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项目实施期间，项目地区疑似肺结核患者半巢式PCR检查率逐年上升，赣州市从项目第一年的82.29%增加至项目第三年的98.61%，临汾市项目县从项目第一年无半巢式PCR设备增加至项目第三年的97.37%，榆林市项目县从项目第一年的56.76%增加至项目第三年的80.65%。项目实施期间，疑似肺结核患者半巢式PCR检出结核分枝杆菌的比例比痰涂片有明显提高，赣州市提高了10.24个百分点；临汾市项目县提高了47.48个百分点；榆林市项目县提高了27.00个百分点。
项目实施期间，涂阴肺结核患者半巢式PCR检查的比例比实施前大幅提高，涂阴患者中检出结核分枝杆菌的比例也相应大幅增加。赣州市涂阴患者半巢式PCR检查比例从实施前的12.43%提高到实施后的82.44%，检出结核分枝杆菌患者占涂阴患者的比例也相应从3.86%增加到22.03%，肺结核中检出结核分枝杆菌的比例从实施前的46.13%提高到实施后的58.59%。临汾市项目县涂阴患者半巢式PCR的检查比例从实施前的0提高到实施后的73.58%，检出结核分枝杆菌患者占涂阴患者的比例从0增加到35.85%，肺结核中检出结核分枝杆菌的比例从实施前的24.73%提高到实施后的46.80%（78.13%来自地市级定点医院）。榆林市项目县涂阴患者半巢式PCR的检查比例从实施前的0提高到了实施后的53.26%，检出结核分枝杆菌患者占涂阴患者的比例从0增加到28.26%，肺结核中检出结核分枝杆菌的比例从实施前的10.60%提高到45.37%。
项目实施后，由于半巢式PCR的广泛应用，病原学阳性肺结核患者耐药筛查率大幅度提高，发现了更多的利福平耐药患者。
赣州市病原学阳性肺结核患者耐药筛查率从实施前的48.41%提高到实施期间的96.83%，其中99%使用了半巢式PCR的快速检测方法，发现的利福平耐药患者从实施前平均每年95例增加到实施后平均每年142例，增幅平均达到49.47%。
临汾市项目县自项目第二年以来，耐药筛查率从实施前21.74%提高到实施期间的89.04%，其中100%使用了半巢式PCR的快速检测方法，发现的利福平耐药患者从实施前3年累计仅为1例增加到实施后3年累计3例。
榆林市项目县耐药筛查率从实施前的16.67%提高到实施期间的89.47%，其中100%使用了半巢式PCR的快速检测方法，发现的利福平耐药患者从实施前3年累计仅为2例增加到实施后3年累计13例。
涂阴肺结核患者应用半巢式PCR检测后，相当比例的患者还可以检出结核分枝杆菌，对这些患者还可以检测利福平耐药性，从而提高涂阴肺结核患者利福平耐药的发现水平。项目实施期间，赣州市每年发现的利福平耐药患者中，有15.14%来自涂阴患者。临汾市项目县发现的利福平耐药患者中，有25%来自涂阴患者。榆林市项目县则有40%来自涂阴患者。
半巢式PCR检测大大缩短了项目地区利福平耐药的诊断延误时间。赣州市426例进行半巢式PCR检测的利福平耐药患者当天就可以获得耐药结果，所需中位时间为0（0，3）天，远低于传统药敏试验所需的2～3个月时间。
项目开发的耐药结核病诊断流程被纳入《中国结核病预防控制工作技术规范（2020年版）》和《中国结核病防治工作技术指南》，要求全国各地推广应用。此外，该诊断流程经过修改完善后，制定了《利福平耐药肺结核诊断流程》，被列为中国防痨协会团体标准发布。
项目在《中国防痨杂志》2021年12月发表了8篇文章，并在中国防痨大会2021年第33届学术大会上进行学术交流，受到了广泛好评。