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南城医药起源可追溯到秦汉甚至更早的时期，建昌帮则与明清商帮文化的兴起密切相关。早在唐宋，我国货运领域，如盐、茶、粮领域便有了“纲”的概念，即指成批运送的货物。现代人对“纲”的理解大多数源自《水浒传》杨志丢失的“生辰纲”，“生辰纲”指成批的生日礼物。“纲”的组织形式使得松散的商业活动开始秩序化。明万历后期，政府开始推行盐业“纲运法”，盐业纲商开始与以亲缘和地缘为纽带的商业群体融合，清代前期被称为“商帮”。根据现有资料，商帮之名较早出现在福建盐运，建昌府作为闽赣的连接线，受福建盐运的影响深远，作为建昌府中药商业活动代表——建昌帮受益无穷。
与商帮类似的机构还有商行，顾名思义商行侧重品种，商帮则重地缘，有的行业也冠以帮，如盐帮、茶帮等。商行与商帮都是商业团体组织，二者无本质区别。中药材经营需维持行业秩序，形成寡头竞争的优势，因此容易形成商帮。古代中药帮常以地域命名，如江西帮、川帮等。较为著名的药帮是古祁州（今为安国市）的十三帮，包括：以东北药材为主的关东帮、以天津和北京为主的京通卫帮、以张家口和古北口等为主的口帮、以山西为主的山西帮、以陕甘宁为主的陕西帮、以四大怀药为主的怀帮、以两广为主的广帮、以云贵川鄂为主的川汉帮、以山东为主的山东帮、以安徽为主的亳州帮、以禹州为主的禹州帮、以彰德和武安为主的彰武帮、以浙八味为主的宁波帮。但也不乏以品种命名，如专营茯苓的茯苓帮、专营甘草的甘草帮等。
建昌帮是否必然从事中药，这就涉及古代行业和商帮的关系，有人称为“行中有帮，帮中有行”，帮多以地理区域划分，但是兼具行业的属性。例如，建昌帮许多老字号都是以药闻名。关于建昌帮起源，《江西省医药志》记载“明末清初，建昌宋氏后裔及药商豪客，为躲避清军的洗劫，纷纷隐姓埋名逃往福建，以医药为生，代代相传，在闽入籍者不计其数，江西会馆（或建昌会馆）遍布福建。建昌城内的药业人员为适应药材交易中日益激烈的竞争，对付药材运输中的困难与强人掠夺，自然形成一个有明显地方特色的药帮——建昌帮”。清乾隆年间，建昌帮盛极一时，江南商帮大兴，每逢药王庙会，省内外药商云集，热闹非凡，此后的300年内，建昌药业基本垄断赣东与闽西的40多个州县的商帮贸易。
如《昆明商业团体组织及活动概略》中描述“外商来昆开设店铺的，有川货、京货、广货的区分。约1991年前后，店铺增加，为了彼此联络一致，便利业务，先后组成了川帮、京帮、江西帮、浙江帮、湖南帮、贵州帮、成都帮、建昌帮、安徽帮、福建帮”，由此可见其经商地域之广。
雷元江等在《厚德实干，义利天下：赣商精神研究》中写道，江西商帮又称江右商帮。明清时期，江右商帮崭露头角，称雄商海，药帮、木帮、茶帮、粮帮、瓷帮、布帮、纸帮等商帮影响最大。其中药帮由樟树帮和建昌帮组成。建昌帮在江右商帮之中应属于实力较为突出的地方商帮，徐观潮在著作中称“江右商帮按地域分有地域商帮，比较有实力的地方商帮有瑞州帮、奉新帮、南昌帮、建昌帮、饶州帮和都昌帮”。
民国时期《江西财政纪要会计》的“江西各商帮概况”一节记载了江西的吉安帮、奉靖帮、赣州帮、南昌帮、临江帮（以药材为业，今天的樟树帮）、万载帮、建昌帮、广信帮、九江帮等，其中建昌帮“在省会以广货为业。外出营业，以福建为主”，由此可进一步确认建昌帮作为商帮的地位。