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自2005年以来，国家卫生行政管理部门在全国医疗机构先后开展了“医院管理年”“医疗安全百日专项检查”“医疗质量万里行”“全国抗菌药物临床应用专项整治”等专题活动。其目的就是以社会效益为最高准则，提高医院管理水平，把持续改进医疗质量和保障医疗安全作为医院管理的核心内容，为人民群众提供优质、高效、安全、便捷的医疗服务，不断满足人民群众日益增长的医疗卫生需求。在此阶段，医院药学部门也随之把工作重点放到贯彻实施《中华人民共和国药品管理法》《麻醉药品和精神药品管理条例》《处方管理办法》《医疗机构药事管理规定》《抗菌药物临床应用指导原则》《关于加强全国合理用药监测工作的通知》《中国国家处方集》《卫生部办公厅关于抗菌药物临床应用管理有关问题的通知》《关于加强药事管理转变药学服务模式的通知》《关于加快药学服务高质量发展的意见》和《关于印发医疗机构处方审核规范的通知》等法律、法规、规章和规范性文件，积极推进临床合理用药。
2005—2009年全国“医院管理年”活动对药事质量管理与持续改进方面的主要要求是：医院药事管理委员会科学、规范开展工作，履行职责，对药事管理质量及药学服务质量实施管理与控制；贯彻落实《处方管理办法》，加强处方规范化管理，实行按药品通用名处方，开展处方点评工作，登记并通报不合理处方；遵循《抗菌药物临床应用指导原则》，制定和完善《医院抗菌药物临床应用管理实施细则》，坚持抗菌药物分级使用。开展临床用药监控，对过度使用抗菌药物的行为及时予以干预；加强和规范医疗机构麻醉药品、精神药品管理，加强处方开具、使用、保存管理，保证正常医疗需要，防止流入非法渠道；落实《医疗机构药事管理规定》，医疗机构药学部门建立“以患者为中心”的药学服务模式，开展“以合理用药为核心”的临床药学工作。配备专职临床药师，参与查房和疑难病症会诊、个体化给药方案设计等临床药学工作。医疗机构按照《药品不良反应报告和监测管理办法》开展药品不良反应监测工作。
2009—2011年“医疗质量万里行”活动中，药学部门的工作重点是：建立本机构药事管理组织，完善相关工作与管理制度并认真落实；贯彻落实《中国国家处方集》，制定本机构处方集，并认真组织培训、实施和评估工作，促进临床合理用药；认真落实处方点评制度，对处方实施动态监测及超常预警，对不合理用药及时予以干预；按照《抗菌药物临床应用指导原则（2015年版）》的规定，建立健全抗菌药物分级管理制度，明确各级医师使用抗菌药物的处方权限，切实采取措施推进抗菌药物合理应用工作；以严格控制Ⅰ类切口手术预防用药为重点，进一步加强围手术期抗菌药物预防性应用的管理。加强临床微生物检测、抗菌药物临床应用和细菌耐药监测工作，建立抗菌药物临床应用和细菌耐药预警机制；认真做好合理用药监测工作，按照监测工作方案的要求，认真、及时、准确地做好数据收集和上报工作；建立健全毒、麻、精、放等特殊药品的安全管理制度并认真落实；建立临床药师制，有明确的临床药师岗位职责和相应的临床药师工作与管理制度，明确其在医疗质量管理体系中的责任和任务并认真落实。
2016年8月，国家卫生和计划生育委员会公布了《三级和二级妇幼保健院评审标准》（2016年版）（国卫妇幼发〔2016〕44号），同年9月公布了《三级和二级妇幼保健院评审标准实施细则》（2016年版）（国卫办妇幼发〔2016〕36号），完善了妇幼保健院评审评价体系，促进妇幼保健院加强自身建设和管理，更好地履行妇幼公共卫生职能，不断提高医疗保健服务质量和水平。医院药学部门作为医院重要的专业技术部门之一，今后的工作重点将放在遵循PDCA（计划-实施-检查-改进）循环原理，在药事和药物使用管理持续改进方面，制订质量管理计划、组织实施、自我评价并不断提高，实现质量和安全的持续改进，促使医院药学学科的迅速发展。
药学部门布局设施和工作流程趋于合理，自动化信息化程度越来越高，管理趋于规范，为患者提供安全、及时、人性化的服务；建立突发事件药品供应与药事管理机制；建立“以患者为中心”的药学管理工作模式，开展以合理用药为核心的临床药学工作；制定、落实药事质量管理规范、考核办法并持续改进；建立临床药师制，开展临床药学工作。健全临床用药的监督、指导、评价制度；开展药物警戒工作，做好安全性监测、药品不良反应与药害事件的监测和报告、抗菌药物临床应用监测，协助做好细菌耐药监测；开设药师门诊、提供合理用药咨询服务，积极推广个体化给药方案；加强处方审核，落实处方点评制度，提高处方质量，保障合理用药；加强特殊药品的管理，包括麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品以及放射性药品的购置、使用与安全保管；提高患者与医师、护理人员对药学部门服务满意度。
医院药学从内容到任务涉及许多基础理论知识和现代应用技术，是一门系统的多学科交叉的新兴学科。医院药学的主要任务是以患者为中心，保证药品质量，保障患者用药安全、有效、经济。向患者提供优质的药学服务项目，是医院药学药事和药物使用管理持续改进的基本任务。主要工作内容有以下几个方面。
