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任何引起腹内脏器血液经门静脉、肝窦、肝静脉、下腔静脉汇入心脏的通路上发生静脉回流受阻（机械性或动力性）或血流量异常增加的因素，均可成为门静脉高压发生的病因。目前，普遍根据血流受阻发生的部位对门静脉高压进行分类，可分为肝前型、肝内型和肝后型3类，肝内型在中国最常见，占95%以上。在肝内型里，按病理形态的不同又可分为窦前阻塞、肝窦和窦后阻塞2种。
常见病因是血吸虫病性肝硬化及原发性胆汁性肝硬化。血吸虫在门静脉系统内发育成熟、产卵，形成虫卵栓子，顺门静脉血流抵达肝小叶间汇管区的门静脉小分支，引起这些小分支的虫卵栓塞，造成汇管区门静脉小分支栓塞、内膜炎及周围纤维化，门静脉回流受阻，门静脉压力增高。原发性胆汁性肝硬化为自身免疫性肝内小胆管病变，胆管长期梗阻，胆汁淤积，晚期其病理改变与窦性和窦后相似。
常见病因是各种病毒性肝炎、酒精性肝炎等所致肝硬化门静脉高压。主要病变是肝小叶内纤维组织增生和肝细胞再生，由于增生纤维索和再生肝细胞结节（假小叶）的挤压，使肝小叶内肝窦变窄或闭塞，以致门静脉血不易流入肝小叶的中央静脉或小叶下静脉，血流淤滞，门静脉压力增高。由于很多肝小叶内肝窦的变窄或闭塞，导致部分压力高的肝动脉血流经肝小叶间汇管区的动静脉交通支直接反注入压力低的门静脉小分支，使门静脉压力增高。另外，肝内淋巴管网同样被增生纤维索和再生肝细胞结节压迫扭曲，导致肝内淋巴回流受阻，肝内淋巴管网的压力显著增高，这对门静脉压力的增高也有影响。