下载掌阅APP，畅读海量书库
立即打开
整体观在不同历史时期有不同的表述，不同时期的“天人合一”观的不同内涵，也给中医学的发展带来不同的影响，并深植于中医学基本理论和临床思维的整个过程。从中医学整体观的发展演变脉络来看，可分作春秋以前殷周时期的萌芽、先秦时期春秋战国的奠基、秦汉时期的发展、宋明时期的完善四期。
在殷周时代，我们的祖先虽然有一定的理论思维能力，但在意识形态领域中占主导地位的是原始宗教，还不是哲学，这是因为当时的自然科学水平低下，还不足以认识整个自然界的发展规律的缘故。因此对诸如风、雨、雷、电、地震及疾病等自然现象，还不能给予正确解释，于是便认为有一种超自然的神（或祖先）支配着一切，于是“大祝”“大卜”和“司巫”等便应运而生，所以中国原始宗教的表现形态就是天命观，“宗天”观念构成了殷代文化的重要特色，而宗天与祭祖在殷人那里是密不可分的，天、帝、祖、神、鬼属同一范畴，都是大千世界中游荡不息的神灵，统统都在殷人的顶礼膜拜之中，祖先、上帝、神灵、天在远古（夏商周以前）与人、人际、子孙、社会是可以沟通交流，相互影响的。而天、帝等与人相联系的纽带则是巫、史，因为巫、史有较多的历史、文化知识，甚至最先掌握文字记事，是各种文化活动的核心人物，范文澜指出：“庶民劳动，培养出拥有较高知识的人物巫与史。巫、史都代表鬼神发言，指导国家政治和国王行动。巫偏重鬼神，史偏重人事。巫能歌舞音乐与医治疾病，代鬼神发言主要用筮法；史能记人事、观天象与熟悉旧典，代鬼神发言主要用卜法。”可见巫、史充任了沟通人神的主角，也就是天人相合的结合点。因此，可以认为“天人合一”的原始观念起源于巫术礼仪，而“天人合一”命题中的许多基本范畴、观念都是这种原始观念直接人文化和理性化的结果。
“天人合一”萌芽阶段的这种认识观同样在医学领域中得到了运用和体现。甲骨卜辞中，疾病称之为“疒”，这一时期，人们对疾病病因的认识，尚不具备对“内因”的思考，而是仅仅限于“外因”，而在“外因”中，多是对超自然病因的思考，即将病因归结为天的旨意，鬼神作祟。这种疾病观受限于人类对客观世界较低的认知能力与认识水平，既然疾病是天帝、鬼神致使，故而治疗上亦采之以巫术，利用卜筮诸法寻找征兆指示，利用包含超自然力量的各种方法来治疗疾病。因为这种近似心理疗法的巫祝只能给患者以精神上的慰藉，而不能尽治百病，故而把针灸、按摩、药物亦作为辅助治疗，因此当时“巫”“医”常连属并称，在这方面古代文献有较多的记载，如《管子·权修》曰：“上恃龟筮，好用巫医。”《韩诗外传》曰：“俞跗之为医也，榒木为脑，芷草为躯，吹窍定脑，死者更生。”《说苑·辨物》也曰：“吾闻古之为医者名曰苗父，苗父之为医者，以菅为席，以刍为狗，北面而祝，发十言耳，诸扶而来者、举而来者，皆平复如故。”《山海经·大荒西经》曰：“大荒之中……有灵山，巫咸、巫即、巫朌、巫彭、巫姑、巫真、巫礼、巫抵、巫谢、巫罗十巫，从此升降，百药爰在。”说明巫在占卜祈祷的同时，也往来灵山，采集百药给人治病。综上可以看出，“天人合一”的本源在于远古巫师的通神灵、接祖先，而这一观念在医疗活动中也得以体现和被运用，因此人类早期的医学中才具有了鲜明的巫医特色。并且在整个古代医学构成和医学体系中，巫一直伴医而行，在古代医学构成方面，如隋代太医署中置“祝禁博士”；唐代四类医生中，即有一类为“咒禁师”；宋代太医局医学九科含“金镞兼书禁科”；元、明两代的太医院亦皆有“祝由科”，此外，古代医学体系中的巫术与科学内容也往往是呈并行发展趋势。《黄帝内经》中关于祝由术和占梦术的论述，即是以语言的咒祝来驱赶病邪和以梦兆来解释病因，如《素问·移精变气论》说：“余闻古之治病，惟其移精变气，可祝由而已，今世治病，毒药治其内，针石治其外。”而宋代《圣济总录》“符禁门”的文字长达6万余，有符300余道。即使唐代著名医家孙思邈《千金翼方》卷十八，亦认为凡是病，都是鬼引起的，一日十二时发病不同，是由于致病的鬼不同。对于由鬼引起的病，必须用咒禁驱鬼治疗，《千金翼方》卷二十九、三十是《禁经》两卷。行咒禁以前，要沐浴斋戒。咒禁的过程和巫术没有差别，究禁所治的病，有精神病、疟疾，也有疮肿、喉痹、金疮。又如盛行于宋明时期的所谓“太素脉”，即以人的脉象预知吉凶祸福、贫贱富贵等等，可以说带有明显的神秘色彩，因此目前学术界对巫医一直持否认态度。但客观而论，医学发展的历史还少不了巫医这一环节。巫医固然有阻碍医学发展的一面，但其能操药以疗疾和采用巫祝的这种特殊的心理疗法，比原始人类本能性的医疗活动已经有了很大进步。
