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对于食管腺癌来说，胃食管反流病（gastroesophageal reflux disease，GERD）和肥胖是主要的危险因素，常发生在Barrett食管的基础上。Barrett食管是指食管下段的复层鳞状上皮被类似于胃肠道的单层柱状上皮所替代的一种病理表现。肥胖等原因常引起贲门括约肌松弛，导致胃液向食管反流，刺激食管下段的鳞状细胞黏膜，出现溃疡损伤，炎症修复，逐渐被腺细胞侵蚀占据，出现腺上皮化生，这种腺上皮替代鳞状上皮的改变最远可以出现在贲门以上5cm。历经Barrett食管-不典型增生（低级别，高级别）等阶段，少部分可逐渐发展成食管下段的腺癌。这就是食管腺癌的发生原理。因而，胃食管反流病和肥胖常是食管腺癌的危险因素和病因。