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GIST的临床表现取决于肿瘤大小、发病部位及肿瘤生长方式，通常无特异性。当肿瘤较小时，尤其是< 2cm的肿瘤，可能没有任何症状，仅在体格检查、影像学检查或其他腹部手术时偶然发现。随着肿瘤的增大可表现为一些非特异性症状，其中以上腹不适和腹痛最为常见，还可出现呕血、腹胀或黑便等症状。发生在胃贲门部的GIST可出现吞咽不适、吞咽困难等。肿瘤较大时，腹部可触及肿块，肿瘤堵塞胃肠道还会引起进食后呕吐、腹胀等梗阻症状。部分病人因溃疡穿孔而就诊，溃疡穿孔可增加肿瘤腹腔播散和局部复发的风险。有的病人以远处转移出现相应不适的症状就诊，如肝区不适等而发现GIST肝转移；少数病人可因发热、体重下降、晕厥或肿瘤破裂导致的大出血入院而确诊GIST。