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由于“方-证要素对应”强调了方剂在应用中证、法、药之间的链式关系，因此在研究方剂组方规律时，便可以利用这种链式关系开展分析研究，常见的分析形式有以下三种。
即通过证候要素，确立方剂要素（单味药或药物组合）。作为一种中医方剂组方规律分析方法，常用于经方或时方的方-证要素解析。以小青龙汤方证要素解析为例。
分析模式：
证候要素→治疗法则→方剂要素
卫闭营郁→发散风寒→麻黄、桂枝
内有寒饮→散寒蠲饮→半夏、干姜、细辛
伤及正气→收敛护正→芍药、五味子、炙甘草
可以看出，针对外有风寒，内有水饮的病机，治以外散风寒、内蠲水饮，选用了三个方剂要素组方：①针对“卫闭营郁”证候要素，以麻黄、桂枝为主，散寒解表，兼以通阳行水；②针对“内有寒饮”证候要素，用半夏、干姜、细辛散寒逐饮，兼以散寒；③考虑到外邪侵袭伤人正气或辛散药物发散太过，因此选用了一组收敛护正的方剂要素，即芍药和营，炙甘草健脾益气，五味子敛肺滋肾。
即通过方剂要素，确立证候要素。类似于“方证对应”以方测证的分析方法，但分析层级不同。“方证对应”以方测证分析方法侧重的是全方治则与全方证候之间的关系，而“方-证要素对应”分析方法侧重“方剂要素”与“证候要素”之间的关系。以“方-证要素对应”在甘麦大枣汤治疗脏躁机制分析研究为例。
分析模式： 方剂要素→治疗法则→证候要素
以药物功效反推立法继以分析病机，是“方-证要素对应”研究的临床意义之一。甘麦大枣汤是《金匮要略》用于治疗“脏躁”的一首著名方剂，“脏”指五脏，但关于“脏躁”的病机，历来存在争议，由于所主治病机不能确认，甚至有人认为本方只是发挥安慰剂作用。现通过分析甘麦大枣汤（甘草、小麦、大枣）的药物功效来解析其“证候要素”（病机单元组合），即以“药”推“法”，以“法”导“证”。
甘草始载于《神农本草经》，列为药之上品。南朝医学家陶弘景将甘草尊为“国老”，认为：“此草最为众药之主，经方少不用者。”《本草纲目》谓之“通入手足十二经”，具有“安魂定魄，补五劳七伤，一切虚损，惊悸烦闷健忘，通九窍，利百脉，益精养气，壮筋骨”等功效，甘草甘平，一者有缓急之功，二者国老也，帝师之谓，入十二经，能补三焦元气，调和诸药相协。
小麦性味甘平，《本草纲目》曰“新麦性热，陈麦平和”“小麦面甘温”，小麦入手少阴、太阳之经，“养心气，心病宜食之”。《食疗本草》谓其能“补中，益气，和五脏，调经络，续气脉。”临床常用于除虚热，止虚汗，补诸虚，强气力。
大枣，《神农本草经》载其“味甘平，主心腹邪气，安中养脾，助十二经”，《本经逢原》谓之“取甘能益津也”，临床常用于调补脾胃，益气生津，养血和营，安神定智，滋补营卫，治气血津液不足。
根据方药组成，分析甘麦大枣汤治疗脏躁，其“方剂要素”与“证侯要素”对应关系见表1-1。
表1-1 甘麦大枣汤“方-证要素对应”分析
如表所示：甘麦大枣汤可理解为包含有以下三个“方-证要素对应”关系：①与证候要素“脏神浮躁”对应的方剂要素：甘草；②与证侯要素“脏气虚弱”对应的方剂要素：小麦；③与证侯要素“脏血亏虚”对应的方剂要素：大枣。
本方甘草、小麦、大枣三味药物均为甘味，甘者，能补、能缓、能和：甘补，补正气之不足；甘缓，调紊乱之气机；甘和，和动乱之阴阳，平五脏之躁动。方以甘草为君，一方面发挥其缓急功效，另一方面，与小麦配伍，益气和阳；与大枣配伍，养血和阴，平补气血，引领十二经，调五脏而安和。由“药”推“法”，其法为调和五脏气血阴阳，以“法”测“证”，脏躁病机为五脏气血阴阳失和，脏神失于潜敛而浮躁于外。
