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TIPS的手术过程大致包括以下步骤：颈内静脉穿刺、下腔静脉和/或肝静脉造影及压力测定、经肝静脉或下腔静脉穿刺门静脉、门静脉的造影及压力测定、出血或曲张静脉栓塞术、分流道球囊扩张及支架植入术、必要时支架后扩张及再次门静脉造影和测压，其中经下腔静脉或肝静脉向门静脉穿刺是最重要、最困难、最关键的步骤。另外，建立分流道前和/或后对门静脉血栓局部处理或溶栓。特殊情况异常分流道的处理。
尽管术前有超声、CT或MRI检查和图像，穿刺前有间接门静脉造影或肝动脉插管，但TIPS穿刺还是存在较大的难度和风险。超声引导穿刺及CT或MRI与数字减影血管造影（digital substraction angiography，DSA）的图像融合技术引导穿刺在国内还未普及，肝外穿刺及肝动脉和胆管的损伤很难完全避免，腹腔出血或胆道出血成为TIPS术中最严重的并发症，这要求术者要经过严格的基本功训练，尽量避免严重并发症的发生。如发生出血等严重并发症，能及时判断出血部位、出血量的大小和速度，及时采取措施止血，避免危及生命。
尽管TIPS最重要的步骤是经下腔静脉或肝静脉向门静脉的穿刺，但TIPS远远不仅是穿刺这一针，而是一个系统工程。除术前了解患者肝脏及血管的解剖结构及空间关系，做到心中有数，术中掌握TIPS的每个操作步骤外，还要严格把握适应证和禁忌证，知道什么患者能做，什么患者不能做。有适应证者尽最大可能达到预期的治疗效果，预判可能出现的并发症，并尽量避免，如果出现不可避免的并发症，必须积极处理，保护患者的主要器官功能，特别是肝、肾、心、肺等功能。凝血功能不但是反映肝功能的重要指标，对于手术的安全性也至关重要，术前按照要求调整患者的身体状态和相关指标，保证术中安全和术后恢复。术后的观察和管理也非常重要，术者必须亲力亲为，因为只有术者了解手术细节。只有做到了全程、系统、严格、规范管理，才能保证手术效果，严重并发症的发生率也会越来越低。笔者所治疗的TIPS病例中，与手术直接相关的围手术期死亡率已经降至0.2%以下。