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口腔是人体消化系统的起点，它与身体其他器官有着密切的关系。口腔健康与心脑血管疾病、呼吸系统疾病、内分泌系统疾病等相互关联。
来源于牙源性感染或牙科治疗的病原菌，可能造成菌血症，使机体产生循环抗体及凝集素，血小板凝集形成血栓，并且病原菌可黏附在心脏瓣膜或植入的人工瓣膜上，可引发心内膜炎。
牙周感染与冠心病的急性发作和全因死亡率密切相关，并且牙周感染的程度也与冠状动脉病变的程度显著相关。
糖尿病与牙周病的关系最为密切，牙周病显著增加糖尿病发病风险。糖尿病患者牙周病的发生率和严重程度都高于未患糖尿病者，并且血糖控制不佳的糖尿病者，其牙周炎的症状更加明显，进展更为迅速，易发生牙周脓肿。
患重症牙周炎的孕妇发生早产及生产低体重儿的危险度会提高数倍，其危险程度甚至高于吸烟和酗酒对低体重儿的影响。
获得性肺炎和口腔菌斑生物膜感染有关。不良的牙周环境是潜在的呼吸道致病菌的储存库。牙周袋内的致病厌氧菌也可导致年老体弱者或者长期住院的患者发生肺部感染甚至肺脓肿。
口腔是消化系统的起始，口腔内的细菌，尤其是牙周袋内大量毒性较强的厌氧菌都可以直接进入消化道。例如：幽门螺杆菌会引发消化道溃疡，而牙菌斑中所存在的大量幽门螺杆菌不易被药物去除，若牙菌斑不能及时清除，其中的幽门螺杆菌会造成消化道的再次感染。