通过上述“方-证要素对应”逆向解析方法，得出甘麦大枣汤所主治“脏躁”之病机在于五脏功能失调，不能潜敛所藏之神，脏神浮越，心神不安，反映了气血阴阳失和，脏神失于潜敛而浮躁于外的临床病机特点。可以看出，甘麦大枣汤组方严谨，构思巧妙，与群方之冠桂枝汤有相似之处，两方均是立足于调和阴阳，临床应用范围广泛，非安慰剂效应所能及。
即同一首方剂的方剂要素对应多种不同的证候要素。由于中药大多具有一药多能的特性，从而导致中医方剂具有复杂性和方药配伍的多重交叉关系。并且“证候要素”与“方剂要素”的对应关系，也并非只是单一的线性关系。其中有一药多能，交叉对应，甚至非线性对应等多种情况。以下分析模式仅为举例而已，目的在于抛砖引玉，在辨证论治思想指导下，启迪分析思路。
分析模式：
以和解剂的代表方小柴胡汤为例，因其组方具有寒热并用、清补兼施、表里双解等特点，应用又有《伤寒论》第101条“但见一证便是，不必悉具”的灵活性，因此小柴胡汤在临床上具有比较广泛的应用范围。例如，小柴胡汤同样的药物组成，既可以治疗外感发热，也可以用来治疗内伤情志不遂，还可以用来治疗热入血室（表1-2）。
表1-2 小柴胡汤一方多用“方-证要素对应”分析
如表所示：
①小柴胡汤治疗外感发热，可理解为包含有以下三个“方-证要素对应”关系：（A）与证候要素“邪入少阳”对应的方剂要素柴胡、黄芩，其中柴胡清解少阳经表之热，黄芩清解胆腑之热，两者相配和解少阳表里之邪，这是柴胡剂的标志性配伍组合；（B）与证候要素“胃气上逆”相对应的方剂要素半夏、生姜，既能和胃降逆，亦可助柴芩和解少阳表里之邪；（C）与证候要素“一阳不足”相对应的方剂要素人参、大枣、炙甘草，既能扶助少阳一阳正气以祛邪，又可和中健脾防止病传太阴。
②小柴胡汤治疗情志病，也可理解为包含三个“方-证要素对应”关系：（A）与证候要素“肝胆气郁”对应的方剂要素柴胡、黄芩，疏肝利胆以解气郁；（B）与证候要素“肝气郁滞”相对应的方剂要素半夏、生姜，可助柴芩疏散肝胆气机之郁滞，正如《黄帝内经》（以下简称《内经》）所言“肝欲散，急食辛以散之”；（C）与证候要素“肝郁脾虚”相对应的方剂要素人参、大枣、炙甘草，健脾益气，有“见肝之病，知肝传脾，当先实脾”之意。
③小柴胡汤治疗热入血室，可理解为以下三个“方-证要素对应”关系：（A）与证候要素“热入血瘀”对应的方剂要素柴胡、黄芩，其中柴胡推陈致新、行瘀散邪，黄芩清解入里之邪热；（B）与证候要素“邪与血结”相对应的方剂要素半夏、生姜，辛以发散瘀邪，可助柴芩行瘀散邪之力；（C）与证候要素“正气不足”相对应的方剂要素人参、大枣、炙甘草，扶正以祛邪，防止损伤正气。
为什么会出现一方多用，即同一首方剂的方剂要素对应多种不同的证候要素的现象呢？一方面可从全方功效“和解少阳，运转枢机”的角度来间接解释，也可以从“方-证要素对应”的角度来剖析解释。实际上，一方多用的现象并不少见，其根源与一药多用有关，即方剂中的某些方剂要素（中药）具有一药多用的功效。以柴胡剂中的柴胡为例，现代中医教材列举的柴胡功效多是解表退热，疏肝解郁，升举阳气等早已广为人知的，但《神农本草经》记载的柴胡能“推陈致新”这一功效却往往被人忽略。“推陈致新”的基本含义是能够推动人体的新陈代谢，后被一些医家引申为具有活血行瘀功能，如王好古《汤液本草》云柴胡“在经主气，在脏主血”。王清任在血府逐瘀汤中，运用柴胡调气活血治疗瘀血病症，故著名方剂学家王绵之教授谓柴胡能“调肝气以行血”。
可见，由于中药具有一药多能的特性，一首方剂中“方-证要素对应”关系并非绝对单一的线性对应关系，往往呈现出多重交叉的网络关系，分析其链式关系，旨在抓住主要环节，提纲挈领，便于有针对性的应用。