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生殖器检查时以视诊与触诊为主。触诊是肛门、直肠检查最简便、有效的方法。
生殖器、肛门、直肠检查注意隐私保护，要与患者及家属进行有效沟通，向患者及家属详细告知检查目的并征得同意。当男医生检查女患者时，应有女医务人员或家属在场陪同。
阴茎（penis）为前端膨大的圆柱体，分头、体、根三部分。正常成年人阴茎长7～10cm，由3个海绵体（2个阴茎海绵体，1个尿道海绵体）构成。检查时依次检查包皮、阴茎头、阴茎颈、尿道口、阴茎大小和形态。
阴囊（scrotum）为腹壁的延续部分，囊壁由多层组织构成。阴囊内中间有一隔膜将其分为左右两个囊腔，每个囊腔内均含有精索、睾丸及附睾。检查时患者取站立位或仰卧位，两腿稍分开。先观察阴囊皮肤及外形，后进行阴囊触诊。方法是医生将双手的拇指置于患者阴囊前面，其余手指放在阴囊后面，起托护作用，拇指做来回滑动触诊，可双手同时进行，也可用单手触诊，依次检查阴囊皮肤与外形、精索、睾丸和附睾。
前列腺为男性特有。检查时取肘膝卧位，跪卧于检查床上。检查者示指戴指套（或手套），指端涂以润滑剂，缓慢插入肛门后向腹侧触诊 （图3-6-1） 。正常前列腺质韧富有弹性，可触及前列腺沟；前列腺单纯肥大时，表面光滑有韧感，无压痛及粘连，正中沟消失，老年人多见；急性前列腺炎时，可触及肿大伴明显压痛的前列腺；前列腺癌时，前列腺肿大、质硬、表面有硬结，无压痛。如需留取前列腺液，则在触诊的同时按摩前列腺进行留取。
图3-6-1 前列腺触诊
女性生殖器包括内外生殖器两部分，一般情况下不做常规体格检查。如全身性疾病疑有局部病变时可做外生殖器检查，如疑有妇产科疾病时应由专科医生进行检查。检查时患者应先排空膀胱，暴露会阴，仰卧于检查台上，两腿屈膝、外展，医生戴无菌手套进行检查。
肛门与直肠检查以视诊、触诊为主。检查时所发现病变应按时针方向记录病变部位，并注明患者受检时所取体位。常见体位见 图3-6-2 。
图3-6-2 常见肛门与直肠检查体位
正常肛周皮肤颜色较深，皱褶自肛门向外周呈放射状分布，提肛收缩肛门时皱褶更明显，做排便动作时皱褶则变浅。
肛门和直肠触诊，又称肛诊或直肠指诊，是肛门、直肠疾病检查最简便、有效的方法之一。检查时患者取肘膝位或左侧卧位，医生右手示指戴指套或手套，涂以润滑剂，置于患者肛门外口轻轻按摩，嘱患者张口呼吸，待肛门括约肌适应并放松后，示指再慢慢插入肛门、直肠内 （图3-6-3） 。先检查肛门及括约肌的紧张度，其次检查肛管及直肠内壁，注意黏膜是否光滑，有无压痛、肿块及波动感。
图3-6-3 直肠指检
直肠指诊时应注意以下五种异常改变：
1.直肠触痛明显，多因肛裂及感染引起。
2.触痛伴有波动感，多见于肛门、直肠周围脓肿。
3.直肠内触及柔软、光滑而富有弹性的包块，常为直肠息肉。
4.触及质硬凹凸不平的包块，应注意直肠癌。
5.指诊后指套表面染有黏液、脓液或血液，应留取标本送检。