更为重要的是巫术活动所采用的基本思维方式“接触律”，即认为凡事物一旦相互接触过，他们之间将始终保持着某种联系，即使他们早已相互远离。这种理性思维运用于医疗活动，在促进经验医学向理论医学发展方面起到了至关重要的作用，值得注意的是这种基本的思维方式实际上也是中国古代医学理论体系中许多“科学内容”赖以建立的基础，因此在古代医学中往往形成了巫术与科学分界的不确定性。如与接触律有关，最值得注意的“成功事例”是人痘接种法的发明，即令未患过天花的小儿穿着病愈患儿之衣，或取病愈者的疮痂移植到未患过天花者身上，以实现“引胎毒外出”的目的。发明者的意图即在于要借助患者身上之物（衣服、痘痂或脓汁）引导未患病者身上潜藏的“胎毒”外出。这种病因与治疗方法的理论性解释一直延续到牛痘接种术传入中国以后，最重要的牛痘接种法著作即名为《引痘略》。人痘接种法之所以能够在没有任何病毒学、免疫学理论基础的条件下产生，成为造福于人类的一大发明，恰恰是由于简单的“接触律”思维方式。实际上，对于科学与巫术的关系，许多学者都有客观论述，如著名英国学者李约瑟博士曾论述过“科学与方术在早期是分不开的”。因此，可以说以神学为本源，以巫为载体的先期“天人合一观”思想，使得比较质朴的医药经验和朴素的知识披上了一层灵光，在医学史上形成了一个医巫合流的混杂阶段。夏商处于这个阶段的鼎盛期，到了周代，巫医消长的趋势已出现反差，医药知识与经验开始逐渐从医巫合流的堤岸中分流而出，按其自身规律发展，而且愈向前发展，医巫的流向分歧愈明显，巫渐渐转向下层位文化和神秘主义，医学最终与巫术分道扬镳了。
百家争鸣的春秋战国之交，是我国古代哲学的奠基时代。在这一时期哲学家探讨的命题是世界的本源，而首开其例的是《周易》。《周易》分《易经》和《易传》两部分，《易经》中没有明显地反映出“天人合一”观，但书中六十四卦象依次排列所代表的宇宙间人事的历程，确实包含了世界万物都是由阴和阳两种元素相互作用演化而成的思想。值得注意的是，从《易传》对《易经》解释中首先可以看出自然界的本源是阴、阳和人与宇宙共同构成一个整体的“天人合一”思想。如《周易·序卦传》说：“有天地然后有万物，有万物然后有男女。有男女然后有夫妇，有夫妇然后有父子。有父子然后有君臣，有君臣然后有上下。”即“天地”为始有，万物和人是后来衍生的，可以看出《易传》的解释，八卦的性质、八卦的构成和六十四卦的排列结构都体现着天地人三者的紧密联系。人与天地宇宙有着深刻的统一性，共同构成一个不可分割的宇宙整体，进而形成天有怎样的规律，人也有怎样的规律，人的规律可在天的规律中找到根据，天的规律则必然在人的规律中得到反映。
其次，通过《周易》将宇宙万物概括为阴阳两个范畴，阴阳交感而化成万物，世界变化的动力和源头在于阴阳矛盾运动。进而把整个世界、天地、人纳入由阴阳两个符号组成的六十四卦系统，形成万象归阴阳，阴阳生万象的对立统一。故《周易·系辞》说：“《易》之为书也，广大悉备。有天道焉，有人道焉，有地道焉，兼三材而两之，故六。六者非它也，三材之道也。”所谓三才之道，就是指《周易》六爻卦分别代表天地人，且天地人三才各占一阴一阳之位，从而表示三者皆以阴阳为其道，尽管三者的阴阳之道具体表现内容不同，但本质上人与天共有阴阳之理，“三才”之道作为天人合一的一种形式，被中医学所引用，表现在诊法上，即三部九候诊脉法；表现在针灸取穴上，出现了天、地、人三才取穴法，即督脉百会在上应天，任脉的神阙在中应人，肾经的涌泉在下应地。此外，在针刺提插补泻的有关论述中，也将针刺深度分为天、地、人三部。而明代针刺手法中多次提到的九六补泻，其九六数的最早记载亦源自《周易》，九数代表阳为天数，六数代表阴为地数。
