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虽然医共体各成员在原有体制下，有了比较明确的功能定位，但是随着医共体的机构重组，其中一项重要的工作，就是在新的体制下各医共体成员之间的专业分工，包括以三级医院学科为核心带动二级医院和社区医疗机构的纵向分工。分工须充分考虑到专业之间的差异性，做到有主次分明。打造一个纵向之间，层次分工清晰、责任明确相互协作的团队。要组织建设好医共体，须做好如下工作。
根据各专科技术实力评估，围绕某一专业建立不同的专业核心。通过专业核心开展教学培训、新技术引进和推广应用、定向专科人才培养等系列工作，推动整个医共体专科技术的进步发展，围绕核心，增强所有加盟的机构或者个人的向心力、凝聚力，体现一种优秀的医疗文化。
医共体内部专业分工，必须相互补充，具有差异性。三级医院完成被赋予的职责和任务，二级医院完成相互协作的职责和任务，社区医疗卫生服务中心承担好健康服务管理等工作。医共体从某种意义上讲就是相互协作、分工明确的一个有机组织体。
医共体单位成员中，基层社区卫生服务中心全科医生做好防病、健康管理，处置常见病和疾病康复。这是一个基础而又重要的工作，但这又是不被重视的工作，不能体现这些工作的价值。因此，在医疗投入和支付上，要考虑基层医生和机构的重要价值体现。
医共体内部不但要让患者可以根据病情流动转诊，还要给全科医生提供学习和训练专科能力的机会，让医生不管在哪里工作，都能得到快速成长和职业生涯价值体现。一个好的医共体，就应该有明确的文化、价值、分工和培养体系；一个好的医共体，就像是一所临床医学大学，是医生成长和工作的摇篮 ［2］ 。
为了促进医共体的整体快速发展，在医共体各成员之间及各专科内部之间，建立通畅的人才流动机制。在一级医院工作的医疗技术业务人员，通过能力考核达到一定标准后晋升到二级医院对应的专科工作；同样，在二级医院工作的医疗技术业务人员，通过能力考核达到一定标准后晋升到三级医院对应的专科工作；对于在二、三级医院工作的专业技术人员，建立采取末位淘汰制，通过严格的技术能力考核，达不到要求的，流转到低一级的医院或岗位工作。建立一种“优则上、低则下”的能上能下考核晋升机制，有利于人才培养。
每个医共体都制订有发展战略规划和年度发展目标。实现战略规划目标，必须依靠医共体内部各个医疗机构的共同努力。三级医院、二级医院和一级医院也有相应的发展战略规划和年度发展目标。这些目标建立在各自的任务分工和有序协作等方面。因此，医共体内部成员角色定位很关键。角色定位需要与社会和政府赋予的职责相匹配，在医、教、研、防四个业务层次方面，扮演什么角色，承担什么社会职责，发挥什么作用。