丧乱，士子不屑功名，亦往往借医糊口，大都亦浮猎《脉经》，略明物理，遽欲妄操司命之职，至如《本经》《别录》 ⑤ 、甄权 ⑥ 、李杲 ⑦ 、日华 ① 诸书，暨昭代 ② 名家发明、注疏等集 ③ ，皆蔑焉罔闻，藐视轻忽，以为此其迂者耳。于是治病，先自茫昧，将何所挟持，以为缮生救死之本耶？”
②顾焉文：顾元交，字焉文，江苏毗陵（今江苏武进）人，清代医家，辑有《本草汇笺》。
③四民：士、农、工、商。
④羽流：指道人、道士。
⑤《本经》《别录》：指《神农本草经》《名医别录》。原书早佚，佚文见于《证类本草》等书中。《名医别录》约成书于汉末，是秦汉医家在《神农本草经》一书基础上补记药性功用及新增药物品种而成。
⑥甄权：唐代医家，撰有《药性论》。原书已佚，佚文见于《证类本草》《本草纲目》等书中。
⑦李杲：金代医家，字明之，号东垣老人，真定（今河北正定）人，撰有《脾胃论》《兰室秘藏》《药性赋》《医学发明》《内外伤辨惑论》等。
①日华：指日华子，五代人（一说宋代人），撰有《大明本草》（又称《日华子诸家本草》）。原书早佚，佚文散见于《证类本草》等书中。
②昭代：指政治清明的时代，常用以称颂本朝或当今时代。
③发明、注疏等集：指明代皇甫嵩《本草发明》、缪希雍《神农本草经疏》等书。
“予曾谓历代名医俱各有得手处，近如王损庵 ④ 从《内经》得手，缪仲淳 ⑤ 从《本草》得手。曾读损庵之论本草曰：‘勿看主治。’曰：‘不看主治，又何以知药性也？’曰：‘天岂为病而生药哉？大抵草木得气之偏，人得气之全，偏则病矣，以彼之偏，辅我之偏，医学所由设也。’ ⑥ 盖《内经》、药理两造其极，仲淳《经疏》之旨，九如《化义》之奥，先生早已数语尽之。每见有精于药理者，稍通经义，用药中病，即同游刃。假令《灵》《素》之书日攻，而藐视本草为粗学，与之空谈，真能夺席，及夫临症，下手即讹。可见药理之不可不参验其体、色、性、味，‘考其何时苗，何时花，何时实，以何时萎，则知其禀何气而生。凡见某病，为何气不足，则可以此疗之矣’ ⑦ 。（《灵枢·邪客篇》论不得卧者，因厥气客于脏腑，则卫气独卫其外，行于阳，不得入于阴。行于阳，则阳气盛，阳气盛，则阳跷满，不得入于阴，阴虚，故目不瞑，治之以半夏汤。夏至而后一阴生，半夏茁其时，则知其禀一阴之气而生，所以能通行阴之道。五月阳气尚盛，故生必三叶，其气薄，为阳中之阴，故能引卫气从阳入阴。又其味辛能散，阳跷之满得泄，故饮之而阴阳通，其卧立至矣。李明之 ① 治王善夫小便不通，渐成中满，是无阴而阳气不化也。凡利小便药，皆淡味渗泄为阳，止是气药，阳中之阴，所以不效。随处以禀北方寒水所化，大苦、寒、气味俱阴者，黄柏、知母，桂为引使，为丸投之，溺出如涌泉。盖此病惟下焦真阴不足，故纯用阴中之阴，不欲干涉阳分及上、中二焦，故为丸，又令服之多也。《本草》何曾言半夏治不得卧，黄柏、知母利小便哉？若据主治而觅药性，亦何异刻舟求剑也。） ② ”
④王损庵：王肯堂，字宇泰，号损庵，金坛（今江苏金坛）人，明代医家，曾任翰林院检讨等官职，撰《证治准绳》《医论》《医辨》等，并辑有《古今医统正脉全书》。
⑤缪仲淳：缪希雍，字仲淳。
⑥“勿看主治”至“医学所由设也”：语本王肯堂《郁冈斋笔麈》卷一。
⑦“考其何时苗”至“则可以此疗之矣”：语本王肯堂《郁冈斋笔麈》卷一。
①李明之：李杲，字明之。
②“《灵枢·邪客篇》论不得卧者”至“亦何异刻舟求剑也”：语本王肯堂《郁冈斋笔麈》卷一。顾元交《本草汇笺·总略》“论治病宜通本草之原”条引用王肯堂此语。
“据损庵之言，以主治而觅药性，犹落第二义。仲淳既知药性本原，何不全提最上之旨，而又以主治逐节疏之，虽开后学悟门，实多此一番落索，印定后人眼目耶？今贾君之《化义》，可谓争上流而不争下流，青出前人矣。呜呼！州都之广，山川之奥，怀才抱道者，固不乏人，见知于世，亦有幸不幸焉。” ③
③“顾焉文曰”至“亦有幸不幸焉”：此三段文字，语本顾元交《本草汇笺·总略》“论治病宜通本草之原”条及“论药体色气味形性能力条别”条。
焉文又曰：“每质之诸青囊家，未有不以简而忽之。” ④ 然不知其精义入神之妙，直追往圣。或者已深达其妙，秘为独得，不欲彰其善，而反嫌其略，亦未可知。“即遍访渠同乡，亦罕有知者，不知其书，并不知其人。” ⑤ 予故不但不忍为己私，更补其所未备，日于诸学人搜采前贤名论，增辑《机要》 ① 。要知知其一说而不其又有一说，会而观之，急为表章，公之宇内，务期必先无误于世，庶使业是术者，知药理之如是，非可苟焉。至于事亲保身者，亦不为庸工所惑矣。
④“焉文又曰”所述，语本顾元交《本草汇笺·总略》“论药体色气味形性能力条别”条。
⑤“即遍访渠同乡”至“并不知其人”：此亦为顾元交之语，语本顾元交《本草汇笺·总略》“论药体色气味形性能力条别”条。
①《机要》：指明代李中梓《本草通玄·用药机要》，尤乘《药品辨义·用药机要》对其有所增补。
康熙辛未新正 ② 八日，无求学者尤乘识
②新正：指农历正月。