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《神农本草经》起源最早，医药理论全面，描述正确，药材资源丰富，使用方便，指导临床疗效好。但为何如今能看到《神农本草经》的人很少，能读懂的人更是凤毛麟角，作为中医药四大经典之一，中医药大学没有教材，不开此课，没有教师能传授此学问，为什么？传承过程中出了问题！
从《神农本草经》成形至今已有六七千年之久，历史上曾在商代结合临床出版过《伊尹汤液经》。《伊尹汤液经》使张仲景的《伤寒杂病论》成为中医经方的经典著作。但奇怪的是，张仲景在自序中既未提伊尹，也未提神农，而是同时代的其他学者皇甫谧谈到《伊尹汤液经》直传《伤寒杂病论》。《伤寒杂病论》所用之本草，除了后代新增的，或医生手头随便取的身边之物外，基本上都是《神农本草经》的常用本草，使用方法也十分一致。
神农是三皇之一，姜姓，后来轩辕氏黄帝取代了神农，进入五帝时代，黄帝是五帝之首，之后依次是颛顼、帝喾、尧、舜。他们多属黄帝的后裔，因而后世出现了《黄帝内经》，其中《灵枢经》特别符合北方黄帝游牧民族医疗的特色。从此，农耕部落创立的《神农本草经》就没有显性流传了。五帝时代约从公元前30世纪初至公元前21世纪初，达900年之久。夏代从公元前2070年至公元前1600年，约500年，两者相加共1 400年之久。这个历史时期隐性流传时间较久，主要原因是被取代的朝代有些文化和医学也会被替代。
过了五帝及夏朝，神农医学再度发扬光大，因为有了商汤的支持、伊尹的努力。伊尹把神农医学中的精华及对本草药性的真正理解、人体疾病产生之因、本草三品配伍掌握娴熟，组成《伊尹汤液经》，成为神农医学中坚之柱，承前启后的医学圣人。
有了汤液经方，神农医学就容易推广了。《伊尹汤液经》把《神农本草经》扩大运用，解决民众疾苦，成了当时重要的救苦救难的医学宝典，并建成神农医学体系。
经过周朝800年江山，又有秦朝统一中国，随后的汉代400年，又是1 200年左右，神农医学不见踪影，这与当时的帝王看重仙道有关，他们不看重救苦救难的医术，只当民间小术，而认为仙道炼丹长生才是真正能解决人生大事的根本之术。有些道士迎合了帝王们的想法，认为药石可以炼成仙丹，或天下还有自然存在的仙药，这个时代造就了新“药”，即“仙丹”，是化学制药的先驱，但并没有促进中医药的发展，反而使中医药受到了歧视和排挤，只能在民间流传。
整个汉代政治、经济均有较大发展，但中医药还是处于自生自灭的状态。汉代最典型的考古发掘是西汉时期的马王堆汉墓，里面藏了很多医学典籍，甘肃武威的医简，安徽阜阳的汉简，均与中医药相关，但却不能流传世间，只能带入坟墓！所以才会发生华佗欲将医疗经验交给狱卒保存，狱卒却不敢，只能很惋惜地烧毁了！因为狱卒要是将中医药资料带出，可能命就不保了！
到了东汉末年，战乱和瘟疫导致民不聊生，政府也无能力统治了。南阳张仲景将自己继承的经方拿出来救苦救厄，后被王叔和等医家整理出来，成为中医药四大经典著作中的两本。但在东汉期间，由于中医药的民间传承，张仲景虽然能用《伤寒杂病论》治病，并取得很大的成功，但他并不明白传承的过程，因而在自序中有这么一段话：“乃勤求古训，博采众方。撰用《素问》《九卷》《八十一难》《阴阳大论》《胎胪药录》，并平脉辨证，为《伤寒杂病论》，合十六卷。”