《黄帝内经》将《周易》“天人合一”整体思想吸收到医学领域，提出：“人与天地相参”的观点，认为人体和自然界服从统一的规律，《素问·气交变大论》中指出：“夫道者，上知天文，下知地理，中知人事，可以长久。”所以观察人体生理病理变化，不能仅仅孤立地着眼于机体本身，而应看到人与自然界存在着有机联系，只有像《周易》所阐明的把天道、地道、人道相互结合起来，综合观察，才能正确把握医理。这种天人相融的整体观念，使中医理论形成了不同于西方医学的独有品格和特色，不仅如此，《黄帝内经》还直接吸收《周易》的阴阳学说，指出：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本。”并将其与古代医学科学成就相结合，认为人体也是由许多阴阳对立的双方构成的一个复杂系统。此外，《周易》的取象比类、运数比类的思维方法及动态平衡思想在《黄帝内经》中也得到了充分的体现。在《周易》整体思维、比类思维模式的影响下，第一部本草学专著《神农本草经》提出了四气、五味、升降浮沉的中药学理论。宋元时期，易学思想影响了中医理论的创新与发展。如李东垣按照《易》“仰观俯察”的方法提出以两仪四象理解水谷气味出入变化，创立了“升清降浊”学说。直至明代张景岳在《类经》及《类经图翼》《类经附翼》，首次提出“医易汇通”之名，认为：“《易》具医之理，医得《易》之用”“医《易》相通，理无二致”，从“医易同原”“医易相通”的角度，解释中医理论，论述人体变易规律。清代吴鞠通在《温病条辨》中常用《易》理解释病机，受卦爻象数启发，提出“调济水火”“燮理阴阳”“运坤阴”“承乾健”“镇震木”等治法。同时，现代研究发现：人体交感神经与阳气，迷走神经与阴气，在作用属性上比较吻合，可视其为阴阳二气活动的微观结构之一，人体cAMP（环磷酸腺苷）与cGMP（环磷酸鸟苷）的昼夜变化规律与阴阳消长的规律基本吻合，所以说，把阴阳学说作为中医理论的指导思想，并广泛应用于阐释人体生理、病理、诊断、治疗和预防理论，不仅体现了中医学独具的特色，而且也是正确的。对《周易》天人思想，有学者进一步指出：太极科学（易学和中医学）综合天地人的系统方法论，很可能是探讨宇宙——人体统一性规律的根本方法。
道教是从天人合一整体观角度来理解生命现象，宣扬人的自由与超越可以在现实的生命活动过程中得以实现，人类如果熟悉了宇宙天地间的阴阳消长、阴阳制约等变化之道，就可以根据自身的结构特点来掌握生死变化的规律，这可能是人与外部环境、人自身内部追求平衡自和的最初描述。道家的修行智慧和实践是中医整体观形成的源泉。气一元论的核心思想就是从气本元论或本体论的角度阐明了宇宙万物的产生具有同一性，整个物质世界具有统一性。中国古人在认识物质世界和人类社会的过程中形成、发展了天地人三才说。《周易·系辞》曰：“有天道焉，有人道焉，有地道焉，兼三材而两之”。天地人三才说培育了中华民族乐于与天地合一、与自然和谐的精神。阴阳学说认为阴阳是天地万物的总纲，天在上，无形主动；地在下，有形主静，天阳地阴相交后万物产生，阴和阳构成了整体，万物皆为同一整体。
先秦时期以老子为代表的道家的天人合一思想表现为人与“道”为一，最终达到天人“玄同”的境界。如老子曰：“塞其兑，闭其门，挫其锐，而解其纷，和其光，同其尘，是谓玄同。”（《道德经·五十六章》）这种抛弃感觉认识，强调理性认识事物的观点，使他最终不得不把对世界的认识，定位于把“道”作为最高的原理方法上，认为“天下万物生于有，有生于无”（《道德经·四十章》）。这种从无形无象到有形有象的过程是“道生一，一生二，二生三，三生万物，万物负阴而抱阳，冲气以为和”（《道德经·四十二章》）。“一”和“道”在老子的哲学里是同义词，如“天得一以清”（《道德经·三十九章》），“圣人抱一为天下式”（《道德经·二十二章》）中所说的“一”就是道，道（一）必须分化成两种对抗的势力——阴阳二气，才能产生新的第三者，由新的第三者产生了千差万别的东西，也就是说阴阳两种势力在看不见的气中得到了统一，这当然也是一种“和”的表现。
