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《神农本草经》并不是洋洋洒洒长篇医论，只是短短一万三千字，但却包容了最常用的365味本草，更为显明的是重点突出，特色鲜明。
《神农本草经》中共选本草365种，虽然每种均是重点突出，特色显明，但不同本草也仍有重点和非重点之分。在上经中，重点本草药性叙述可达40多字，如茯苓、大枣等，次重点本草30多字，如细辛，再剩下的就是20多字，甚至10多个字，如麻子。
在中经中，大黄、石膏等多达30多字，是重点本草；丹参、黄耆有20多字，属于次重点；剩下的就是20多字及以下，如石硫黄、酸酱、戎盐、葱实等。
在下经中，重点本草有巴豆、附子等，30多字，甚至达到50多字；次重点本草多为20多字，如乌头、芎䓖、泽漆等；而其他本草字数仅十几个到几个字，如白垩、羊蹄、锡镜鼻、柳华、鼠李、文蛤等。
《神农本草经》中365味本草均来源于自然界。自然界中最基础的物质是岩石、矿物；岩石可以分化为土壤，在岩石和土壤上生长着各式各样的植物。植物能吸收太阳的光能，将大自然中的物质转变为化学能，这样就可供给生活在地球上的各种动物和微生物，甚至同类的需求。而动物与人的行为、结构都比较接近，它们作为本草，作用应该更直接、更方便。
神农对这三类本草的选择，从统计的数据中可以看出它们在本草中的位置。上经有矿物本草13味，植物本草97味，动物本草10味，合计120味；中经有矿物本草18味，植物本草79味，动物本草23味，合计120味；下经有矿物本草13味，植物本草81味，动物本草31味，合计125味。
三类本草，以植物最多，共257味，占总数70.41%；动物次之，64味，占总数17.53%；矿物本草44味，占总数12.05%。由此可见，植物是神农选择的重点，动物次之，矿物本草较少。
植物类本草为什么是神农选择的重点呢？可能有以下几个主要原因。
1.直接扎根在土壤中或岩石上，把大地的精华和宇宙中的光能结合起来，制造出自身需要以及地球上所有的生物都需要的物质。
2.地球表面有高低起伏，有温度变化（气候带），有降水量的巨大差异，有海拔不同。植物必须适应这些环境而产生变化，如形态、物候、分布选择以及其他的一些习性。这些都可能帮助人类去适应生活的环境，调整身体的疾病变化状态而使其恢复正常，再度健康。
3.植物本草生活的环境相对固定，不像动物运动自如。被神农选择的植物本草，它们往往生长在一些较特殊的环境中，适应特定的四季变化，风霜雨雪，严寒酷暑，旱涝气候。它们的适应能力强于动物和人类，这样就可能产生一些特殊的物质来调节人体。
4.植物本草在自然界中还要面对不同动物和微生物的侵扰和伤害。它们会产生各种防御措施，甚至制造出一些化学物质来进行对抗，而这些措施和产生的对抗物质，同样对人体会产生治疗效果。
5.植物是植物体，尤其高等植物与人体结构不完全一致，但它们的身体也分成营养器官和生殖器官，营养器官有根、茎、叶，生殖器官有花、果实和种子。这些器官的生长发育在小环境和物候上均有区别。这些分化的多样性增加了植物本草作用于人的功能多样性，是自然界馈赠人类健康最宝贵的礼物！神农郑重接过它们，并智慧地运用它们的特色保障人类健康，传给华夏后代子孙，同时又逐渐传遍世界，成为人类共同的保障健康的宝贵财富！
神农非常重视君、臣、佐、使的本草功能特色和方剂的组成原则！所以，在开篇的序录一开始就用了近150字来阐述“君臣佐使”之功及方剂组成原则。
