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如前所述，胃肠道腔壁由内向外可分为黏膜层、黏膜下层、固有肌层与浆膜层四层。GIST多起源于胃固有肌层，少数起源于黏膜肌层。普通内镜相当于直接将眼睛伸入胃肠腔中观察，因此仅能观察到胃肠腔内面即黏膜层，协助判断肿瘤形态以及鉴别上皮源性肿瘤与黏膜下肿瘤，无法清楚显示黏膜下肿物的性质及起源层次。而普通内镜下活检也仅适用于黏膜受累的病变，常难以准确得到黏膜下肿瘤组织以明确病理诊断，且可能导致肿瘤出血。而超声内镜相当于一双“透视眼”，对于胃肠腔内面的观察受限，但可观察肿瘤所处胃肠道腔壁层次及预后相关不良征象，如边界不规整、溃疡、强回声及异质性等。相关研究显示超声内镜诊断GIST的特异度为80.0%，灵敏度为94.0%，准确性为90.8%。对术前检查考虑复发转移、原发不可切除或特殊部位需术前治疗的GIST病人还可在超声内镜引导下进行组织活检，明确肿瘤性质及基因分型，进而指导靶向药物治疗。总之，普通内镜与超声内镜在GIST诊治中作用各有优劣，联合应用方能使病人达到最大获益。