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临床科室主要分为内科、外科、妇产科、儿科、五官科、急诊、门诊。
内科包括：
免疫内科、感染内科、肾内科、普通内科、消化内科、内分泌科、呼吸与危重症医学科、内科重症医学科（MICU）、神经内科等。
外科包括：
基本外科、骨科、心外科、肝脏外科、血管外科、乳腺外科、整形美容外科、胸外科、泌尿外科、神经外科、外科重症医学科（ICU）、麻醉科手术室。
妇产科包括：
普通妇科中心、肿瘤妇科中心、产科中心以及妇科内分泌与生殖中心。
儿科包括：
儿科病房和新生儿监护室（NICU）。
五官科包括：
眼科、耳鼻喉科、口腔科。
以门诊为主的科室包括：变态反应科、心理医学科、中医科等。
辅助诊疗科室包括放射科、超声医学科、药剂科、输血科、检验科、放疗科、病理科、康复医学科、临床营养科等。
行政处室主要包括院办公室、党委办公室、组织处、人事处、医务处、医院感染管理处、护理部、门诊部、教育处、科研处、器材处、后勤保障处、保卫处、老干部处等。