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薏苡是我国最早被驯化的作物之一。河姆渡遗址出土过大量薏苡种子。据甲骨文形态披露，薏苡文化贯穿夏商时代，在我国出现的时间可能更早。南北朝时期，薏苡产地已由我国西南逐步传播到华北平原。如今薏苡广泛栽培于南北各地，除青海、甘肃、宁夏未见报道外，全国各地均有分布，其中贵州、福建、浙江、广西、云南、四川等地产量较大。薏苡产区的变迁一方面与它的生物学特性有密切关系，薏苡实质上是一种耐旱的水生作物，具有既抗旱又抗涝的双重特性，栽培适应性强；另一方面，薏苡籽实较大，比禾本科其他作物易于采集贮藏，因此成为我国远古最早被驯化的作物而得到广泛栽培。
上古时期，由于对水害规律认识不足、生产力水平低下以及对大自然的征服能力有限，人们在平原低地很难生存，一般都定居在山麓近河流的阶地上。薏苡是一种既抗旱又抗涝的作物，在沼泽、河岸、湖边、湿地及可灌溉的旱地都可以生长，甚至在水淹退水后还可以继续生长，而水稻、菰等作物较难适应低地排水不良、旱涝无常的环境。正因为客观因素的严苛和不确定性，以及薏苡自身抗水淹性、湿生性和抗旱性，所以薏苡成为早期人类的主要作物，被普遍采摘、种植和食用。
薏苡文字记载最早可追溯到黄帝时期，《山海经·海内西经》中曰“……帝之下都。昆仑之墟……。有木禾……”；《史记·夏本纪》（第二卷）云“父鲧妻脩己，见流星贯昴，梦接意感，又吞神珠薏苡，胸坼而生禹”；《周书·王会》中云“康民以桴苡，桴苡者，其实如李，食之宜子”。黄帝位于中原地带，禹为蜀人在西南，康民即西戎于西北，河姆渡在东南，而《周书·王会》中描绘的是商周时期采食薏苡的情况，从而说明古时薏苡已有广泛的分布。
随着生产力水平的不断提升，人类发明生产工具对耕作环境进行改造，一些禾谷类作物如水稻、粟、黍、麦等不仅生产量高，而且适于集约化栽培，且具有含高硅酸盐、密实不透气的颖壳，能够防止昆虫、微生物、水汽的侵害，便于长期储存。而薏苡仁虽然有着更为坚硬的珐琅质总苞，但并非密不透气，其上下两端均有茎芽和胚根生长的出口，这便成了昆虫、病菌、水汽侵入的通道，使薏苡仁在较短时间内发生虫蠹和霉变。因此薏苡逐渐退出主要栽培作物行列。
尽管薏苡逐渐退出主要栽培作物行列，但由于其无法被替代的优点，薏苡在我国各地仍有种植。《名医别录》中载“薏苡仁生真定平泽及田野”，真定即今河北省正定县；《开宝本草》中载“今多用梁汉者，气劣于真定”；《后汉书·马援传》中云“……援在交趾，尝饵薏苡实……”，交趾为今西南与越南交界处；《千金食治》中言“……蜀人多种食之”，蜀即今四川、重庆一带。
薏苡的种植产地，曾经最为活跃的是中原地区，在经历了人类历史上的几次气候生态环境的演变后，发生了相应的迁移，从最初的河南信阳和湖南隆回等地逐渐向南（贵州、广西、云南等地）、向东（江苏、浙江和福建等地）迁移。由于玉米在明朝中晚期传入我国，且北方气候寒冷，因此薏苡在北方的分布种植越来越少了。
古代薏苡的分布乃至迁移，绝大部分都取决于环境、气候、其他物种等客观原因。相比较而言，当前薏苡种植产地分布、种植规模的大小，与市场的需求、当地政策的引导关系更为密切。20世纪50—90年代，湖南依托薏苡资源优势，在当地种植薏苡已成为一种传统，随着市场扩大，种植规模也慢慢形成。以隆回为主产区，和相邻的已初具规模薏苡仁产业的娄底、邵阳、怀化等地，并有“宝庆苡米”的名号。1979年，湖南产的薏苡仁已销往北京、上海、广东等地，以及欧美、东南亚各国。随着改革开放的进行，湖南薏苡仁生产快速发展，在20世纪90年代初达到鼎盛时期，年种植面积超过2万公顷（1公顷=10 000m 2 ），市场成交量超过2万吨（1吨=1 000kg），成交价格高达18元/kg。然而，从1997年开始，我国薏苡仁产业遭遇寒冬，甚至出现最低成交价为2元/kg的局面，农民信心受到严重打击，湖南薏苡仁产业也日渐萎缩。同样，江苏、河北、辽宁等地的薏苡仁产业也由鼎盛转为衰落。
