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《神农本草经》的正篇分为三卷，分载上经、中经和下经365味本草。每味本草神农在叙述功效方面层次井然，使后人使用时能把握重点，便于临床，同时语言精练，描述各有特色，记忆方便。
味辛，平。
主腰脊痛。
补中，益精气，坚筋骨，强志，除阴下痒湿、小便余沥。
久服轻身耐老。
按： 共四层次。
第一层次， 叙述味、气，味在前，只言主味，不涉及兼味。在全书中，只有极少有双味者。而现代中药学类著作中多为多味并列。气在后，全书中“平”者约占40%。因自然界中的生物为适应环境获取特别强的气并不多见，只有部分偏寒或偏温。而气平，寒、热均可用之，适用范围广，使用方便。
第二层次， 最关键的是有“主”字！主乃该本草最重要的药性，掌握主，该本草之功效就掌握大半了！杜仲，主腰脊痛，只有四个字，多么精练。通览《神农本草经》全书，未见第二味本草是这样叙述！这就是特色，提到杜仲，记住“主腰脊痛”就大致掌握了！看到“主腰脊痛”就知道是杜仲，因为仅此一味是神农如此描述的。
第三层次， “补中，益精气，坚筋骨，强志，除阴下痒湿、小便余沥。”这一层次是该本草兼有功效，每项之前均有动词相连，如补、益、坚、强、除等。这些功效不一定需要熟记在心，用时查阅一下即可。
第四层次， “久服轻身耐老。”这是上经部分本草的描述方式，它们不仅无毒，还可以久服，对人体之利，符合“序录”之言“上药一百二十种为君，主养命以应天。无毒，多服久服不伤人。欲轻身益气，不老延年者，本上经。”
杜仲乃上经之本草，具有典型四个层次的描述。
味苦，温。
主中风伤寒头痛，温疟。
发表出汗，去邪热气，止欬逆上气，除寒热，破癥坚积聚。
按：《 神农本草经》的中经之本草，只有三个层次了，因为它没有轻身益气、不老延年之功，不适于久服。
第一层次， 味苦，温。
第二层次， “主中风伤寒头痛，温疟。”中风、伤寒是外感太阳病的两种类型，《伤寒论》中有大量的叙述。
“太阳病，或已发热，或未发热，必恶寒，体痛，呕逆，脉阴阳俱紧者，名为伤寒。”
第三层次， 兼有之功，分别用动词“发、出、去、止、除、破”叙述。
因为是中品，没有第四层次的久服。
学习本草麻黄，最简单记忆是“味苦，温。主中风伤寒头痛，温疟”即可，后面内容可以在实践中帮助记忆，从《神农本草经》掌握本草简明扼要，特色显明。
味辛，温。
主中风，恶风洗洗出汗。
除寒湿痹、欬逆上气，破积聚寒热。
按： 此乃《神农本草经》下经之本草，缺少第四层次久服，前面三层次与“麻黄”相似。
味苦，寒。
主头风，黄疸，欬逆，淋沥，女子阴中肿痛，湿痹死肌不可屈伸起止行步。
按： 白鲜之层次，缺少三、四两层，“味苦，寒”为第一层，其下全为主。该本草有多种功能，并且各有特点，就不再区别“主”与“兼”了。
神农根据每味本草的特征采取不同的描述方法，多则四个层次，少则两个层次，365味，犹如一尊尊本草神灵，特色鲜明，活灵活现，各不相同。这样的本草，方便学习、记忆和运用。
我们综观《神农本草经》全书就会发现，神农重视用“主”字表达关键、重点的内容，如《神农本草经》开篇的“序录”，一开始就有：“上药一百二十种为君， 主 养命以应天。”“中药一百二十种为臣， 主 养性以应人。”“下药一百二十五种为佐使， 主 治病以应地。”
