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对于任意一种人类已有一定认识的传染性疾病，与防控相关的科学研究需要回答或解决的问题主要有病原微生物的传播特点和致病力是否会或有改变；治疗药物是否还有效、诊断方法是否还敏感、传播媒介是否有变动或失控。对于疟疾来说，主要涉及后者，与其对应的，是当前全球疟疾防控研究几个研究热点，原虫耐药性、富组氨酸蛋白酶2/3（HRP2/3）缺失以及媒介按蚊的耐药性问题等。
20世纪初，恶性疟原虫对奎宁的耐药性已经非常严重，强烈需求有效的替代品，最终于1934年生产了氯喹。但直到第二次世界大战即将结束（1945年9月前后）时才认识到氯喹的价值。在同一时期，DDT在蚊子控制方面也取得了进展，其功效使人们乐观地认为这种疾病可能会被消除，于是WHO于1955年发起的疟疾消除运动，取得了一些区域性的成功。20世纪50年代末，在南美的哥伦比亚和东南亚柬埔寨-泰国边境发现了具有氯喹耐药性的恶性疟原虫疫源地。20世纪60年代和70年代，这些疫源地的抗药虫株在南美、东南亚和印度慢慢传播，20世纪70年代末，肯尼亚和坦桑尼亚也发现了耐药性虫株，在随后十年抗药恶性疟原虫横扫非洲大陆。在中国，疟防科学家于20世纪70年代末至20世纪末持续对恶性疟原虫对氯喹的耐药性进行监测。在云南某些地区，氯喹对恶性疟原虫的体外抗性率甚至达到了96.70%，1999年的治疗失败率竟高达40.70%。也恰好在20世纪70年代，青蒿素在中国问世。不过，直到21世纪才开始在东南亚作为一线药物应用，仅仅8年后，2008年在同样的地方柬埔寨-泰国边境出现青蒿素耐药性，2010年柬埔寨某些地方恶性疟原虫对双氢青蒿素-哌喹的耐药性已经达到25%，2017年在越南也有些地方的治疗失败率达到了26%。
由以上的历史回顾我们可以发现，某一类药物被大规模应用10～15年后会出现耐药性疫源地，随后逐步蔓延席卷全球，或原虫因受到相同药物的压力，在全球不同的地方同时发生。当前，尚没有替代青蒿素类药物的新药物问世。因此，鉴于当前全球每年仍有2亿多人次感染疟疾，除了研发新的高效药物，必须对青蒿素及其衍生物类药物的敏感性开展全方位实时监测，具体的监测方法可参阅WHO发布的相关指南或报告。
鉴于中国已于2021年6月获得WHO消除疟疾的认可，国内已经没有疟疾流行，但全球疟疾疫情形势依然严峻，且基本为经济不甚发达的非洲地区，不能保证当地疟原虫耐药性监测工作的完善。为保障中国人民的健康，防止疟疾的输入再传播，中国需对输入病例的治疗效果、疟原虫的耐药性水平实施实时监测。若发现和获得耐药性虫株，可应用各种分子技术开展相应的深入研究。
在病例的发现和诊断中，显微镜检、RDT和PCR是当前疟疾检测和诊断的常规和有效的方法，RDT的适用性最广泛。不过，自2010年起，富组氨酸蛋白酶2/3（HRP2/3）基因缺失虫株在刚果民主共和国、加纳、厄立特里亚、肯尼亚、印度、卢旺达等非洲国家以及南美洲的秘鲁等地陆续被发现，该虫株的扩散以及检测中的遗漏可能对患者或当地防控造成的严重后果，并引起了各国的重视。因此，在日常的疟疾检测和诊断中，采取至少2种常规检测方法是预防该类问题发生的手段之一。在获得基因缺失虫株的基础上，可对其他生物学特性、遗传特点、耐药性等开展深入研究。
疟原虫的传播媒介按蚊，其对化学农药的耐药性，往往与农业昆虫的耐药性息息相关，为此，除对按蚊进行直接监测外，也应时刻关注农业昆虫耐药性方面的研究。