庄子在“天人合一”的关系上，则进一步提出：“夫至乐者，先应之以人事，顺之以天理，行之以五德，应之以自然，然后调理四时太和万物，四时迭起，万物循生。”（《庄子·天运》）顺应自然，依道而行，把天理、自然、人事融合为一体认识，这不仅是庄子，也是众多道家所倡导并努力追求的，并把它作为养生长寿的准则。
老子的这种“人法地，地法天，天法道，道法自然”的观点（《道德经·二十五章》）阐明了人与天、地、道（自然界本来的样子）之间的关系应该是和谐统一的。庄子则更进一步强调作为万物之一的人，应该法自然，通过无为而有为。中医学接受了自然之天的观点，天人相应论中的天即为自然之天，人与天相应，是指人的生理活动、病理变化及临床诊断治疗都与自然界的事物现象相顺应，如《素问·宝命全形论》中的“夫人生于地，悬命于天，天地合气，命之曰人”，《素问·生气通天论》“天地之间，六合之内，其气九州、九窍、五脏、十二节，皆通乎天气”。人体与自然界不仅共同受阴阳五行法则的制约，而且人与自然界之间存在相互通应的关系。如《素问·阴阳应象大论》说：“故清阳为天，浊阴为地；地气上为云，天气下为雨；雨出地气，云出天气。故清阳出上窍，浊阴出下窍；清阳发腠理，浊阴走五脏；清阳实四肢，浊阴归六腑。”这样《黄帝内经》就将自然界天地之间云雨的升降转换为人体内新陈代谢的模式，发现了人与自然界是有着共同规律的，它们不仅相通，而且是一体。故《素问·举痛论》说：“善言天者，必有验于人。”
在顺应自然方面，《黄帝内经》提出顺应环境四时气候变化的养生方法。在环境养生方面：“一州之气，生化寿夭不同……高下之理，地势使然也。崇高则阴气治之，污下则阳气治之……高者其气寿，下者其气夭，地之小大异也，小者小异，大者大异。”（《素问·五常政大论》）在四时调摄养生方面，《黄帝内经》提出“夫百病之始生也，皆生于风雨寒暑、阴阳喜怒，饮食居处、大惊卒恐”（《灵枢·口问》），“动作以避寒，阴居以避暑”（《素问·移精变气论》）及“春夏养阳，秋冬养阴”（《素问·四气调神大论》）等论述，并根据一年四季的变化是春温、夏热、长夏湿、秋燥、冬寒和生物与之相应的春生、夏长、长夏化、秋收、冬藏生长规律，提出人须顺应四时的养生规律是：“春三月，此谓发陈，天地俱生，万物以荣，夜卧早起，广步于庭，被发缓形，以使志生……夏三月，此谓蕃秀，天地气交，万物华实，夜卧早起，无厌于日，使志无怒……秋三月，此谓容平，天气以急，地气以明，早卧早起，与鸡俱兴，使志安宁……冬三月，此谓闭藏，水冰地坼，无扰乎阳，早卧晚起，必待日光，使志若伏若匿……”（同上）。《灵枢·本神》还指出人们生活在大自然环境中要适应四时气候变化，才能保持身体健康而不病，即“智者之养生也，必顺四时而适寒暑，和喜怒而安居处，节阴阳而调刚柔，如是则僻邪不至，长生久视”。
同样，人体的生理机能和病理过程都受着自然界的影响。如《素问·六节藏象论》说：“心者，生之本……通于夏气。肺者，气之本……通于秋气。肾者，主蛰，封藏之本……通于冬气。肝者，罢极之本……通于春气。脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱者，仓廪之本……通于土气。”人与大自然需保持“和”的状态。如果气候变化过于急剧，超过人体调节机能的一定限度，或者人体的调节失常，不能对外界变化做出适应性调节，就会发生疾病。因此，如《素问·经脉别论》说：“春秋冬夏，四时阴阳，生病起于过用。”《灵枢·百病始生》说：“百病之始生也，皆于风雨寒暑、清湿喜怒。喜怒不节则伤脏，风雨则伤上，清湿则伤下，三部之气，所伤异类。”值得注意的是，《黄帝内经》在确立疾病的治疗原则及具体方法时，所采用的损有余而补不足也来源于“和谐统一”的思想。《素问·疟论》说：“有余者泻之，不足者补之。”《素问·至真要大论》详析为“寒者热之，热者寒之，微者逆之，甚者从之，坚者削之，客者除之，劳者温之，结者散之，留者攻之，燥者濡之，急者缓之，散者收之，损者温之，逸者行之，惊者平之，上之下之，摩之浴之，薄之劫之，开之发之，适事为故”。《灵枢·经脉》具体为：“盛则泻之，虚则补之，热则疾之，寒则留之，陷下则灸之，不盛不虚，以经取之。”《灵枢·九针十二原》也强调：“凡用针者，虚则实之，满则泄之，宛陈则除之，邪胜则虚之。”