在“序录”中最后一段，还突出“主”字！人类疾病，五花八门，命名也无法清楚和完全。但神农抓住了“主要”“重点”“关键”，有一段精湛的叙述。
夫大病之 主 有：
中风伤寒寒热；温疟，中恶，霍乱；大腹水肿，肠澼下利，大小便不通；贲㹠上气，欬逆呕吐；黄疸，消渴；留饮癖食，坚积癥瘕。
惊邪，癫痫，鬼疰；喉痹齿痛，耳聋目盲；金疮踒折；痈肿恶疮，痔瘘瘿瘤；男子五劳七伤，虚乏羸瘦，女子带下崩中，血闭阴蚀；虫蛇蛊毒所伤。
此大略宗兆，其间变动枝叶，各宜依端绪以取之。
神农竟然在“序录”中用“主”开头，又用“主”结尾，之后365味本草又有很大一部分重要本草用到了“主”，可见“主”字在神农心目中的地位！
《神农本草经》往下直传，张仲景的《伤寒杂病论》是古今认可的。《伤寒论》也继承了神农的衣钵，张仲景对“主”字也深有体悟。
太阳中风，阳浮而阴弱。阳浮者，热自发；阴弱者，汗自出。啬啬恶寒，淅淅恶风，翕翕发热，鼻鸣干呕者，桂枝汤 主 之。
太阳病，项背强，反汗出恶风者，桂枝加葛根汤 主 之。
太阳病，下之后，其气上冲者， 可与 桂枝汤。
太阳病，发热恶寒，热多寒少，脉微弱者，此无阳也，不可发汗， 宜 桂枝二越婢一汤。
张仲景对神农的主次分明心领神会，在临床中方与证之间也用了“主”“宜”“可与”三个等级以区分方证对应程度，与《神农本草经》的思维一脉相承。
神农精心安排的主、兼功效，在传承过程中却被本草学者忽视了，无论是《神农本草经》的校注辑复，还是后代本草著作，以至现代的中药著作，均没有注意到神农对本草功效层次的设计，以致后来学习者分不清楚重点与层次，失去序度，抓不住重点和关键，增加了学习的难度，记忆就更加困难了。我们就以一味杜仲看看后世本草的演变。
是宋代综合性本草，距今900年。关于杜仲的描述如下。
杜仲， 味辛 ，甘， 平 、温，无毒。 主腰脊痛 ， 补中益精气 ， 坚筋骨 ， 强志 ， 除阴下痒湿 ， 小便余沥 ，脚中酸疼不欲践地。 久服轻身耐 老。
这段文字，划线是《神农本草经》文字，未划线为《名医别录》的文字。实际上《经史证类备急本草》将之前本草内容堆积在一起，一开始还能见到《神农本草经》的内容。但到后世内容糅合，改正，就再也分不清了。
是明代李时珍所著，距今400多年。关于杜仲的描述如下。
【气味】辛，平，无毒。
【主治】腰脊痛，补中益精气，坚筋骨，强志，除阴下痒湿，小便余沥。久服轻身耐老。（《神农本草经》）
脚中酸疼，不欲践地。（《名医别录》）
治肾劳，腰脊挛。（《大明本草》）
肾冷，䐴腰痛。人虚而身强直，风也。腰不利，加而用之。（《甄权》）
能使筋骨相着。（《李杲》）
润肝燥，补肝经风虚。（《王好古》）
从李时珍的杜仲看出，《本草纲目》还是在《神农本草经》基础上选择后世内容而累加，比宋代已增加近倍的内容。但李时珍选择的内容已经过自己化裁变化，多已不是原文了。在书中，已引入金元时期的药性归经学说，如此段增添了王好古的“补肝经风虚”。从李时珍《本草纲目》中逐渐累加的本草药性内容来看，他并不知道重点在哪里，临床如何选用。
其中杜仲药性见下。
杜仲 味甘、微辛，性温。归肝、肾经。
补肝肾，强筋骨，安胎。
主治腰膝酸痛，阳痿，尿频，小便余沥，风湿痹痛，胎动不安，习惯性流产。
《中华本草》基本上代表了现代对本草药性的认识模式。在描述中，甘、微辛双重味出现了；归经学说也作为常识了；功能三条，平均对待：补肝肾，强筋骨，安胎；主治则有七方面，没有体现重点（神农之主）。