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科学家最早发现的干细胞是间充质干细胞，家族成员庞大。它的发现和命名经历了曲折的过程，是迄今在临床应用中最被寄予厚望的干细胞类型。
在普通大众眼里，干细胞似乎是一个新名词，是现代高科技的象征。其实，干细胞的发现，最早要追溯到1867年。德国病理学家尤利乌斯·科恩海姆（Julius Cohnheim），在研究伤口炎症时，偶然发现了干细胞。
科恩海姆出生于北普鲁士小镇德明（Demmin），17岁开始在柏林大学读书，博士研究生期间师从细胞病理学创始人鲁道夫·魏尔啸（Rudolf Virchow）。曾在北普鲁士军队担任外科军医，解决了困扰医学界13个世纪的难题——脓液的来源，提出脓液是发生炎症时从血管中渗出的无色血球，也就是大家熟知的白细胞。在炎症实验过程中，科恩海姆给动物静脉注射一种不溶性染料——苯胺，在动物损伤远端的部位，发现一些含有染料的细胞，包括炎症细胞和与纤维合成有关的成纤维细胞。由此推断，骨髓中存在一种非造血功能的干细胞。科恩海姆是世界上第一个提出骨髓干细胞概念的科学家。
骨髓干细胞发现一个世纪后，1974年俄罗斯青年科学家亚历山大·弗里登施泰因（Alexander Friedenstein）和同事亚历山大·马克西莫（Alexander Maximow）第一次从骨髓中分离出了这种干细胞。研究后发现，骨髓干细胞与大多数骨髓来源的造血细胞不一样，能够快速贴附到体外培养器皿上，呈旋涡状生长，产生成纤维细胞样克隆，且具有自我复制更新能力。弗里登施泰因及其同事还证实，接种骨髓细胞悬浮液后，每个干细胞可形成不同的克隆，且干细胞增殖数与集落数之间具有线性关系。每个干细胞就是一个成纤维细胞样集落形成单位（colony-forming unit fibroblast，CFU-F）。弗里登施泰因对骨髓干细胞进行了详细研究，还鼓励进行临床应用，治疗一些重大疾病。
1991年，美国凯斯西储大学（Case Western Reserve University）骨骼研究中心主任阿诺德·凯普兰（Arnold Caplan）教授，首次将骨髓来源的干细胞正式命名为“间充质干细胞（mesenchymal stem cell，MSC）”。认为，这种骨髓来源的间充质干细胞具有分化为骨、软骨、肌肉、骨髓基质、肌腱、韧带、脂肪和其他结缔组织的潜能，有时也称为“骨髓基质细胞（bone marrow stromal cell，BMSC）”。
2005年，国际细胞治疗协会宣布，首字母缩写词“MSC”为多潜能间充质基质细胞（mesenchymal stromal cell），与间充质干细胞的英文缩写词相同。由于来源于不同组织的细胞群，在基因表达和细胞分化能力上具有明显差异，却都被命名为间充质干细胞，以及不同实验室采用不同的细胞表面标志物来表征MSC，为避免概念模糊和歧义，2006年国际细胞治疗协会建议启用“多潜能间充质基质细胞”这个学术术语，不再使用“间充质干细胞”这个概念。
然而，间充质干细胞已经成了干细胞界的明星，红得发紫，建议基本没有被科学界采纳。2017年，“间充质干细胞”术语的命名人凯普兰又向科学界提出建议，将“间充质干细胞”改为“药用信号细胞（medicinal signal cell）”，又没有被科学界广泛采纳。凯普兰很无奈，即使是自己亲手创造的名词，从科学界也撤不回了，一直沿用至今。
自1991年以来，间充质干细胞研究炙手可热。截至2020年7月，利用美国国家医学图书馆开发的生物医学论文数据库（PubMed）进行检索，已发表的间充质干细胞论文超过了6.5万篇。进入21世纪后，论文数量呈爆发式增长，2000年100多篇、2010年3 000多篇、2019年7 000多篇……
间充质干细胞来源于胚胎发育中胚层，是一个庞大的干细胞家族，广泛分布于人体的脐带、胎盘、脂肪、骨髓、血液、羊水、乳汁、汗液、唾液、尿液、经血等组织中。间充质干细胞的分离纯化方法，包括组织块贴壁培养、胶原酶消化、密度梯度离心、免疫磁珠分选等，需要根据不同的组织材料，从中选用合适的一种或几种方法。
怎样判断制备的细胞是间充质干细胞呢？
主要根据以下几个方面进行鉴定。
主要包括：①贴壁生长。在体外塑料培养皿中培养时，具有贴壁生长特性。细胞呈旋涡状生长，形态类似成纤维细胞。②增殖活性高。具有较强的自我更新能力，在含血清的培养液里培养时，高度增殖。理论上可以无限制传代，原代培养细胞，一般可传10代以上。由于体外培养条件限制和分化因素影响，随着培养代数增加，会发生细胞形态扁平、细胞内颗粒增多等老化现象。③分化潜能。可分化为成骨细胞、软骨细胞和脂肪细胞。加入成骨诱导培养液2～3天后，细胞开始从长梭形缩短为多角形，胞体积增大，诱导14天后碱性磷酸酶阳性细胞大幅增加，茜素红S染色阳性，表现出成骨细胞特性。成软骨诱导21天后，细胞增殖减慢，形态扁平、宽大、多角、多分支，阿尔新蓝染色阳性，呈现蓝色。成脂诱导后，细胞质内开始出现细小脂滴，细胞排列无序，显微镜下可观察到高折光性脂滴，油红O染色显示脂肪细胞内有很多大颗粒状脂滴。
表面标志物或称“表面标记”。不同实验室可能会选择不同表面标志物组合，借助于流式细胞仪或免疫细胞化学等方法进行鉴定。如流式细胞仪的鉴定步骤：①收集细胞。取培养细胞（通常为细胞纯度较高、活力较好的第3代至第5代细胞），去掉培养液，胰酶消化，离心收集细胞，磷酸盐缓冲液洗涤3次。②抗体孵育。分别加入荧光标记的表面标记抗体，4℃孵育30分钟。③流式细胞仪分析。磷酸盐缓冲液洗去未标记抗体，1%多聚甲醛固定15分钟，流式细胞仪检测分析细胞表面不同簇分化抗原（cluster of differentiation，CD），即细胞在分化成熟和活化过程中出现或消失的表面标记。CD73、CD90、CD105呈阳性，阳性率不低于95%；CD45、CD34、CD14、或CD11b、CD79a、CD19呈阴性，阴性率不高于2%。
主要有通过染色体分析细胞遗传学改变、裸鼠试验验证致瘤性等。染色体核型分析结果显示，在体外长期培养条件下，间充质干细胞的细胞染色体核型无易位、倒位、缺失或复制、融合等异常变化。裸鼠皮下致肿瘤试验：细胞接种6周后，取半数动物进行剖检，实验组和对照组均应未发生结节或肿瘤形成。另外半数动物继续观察至第12周，进行病理检查，剖检接种部位，同时观察各淋巴结和器官，实验组和对照组应仍未见结节或肿瘤形成。
相对而言，间充质干细胞在成人体内分布广，数量大，不同年龄供体、不同类型组织来源的间充质干细胞，在发育分化能力和疾病治疗效果方面有时差异较大，在临床应用时应该引起足够重视。