就在湖南等地薏苡仁产业衰退的同时，贵州看到了薏苡仁的巨大价值和前景，大力发展薏苡仁产业。在贵州政府的扶持下，从湖南请去农民师傅，指导薏苡种植。仅仅十年时间，贵州已成为我国薏苡仁的主产区。目前，贵州薏苡种植面积和产量均居我国首位，成为我国乃至东南亚薏苡仁加工销售的最大集散地。
福建薏苡仁因独特的地理环境和气候条件，具有外形“粒大、色白、饱满、浑圆”、口感“糯、甘、稠”的特有品质，尤其有“薏苡明珠”之美称的浦城薏苡仁，深受消费者喜爱，是公认的中药之上品，特称“浦米仁”，并于2008年12月获得“国家地理标志保护产品”，2011年9月获地理标志证明商标。2015年以来，浦城县政府出台了扶持薏苡仁产业政策，浦城薏苡种植和深加工取得长足的发展，初步形成了种植业、加工业、服务业融合发展的良好局面。
广西、云南、浙江等地也在大力发展薏苡仁产业，并取得了可喜的成果。目前薏苡仁已在我国广泛分布。影响我国薏苡仁历史产地变迁的因素有很多，但总结起来主要为以下两个方面。
薏苡栽培种原产于我国西南并向北传入黄河流域，并逐渐形成了早期的薏苡文化，据文献可考的上古时代，黄河流域并不是现在干旱的地貌状态，湖泊的分布是相当可观的。据《尔雅·释地》的记载：“鲁有大野。晋有大陆。秦有杨陓。宋有孟诸。楚有云梦。吴越之间有具区。齐有海隅。燕有昭余祁。郑有圃田。周有焦言只。”这是古代著名的十薮，除了云梦和具区外，其余均在黄河流域。后来由于黄土高原气候环境的巨大转变，沼生和湿生的薏苡逐渐被小麦、高粱和后来引种的旱生玉米所取代。
我国薏苡种子资源十分丰富，但各地分布的野生资源差异较大，能否形成产业在一定程度上取决于当地薏苡的栽培历史。我国东南和西南地区有着良好的种子资源基础，相继驯化野生及增种当地优势品种，近年来相继选育“浦薏6号”“龙薏1号”“黔薏2号”“师薏1号”“文薏2号”和“翠薏1号”等薏苡优良新品种。
另外也受当地政府积极的扶持政策影响。近年来，福建各地政府均积极树立薏苡仁品牌，先后获得2个国家地理标志保护产品（浦城薏米、宁化糯薏米）、1个农产品地理标志产品（宁化米仁）和1个地理标志商标（金沙薏米），提高了福建薏苡仁知名度，不断扩大福建薏苡仁在海内外的市场，推动福建薏苡仁精深加工产品的研发与生产，促进福建薏苡仁产业的升级和发展。同时，在贵州，薏苡仁作为贵州特色杂粮，黔西南州各级政府均把薏苡仁产业作为当地特色优势产业，以市场需求为导向，围绕农业产业结构调整，延长产业链。为推动地方特色薏苡仁产业发展，当地省政府出台“贵州薏仁米三年提升行动计划”，贵州兴仁市甚至将薏苡仁列入“一县一业”特色产业，组建薏苡仁产业发展办公室，加速推动薏苡仁产业发展。兴仁市自2017年连续三年举办三届“中国（兴仁）薏仁米博览大会”，相继出版发行《薏仁米产业蓝皮书》2017年版、2018年版及2019年版。据统计，2018年贵州黔西南布依族苗族自治州（简称黔西南州）薏苡种植面积达75万余亩（1亩≈666.67m 2 ），占全国种植面积的80%以上，总产量达20余万吨，薏苡仁原料市场份额占全国的75%以上。
浙江位于我国长江中下游地区，属于亚热带季风气候，全年日平均气温≥10℃，气候温暖湿润，日照充足，与福建一样也非常适合薏苡的人工栽培和产业发展。并且浙江缙云、泰顺、仙居等地均有人工栽种的历史和较为成熟的技术，相继有“浙薏1号”和“浙薏2号”等优良品种通过新品种审定。但由于浙江地区近年来城市化进程不断加快，土地资源稀缺，人工成本的攀升，薏苡仁产业在浙江发展受阻，并没有形成较大产业规模。