当时是东汉末年，《黄帝内经》流行之时，张仲景首提《素问》《九卷》，但中医临床首先得有本草，然后有本草配伍，这些内容在《黄帝内经》却找不到，只有《神农本草经》中有。仲景当时在南阳民间获取《神农本草经》并不容易，但《伤寒杂病论》中使用主要本草所尊功效均与《神农本草经》相同，《伤寒杂病论》必然源于《神农本草经》。其组方有人认为是来自《伊尹汤液经》，但仲景自序中并未提及这两本医籍，为什么？因为民间传承，或书名已变化，后来使用者没有考证，并不清楚，只要用之效佳就是至宝！所以张仲景在自序中提到的《阴阳大论》《胎胪药录》可能就是《伊尹汤液经》和《神农本草经》，只是民间为了保密，或为了更安全地传承，不再称呼原名称，但用起来还是原来内容，或者是修改本，如《神农本草经》的牡桂到《伤寒论》中变成了桂枝，并且还要去皮，这种变化可能正好是《胎胪药录》改进的内容！
张仲景也是碰上了最好的机会，战乱需求，管制放松，才会有他这样一个大范围实践的机会；另外，他已勤求到这些古训，不在南阳这个地方，可能还找不到这些古训，如何能治愈这场瘟疫，又如何能造就这伟大的医圣——张仲景！有了张仲景，才使神农医学真正地传了下来，张仲景不愧为中华医学之医圣！
神农医学的传承，若历史上找不出《神农本草经》，后来发展再好，没有根，也使后人难以置信，会产生多种猜想。但是一本《神农本草经》横空出世，内容与古今传承吻合，理论高超，文字简约，后人若塞点儿私货，一眼就可识别，原因是词汇组合、语言结构、医学理论、临床疗效均无法相比，无人可超。这本《神农本草经》从哪儿出来的？
随着神农医学的东传，在南阳发现了张仲景论广《伊尹汤液经》的《伤寒杂病论》，但最早的经典《神农本草经》还未被发现。从河南的南阳向东，经过大别山到了江苏的茅山，在南朝时，有一位修道人陶弘景，同时留心医药，并得到梁代第一位皇帝梁武帝的重用，被称为“山中宰相”，可以时常出入皇宫，方便浏览皇家珍藏的医籍。因此，只有这样的文人才有可能看到秘而不宣的《神农本草经》！
道家是中国传统的信仰，真正的道家遵循的是“真”，“说真话，办真事，最后修成真人”。陶弘景在皇家看到了最古老的医药经典《神农本草经》和汉代医家续集《名医别录》，他珍视，并决心录之传世。《本草经集注》则是陶弘景整理的医药著作，他将《神农本草经》和《名医别录》合并，字体朱墨分书，神农之文朱书，名医之说墨书，用此之法，后世历代文献引载，保持了1 500年不乱，此乃陶弘景一大贡献也！
在祖国中医药学的传承过程中，道家的贡献太大了，若无陶弘景，《神农本草经》或许就永久埋没了。也许《辅行诀五藏用药法要》是陶弘景的另一贡献，然《伊尹汤液经》早佚，甚为遗憾！有人认为陶弘景抄录的《辅行诀五藏用药法要》是《伊尹汤液经》的述要之作，值得后人排除异见，认真去理解，该书之方理、方法、方效如若独特到超过一般的著作，就值得深入去探索了！
早在唐代，孙思邈是秦岭一代名医，所撰《千金要方》《千金翼方》收集了医学理论、本草和方剂，并撰有为医之德“大医精诚”等脍炙人口的篇章！葛洪的《肘后备急方》收集了当时的方剂以备急用。后世有些秘传膏丹也多存在于道家修炼的场所，如武当山等。
道家的发展是伴随着中国传统文化而行的，中国文化中一些精华的内容被汲取。中医药是中华文库的精粹，被道家珍视、保存，甚至备用。所以，很多道家人物与医术有关，与中医药传承有关系。
在术士之中也有一些人利用古代帝王求长生的愿望，采用石类炼丹，早期认为这种炼制的化合物对人是有好处的，随着不断被发现毒性，后来慢慢减少了，只留下一些有用的膏丹作为药物（多外用）治疗疾病。