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“方证相应”指方剂与其主治病证相对应，始见于《伤寒论》317条通脉四逆汤方后注曰：“病皆与方相应者，乃服之。”至唐代孙思邈认为王叔和整理的《伤寒论》证与方相离，“旧法方证，意义幽隐……览之者造次难悟”，遂提出“方证同条，比类相附”，改方证相离变为“方证互相对应”，方随证出，以方类证。这一体例上创新，突出了方证之间的联系，是从理论和临床实践相结合，探索“方证相应”辨证思维与方法的标志。
近年来，越来越多的学者意识到“方证相应”在仲景理论和经方现代临床应用研究中具有重要意义，相继提出了“方证相对”“方证对应”“方证相关”“汤证相对”“汤证相应”“方证照合”等多种命题。其中有从“相对”“相关”与“相应”等词语的不同含义，对“方证相应”的内涵进行阐释者；亦有谓“方证相应”之“证”，是疾病过程中表现的一组“症状”或“证候群”，而不是某一阶段的病理机制，仲景组方用药是对“症”治疗，而不是辨证论治者。对“方证相应”内涵认识的偏差，导致学术界不断涌现出“对证治疗”“对症治疗”“对病治疗”等提法，使得中医学辨证论治思维中所体现出“理、法、方、药”体系，变成了“对号入座”简单思维模式，这无疑违背了中医学理论体系的基本特点。
阐释“方证相应”的内涵，应该立足于《伤寒论》的六经辨证体系、忠实于仲景的本义。从论中条文来看，仲景虽然以临床症状为表述对象，然其对疾病认识绝不是仅仅停留在脉症上，而是通过脉症寻求疾病的病机。有学者通过对《伤寒论》条文分析解读发现，398条原文中，有153条有着我们今天仍然可以算作病机解释的语句，如“伤寒表不解，心下有水气”（第40条）、“内外俱虚故也”（第60条）、“胸中有热，胃中有邪气”（第173条）、“为虚烦也”（375条）。这种忠实于原著的统计结果，为我们认识仲景“辨××病脉证”辨出来的是病机这一事实，提供了无可辩驳的证据。
不可否认，《伤寒论》中亦存在着很多罗列临床症状、随症出方的条文，但这并不意味着仲景是在“对症治疗”。这是因为在长期的临床实践中，通过经验积累，逐渐认识到了众多病证的本质病理以及反映其本质病理的主要脉症，也就是仲景在条文中罗列出来的症状体征。如我们所熟知的小柴胡汤证的“柴胡七症”、麻黄汤证的“麻黄八症”，这恰恰是古代医生归纳总结出来的临床经验，这些主症都反映了疾病的主要矛盾或矛盾的主要方面，针对这些主症进行治疗，其本质仍然是针对病机的治本方法。
《伤寒论》的精华在于辨证论治。“方证相应”的内涵是方剂的药物配伍组成，与其所主治疾病的病机之间的关联性和对应性。抓住经方的主治病机，不拘是何种疾病，有符合的病机即可应用。如五苓散可治疗尿少、尿多、遗尿、尿崩4种不同病症，其病机都责之于“膀胱气化不利”，故用五苓散主治。如此种种不同病症，并不在病名上求枝叶，而用一首方“异病同治”，正是辨析病机的精髓和优势。