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医联体快速发展，促进了医疗体制的改革与发展。我们的改革目标是满足广大人民群众日益增长的健康需求，不能偏离了方向，更不能顾此失彼，需要全盘考虑统揽大局，防止极端现象的发生。在形形色色的医联体快速发展的今天，政府监管部门应密切关注医联体的发展趋势和方向，引导其向正确有利的方向发展，同时避免医联体的变异发展。下面列出几个可能出现的偏离方向。
医联体建设中的牵头三级医院必须考虑其本身技术服务能力的大小和服务人口数量的上限，避免一味地扩张医联体规模，以防出现“小马拉大车”的现象，被接纳到医联体内的医疗机构得不到足够技术支持，牵头医院也无法较好地赋能基层医疗机构，只是为了影响力进行“跑马圈地”。容易发生这种情形的往往是一些国内声望较高的医院，没有很好地评估本院师资力量所能承载的负荷量，也未考虑加盟医院的具体诉求，只是一味地扩张。还有一些省级医院为了扩张笼络地市级和县级医院加盟其医联体，导致省级医院之间竞争激烈，人为地划分“地盘”与“领地”。作为主管行政部门，应当从人民群众的利益出发，避免出现这种不合理的竞争现象。
紧密型医联体的发展导致了权力高度集中，可能发生垄断现象，药品市场垄断、医疗器械市场垄断、医用耗材垄断等，这些权力的垄断往往构成腐败高发区。还有就是自主发展权力的垄断，如果不能正确处理权力集中与自主发展权利的关系，将导致医联体成为一潭死水。因此，成立医联体应该把医疗机构自主发展的权利下放，不能集中与垄断。
医联体包括三级医院、二级医院和一级医院，各级医疗机构在分级诊疗体系中发挥不同的作用。它们之间是一个大的利益共同体，在总体利益上是一致的，但不能因为是利益共同体，在绩效考核分配时采取“大锅饭”的形式。三级医院的技术复杂程度与工作难度要高于二级医院和一级医院，二级医院自然高于一级医院。三级医院接收的疑难病例、危重症患者远高于其他一、二级医院。应当在医疗机构之间和医疗机构内部建立比较公平的绩效考核与利益分配机制，充分考虑技术含量、工作量、劳动强度和风险等级几个重要的关键绩效指标，体现出多劳多得的思路。