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有些癌症会遗传，或者说，如果有家族三代以内的至亲患癌，本人再患癌的概率会增加，但遗传因素在食管癌的发病原因中仅占很少的部分，即所谓的遗传易感性。现在，有越来越多的基因被证实和癌症相关，肺腺癌和 EGFR 、 ALK 基因突变相关，乳腺癌和 Brca-1 、 Brca-2 基因突变相关，恶性黑色素瘤和 KIT 、 BRAFV600 基因突变相关等，不胜枚举，且针对这些基因突变，目前已研发上市了一些靶向药物，整体有效性在80%以上，远高于化疗的40%。癌症的基因检测目前已经趋于成熟，20世纪80年代，人类提出了基因组计划，90年代开始付诸实施，2000年，人类宣布完成全基因组测序，这个曾花费数万亿金钱的生命工程终于完成了，而仅仅又过了十来年，如今，做一个人体的全基因组测序，所需花费仅在万元水平了，未来的成本还会更低。2013年，著名的好莱坞影星安吉丽娜·朱莉就是因为做了癌症基因检测，发现自己携带 Brca-1 基因突变，导致她未来罹患乳腺癌的概率是87%，所以她预防性地切除了乳房，将患癌概率降到5%，并在纽约时报上刊文“My Medical Choice”，引起强烈反响。所以，在血液基因检测日趋成熟的今天，做基因体检是有必要的。如果已经不幸患上癌症，并且癌症是由于某特定基因改变导致的，我们有理由相信，在未来，针对基因的精准治疗是可能实现彻底治愈的。
目前，我们尚未发现罹患食管癌确切的遗传易感性基因改变。对于后天的体细胞基因突变，我国大部分的食管癌是鳞状细胞癌，通常是多基因驱动导致的，目前尚无有针对性的靶向药物能起到较好的治疗效果。所以，仅就目前的医学水平，并不推荐食管癌患者常规进行基因检测。