“上药一百二十种为君，主养命以应天。无毒，多服久服不伤人。欲轻身益气，不老延年者，本上经。”
神农将“君药”置于上经中介绍，选择了120种，它有特殊的功能“主养命以应天”，“命”是什么？生机也。君药帮助人体获取“生机”，使人生机勃勃！生命获得生机，是“应天”的，应天是与自然为一体，而不是解除被疾病折磨的痛苦。君药“无毒，多服久服不伤人。欲轻身益气，不老延年者，本上经。”君药是一类特殊的本草，好在帮助人提高生机，但也无毒，可以多服久服（注意，这里用的是“服”，不是“食”，虽云多服，但却不能当成粮食去食）。“轻身益气”，那是人体最理想状态，上经的君药对人的生命、身体可达到最佳调理的效果，又轻身，又理气，服用后看起来延缓了衰老！
“中药一百二十种为臣，主养性以应人。无毒有毒，斟酌其宜。欲遏病，补虚羸者，本中经。”
神农此段告诉后人，臣药主要集中在中品之中，从自然界中优选了120种。臣药的主要作用是养性以应人，人的身体不健康，出现了疾病，依赖臣药纠正，这是“养性”，使人恢复健康。在中经里的臣药，它们或者无毒或者有毒，使用时要谨慎处理，斟酌其宜。臣药在临床中起到遏制疾病的作用，遏制住不发展，那也是一种有临床价值的状态！其实很多疾病与人类已构成了共生关系，他们对人体不产生太大的影响，需要做的不是斩草除根去病，而是带病生活，互相适应，“和谐相处”，这也是对“遏病”的一种理解。补虚羸的本草就是后人所说的补药！后人有一种普遍的认识，“补药”在上经之中，即神农的君药之中，其实理解错了！“补虚羸”本草居于中品本草之中，它们只是补充那些由于生病之后身体从食品环境之中很方便获取却不能摄取之物，而不是上经君药益气轻身所需的新物质！
“下药一百二十五种为佐使，主治病以应地。多毒，不可久服。欲除寒热邪气，破积聚，愈疾者，本下经。”
神农还从自然界中优选了125种佐使药，这批本草非常有特色，专门对应疾病或症状下手，主治病，属于天、人、地三个层次的最低一个层次，但是这一层次非常重要！因为人类就是生活在地球表面，离开“地”，人类在哪里？在将佐使本草应于临床时，必须牢记它们多数是有毒的！有毒本草不可久服。佐使之本草有毒，临床使用会不会出现医疗事故呢？这是一个很现实的问题，一位医生若出现一例医疗事故，那可能一生就完了！使用神农优选的本草，请放下这个心！为什么？因为神农所选择的本草首先是有品的！有了“品”，就有了“保险”！在神农的125味佐使本草中，它们有治病的特长，又不害人。神农及后代在使用中已有很多方法避免了这些本草的毒性，如加工、炮制、特殊的煎煮、服用方法、严格控制药量等，经过这些安排，这些本草使用起来就可以放心了！药有品就像人有德一样，可放心地使用，若无品，就不能随便去使用。如近年出现的一些医疗事故，完全未按祖先告诫的去做，关木通、黄独均是民间无品之物……临床工作者，千万注意，无品之物，不要随便去试，若真有那种牺牲精神就用自身去试，但这也是绝对不值得的，因为培养一位临床医生多不容易，可以救无数患者。神农那么多的好药，足够去解决人类的疾病了，加之后代还有很多经过临床验证、无副作用的有品之本草被利用。在使用神农的佐使本草时，仍要时刻记住“多毒，不可久服”。
人类的疾病有共性，产生的原因多是寒热邪气导致，疾病出现的状态多有积聚。这就是佐使类本草之贡献，它们可以除寒热邪气，破积聚，最终治愈疾病。
