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蛋白质对基因功能的发挥具有不可或缺的作用，几乎所有的生命活动均需要蛋白质的参与。弓形虫基因组编码8 000多个蛋白质，这些蛋白在弓形虫具有不同的表达模式和亚细胞定位。例如：SAG1主要表达于速殖子、BAG1主要表达于缓殖子、ROP18定位于棒状体并通过棒状体分泌到宿主细胞质中等。弓形虫某些蛋白的表达量具有一定的虫株特异性，且某些蛋白的亚细胞定位也会随着发育阶段的改变而发生变化。例如，ROP18蛋白在基因Ⅲ型弓形虫中的表达量要远远低于基因Ⅰ型弓形虫；弓形虫马铃薯糖蛋白样蛋白（patatin-like protein，TgPL1）在弓形虫速殖子中定位于细胞质；当弓形虫转化为缓殖子后，TgPL1蛋白则主要定位于弓形虫纳虫泡和包囊壁。弓形虫这些蛋白的表达量和亚细胞定位的变化往往能影响弓形虫的表型和生物学特性。这些研究结果提示，研究弓形虫蛋白的表达模式及其亚细胞定位将有助于更好地揭示弓形虫的致病机制及其生物学特性。由于弓形虫编码蛋白众多，免疫印迹（Western blotting）等传统蛋白分析技术无法满足高通量的检测要求。随着蛋白质谱技术的发展，蛋白质组学为高通量检测蛋白的表达谱提供了一个很好的研究平台。目前，高通量蛋白质组学技术已广泛应用于弓形虫蛋白表达和细胞组分的鉴定。