贯彻落实《中华人民共和国药品管理法》《医疗机构药事管理规定》，建立药事管理与药物治疗学委员会，根据国家及省级卫生行政部门法律、法规及规章，制定本医疗机构药事管理规章制度，对医院用药进行科学管理，使医院药学工作制度化、规范化、标准化，确保药学服务质量。
参加国家/省药品集中招标采购工作；规范药品供应目录管理，严把药品进院审核关；做好药品的在库养护。
药师运用专业知识与实践技能，根据相关法律法规、规章制度与技术规范等，对医师在诊疗活动中为患者开具的处方，进行合法性、规范性和适宜性审核，并做出是否同意调配发药决定的药学技术服务。
调配处方药品，做好用药交代；严格按照有关规定对麻醉药品、精神药品、终止妊娠或促排卵药品、高警示药品、易混淆药品、毒性药品、疫苗、“艾梅乙”专项药品以及营养药、激素类药品等进行管理，监督临床使用，履行保证患者安全、有效、经济用药的职责。配制自动化发药装置，对静脉药物集中开展调配，实施单剂量给药。
用药咨询是药师利用药学专业知识和工具向患者、患者家属、医务人员以及公众提供药物信息，宣传合理用药知识，交流与用药相关问题的过程。用药咨询的服务对象可包括患者、患者家属、医务人员和健康公众等。用药咨询的方式包括面对面咨询、电话咨询和互联网咨询。用药咨询内容包括药品的名称、用法用量、疗效、用药注意事项、药物间相互作用、贮存方法、药品不良反应识别及处置，以及特殊剂型指导、患者用药教育和疾病的预防等。药师提供用药咨询服务时，应根据咨询问题及服务对象的不同，进行有针对性的解答。
对患者进行合理用药指导，为患者普及合理用药知识，目的是加强患者用药知识，预防药品不良反应的发生，提高患者用药依从性，并降低用药差错的发生率。用药教育方式应包括语言教育、书面教育、实物演示、可视听辅助设备用药教育、宣教讲座、电话或互联网教育等。对门诊发药窗口的患者，宜以语言教育、用药注意事项标签等方式实施用药教育。当发药窗口无法满足患者用药教育需求时，应引导患者至相对独立、适于交流的环境中，以语言、书面、实物演示、视频演示、互联网在线教育等方式做详细的用药教育。教育住院患者应于患者床旁以语言、书面、实物演示、视频演示等方式进行。社区公众可采取集中宣教讲座、科普视频宣教、电话或互联网用药教育等方式进行用药教育，对重点人群及特殊人群可开展专题专项用药教育。
建立“以患者为中心”的药学工作模式，临床药师面向临床，全程参与临床用药，开展以合理用药为核心的临床药学工作，参与临床疾病的诊断、治疗，提供药学技术服务，维护患者用药权益。向医务人员提供药品信息，向患者提供药物咨询服务等，在药物治疗中发挥重要作用。主要通过药学门诊、药学查房、用药监护等方式实现。药学门诊是指医疗机构具有药学专业技术优势的药师对患者提供用药评估、用药调整、用药计划、用药教育、随访指导等一系列专业化服务。药学查房是指以临床药师为主体，在病区内对患者开展以安全、合理、有效用药为目的的查房过程，包括药师独立查房和药师与医师、护士医疗团队的联合查房。用药监护是指药师应用药学专业知识向住院患者提供直接的、负责任的、与药物使用相关的监护，以期提高药物治疗的安全性、有效性与经济性。
医疗机构为患者居家药物治疗提供个体化、全程、连续的药学服务和普及健康知识，开展用药评估、用药教育，帮助患者提高用药依从性，保障药品贮存和使用安全、合理，进而改进治疗结果。居家药学服务对象主要包括签约家庭医师服务的居民及易发生药物相关问题的重点服务人群。具体内容包括但并不限于以下内容：药物重整，药物治疗管理，用药咨询，用药教育，科普宣教，清理家庭药箱。
紧密结合临床用药需求，完善技术操作规程和监督检查制度，有计划地生产无市售品种的医院制剂、补充剂型及品种。
建立健全药品检验规范和检验制度，对医院各类药品质量进行抽查检验，从制剂原料、配制、保管、购进药品验收、发放、请领、使用等各环节，实施全面质量管理，确保药品质量，保证用药安全。
收集国内外药物信息资料，主要是药品生产、供应、使用以及疗效、毒副作用、配伍禁忌、用法、用量等。
监测医院用药差错及药品不良反应。开展血药浓度监测，药物基因检测等，为患者个体化用药提供支持。
结合临床开展临床药学研究，药物安全、合理应用的研究；临床药理学研究；药品不良反应与药物相互作用的研究；药物利用评价、药效学、药动学、生物利用度等研究。结合医院情况主动承担医院药物临床试验的相关工作。
做好药师在职规范化培训，对临床医务人员进行药学信息培训；完成药学进修生、实习生带教及教学工作；对患者、人民群众尤其是妇女儿童人群进行安全用药科普教育。
做好各类突发事件的药事应急预案管理，包括但不限于：突发公共卫生事件、火灾、停电、系统故障、调剂差错、设备故障、暴力事件等。
开展药事质控，结合国家公立医院绩效考核指标，运用质控工具制订院、科两级质控指标，从药品、药师、医疗处方行为3方面明确基础、环节、终末3个维度的质控体系。
本节中列举的药学服务内容以二级、三级妇幼保健院为主，一级妇幼保健院（站、所）根据工作需要参照执行。