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增强扫描是指在CT及MRI扫描时，向血管内注入对比剂，因胃肠道壁和GIST病灶间血供程度不同而产生强化差异，增加病变与胃肠道间密度或磁共振信号差异（对比）的技术。增强扫描有助于发现病灶，提高病灶与周围组织的分辨率，提供更多鉴别诊断信息，帮助分期分型。
不良反应多发生于应用含碘对比剂的CT增强扫描，主要表现包括恶心、呕吐、荨麻疹、低血压、血管迷走神经反应和轻度的支气管痉挛等。严重不良反应发生率很低，主要包括重度支气管痉挛、喉（气管）水肿、癫痫发作和过敏性休克等。此外，碘对比剂还可能引起对比剂肾病，常见于肾功能不全病人。根据发生时间的快慢，分为急性不良反应（注射后1小时以内）、迟发不良反应（注射后1小时到1周之间）和晚发不良反应（注射1周以后）。离子型和非离子型碘对比剂发生不良反应多数为急性不良反应，后续也可能会出现一些迟发反应，如血管性水肿、荨麻疹、丘疹和红斑等。磁共振对比剂的不良反应发生率显著低于CT碘对比剂，目前除了肾功能不全、慢性肾病等肾疾病病人可能导致肾源性系统纤维化不推荐应用外，磁共振含钆对比剂被认为是安全的。
除妊娠病人外，CT检查无绝对禁忌证，而有相对禁忌证及高危因素的病人，需在医师的指导下完成增强检查。
①碘对比剂过敏；②严重肝肾功能损害；③重症甲状腺疾患。CT增强扫描高危因素：①肾功能不全；②糖尿病、多发性骨髓瘤、缺水状态、重度脑动脉硬化及脑血管痉挛、急性胰腺炎、急性血栓性静脉炎；③哮喘、荨麻疹、湿疹及其他药物过敏性病人；④心脏病变，如充血性心衰、心律失常等。
①体内金属异物（假牙、避孕环、金属植入物）位于扫描范围者慎重扫描，以防金属产热使病人受伤，金属物亦可产生伪影造成误诊；②昏迷、精神异常、易发癫痫或心脏停搏者、幽闭症病人、极度不配合者应慎重；③孕妇须经医师同意。