《神农本草经》“序录”的三品之后，就是方剂组成原则：“药有君臣佐使，以相宣摄合和。宜一君二臣三佐五使，又可一君三臣九佐使也。”
这段文字应用三品的叙述合而观之，“君臣佐使”四个字并不拐弯抹角，《神农本草经》中表述直白，君就是君主，臣就是臣子，佐使则是其他可供使用的人们，就这么简单。不知后代为什么非得将神农安排的配伍原则均降一级来理解。
《神农本草经》乃本草之经典，她的方剂组成原则应该是后世遵从的原则，但后来并没有这样，出现了“主病之谓君，佐君之谓臣，应臣之为使，非上、中、下三品之谓也”。北宋沈括曰：“所谓君药，主此一方，固无定物也。《药性论》乃以众药之和厚者定为君，其次为臣、为佐，有毒者多为使，此谬论也。设欲攻坚积，则巴豆辈岂得不为君也。”
如何组成方剂，神农定的原则是否可行？
一位临床医生治疗疾病，应该把握以下几点。
第一，医生面对的是一个生病的人，患病有外因，也有内因。
第二，疾病随着人体内、外环境在不断变化。
第三，每次拟定处方，均是一场战役，不是简单地打胜一次战役就万事大吉，而是要祛除疾病因素，补充人体需求，尤其是生机之上品本草的应用是非常重要的。战场上的拼杀只是治病过程中的几个片段。
明白了以上道理，我们就能理解神农拟定的方剂原则。
不等于在战场上拼杀的主药，部队作战，胜负乃兵家常事，常胜将军历史上并不多。如果误认为拼杀的主药就是君药，那么治病胜算的比例就大打折扣了。君药相当于一国之君，他有很多臣民，若是贤君，手下就会有很多忠臣勇士，君只需坐稳江山，综观大局，自然会有臣民去拼杀沙场，为国建功立业。若临床医生不明白君药有这份重大责任，误认为能拼杀一次赢了就是君，那就彻底错了。
若能联系《伤寒杂病论》，就能明白君药。该书中有方252首，合计运用本草166味。其中甘草使用频率最高，达124次，桂枝低于甘草，使用76次，大枣则使用60多次。这类药应该就是君药！没有这类药的掌舵，可能整个方的疗效就不理想！在另外一些方中，如人参、茯苓、白术、蜜、阿胶等也可能是君药。
君药在一个方剂中只有一味，因为一山不存二虎，在处方中不致互相干扰。
在治疗疾病过程中，乃是按照君的指令去办事者，有指挥打仗的，有管理部队的，或负责敌我双方关系的。因而臣有二或三也，二臣则一文一武，三臣则为复杂的局面，再增加一臣使局面安排得更好。
佐与使并没有太大的差异，那些有良效、有特殊功能的本草往往被挑选出来，去完成各种特殊的工作，或直接作战，或使敌人改邪归正，以便疾病尽快康复。
君药也好，臣药、佐药、使药也好，均没有剂量上的多寡，而是根据临床需要而定，有毒者用药宜少，无毒者需要时适当加大，那是见机行事。
另外，关于君、臣、佐、使的数目，神农只是用“宜一君二臣三佐五使，又可一君三臣九佐使也”来示范，告诉后人不必拘谨，生命与疾病是个动态关系，我们临床面对的是一个动态系统，哪能像做数学题那样，答案那么精确！其实，神农在介绍时用了“宜”与“又可”，本身就是可以酌情变化的，这哪是如后世所说的《神农本草经》君、臣、佐、使配伍的固定论！
《神农本草经》虽然从远古走来，但她的光辉照耀全球。在漫长的历史中，曾有少数污秽玷污了她，但明眼人一看，这些污秽与神农真经相差层次太多，对比之下，无处可遁！如“五芝”之衍文。古之炼丹士成为一些朝代统治者的座上客，他们又在《神农本草经》上做了些手脚，以致近代的一些人看不惯，认为这些东西是迷信，从神农年代看，那时根本没有炼丹术，剔除这些灰尘，《神农本草经》的真身成为纯正赤金体，光耀千秋！