儒家的“天人合一”观，主要表现在它的中庸思想上，也就是“和”的概念。即世界上一切不同事物都处于“和谐统一”之中，在《国语·郑语》中史伯曰：“夫和实生物，同则不继。以他平他谓之和，故能丰长而物归之；若以同裨同，尽乃弃矣。故先王以土与金木水火杂，以成百物。是以和五味以调口，刚四肢以卫体，和六律以聪耳，正七体以役心，平八索以成人，建九纪以立纯德，合十数以训百体……”这里的“和”，是指对立的事物互相配合，即矛盾对立统一的意思。所谓“以他平他谓之和”是指一种事物与另一种相对立的事物相互结合，有相辅相成之意。“同”为相同、等同的意思。相同的事物相加，即“以同裨同”，没有对立面相结合，永远不会产生新的事物，故说“同则不继”。其论述表明“和”才能使万物繁荣昌盛，“同”则令万物衰败灭绝。
《尚书·洪范》更提出“五行”，即金、木、水、火、土，是自然界一切事物，包括人体的存在和发展的最基本因素，同时对它们的性质和特点做了规定，如：“……一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑。润下作咸，炎上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘。”至战国时期不仅形成了完整的五行之间的相生相克哲学体系，而且认为五行中的每个元素都必须通过“相生”和“相胜”这两种方式与其他四个元素联系起来，构成整体。甚至邹衍还用木、火、土、金、水五行的相生相克解释历代王朝兴替的原因。所以说五行学说，不仅探讨了万物的本源问题，而且还探讨了人与自然的关系和人与社会发展的关系。
这一时期的医家运用阴阳五行学说构建人体理论体系，从而把五脏六腑与四时五方按五行格局沟通起来，形成一个以四时五方为间架，包括人体和自然各类要素在内的阴阳五行大系统。如《素问·阴阳应象大论》中的“东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心，肝主目……神在天为风，在地为木，在体为筋，在脏为肝，在色为苍，在音为角，在声为呼，在变动为握，在窍为目，在味为酸，在志为怒……南方生热，热生火，火生苦，苦生心，心生血，血生脾，心主舌。其在天为热，在地为火，在体为脉，在脏为心，在色为赤，在音为徵，在声为笑，在变动为忧，在窍为舌，在味为苦，在志为喜……中央生湿，湿生土，土生甘，甘生脾，脾生肉，肉生肺，脾主口。其在天为湿，在地为土，在体为肉，在脏为脾，在色为黄，在音为宫，在声为歌，在变动为哕，在窍为口，在味为甘，在志为思……西方生燥，燥生金，金生辛，辛生肺，肺生皮毛，皮毛生肾，肺主鼻。其在天为燥，在地为金，在体为皮毛，在脏为肺，在色为白，在音为商，在声为哭，在变动为咳，在窍为鼻，在味为辛，在志为忧……北方生寒，寒生水，水生咸，咸生肾，肾生骨髓，髓生肝，肾主耳。其在天为寒，在地为水，在体为骨，在脏为肾，在色为黑，在音为羽，在声为呻，在变动为栗，在窍为耳，在味为咸，在志为恐……”就是天地人共有同一个阴阳五行之理，从而更完善地为天与人能够合一奠定了又一理论基础。
值得注意的是《黄帝内经》还体现了人是自然和社会的统一体，这种统一体在“天人合一”的意义上便是自然性与社会性的贯通，如“心主神明论”就是中医学以一个古代小朝廷的模式对人体心身活动的一种假说，它认为心为君主，一切心身现象是由心统帅的。《素问·灵兰秘典论》描述的这个朝廷的相傅、将军、中正、臣使、仓廪、传道、受盛、作强、决渎、州都等官职，分别由肺、肝、胆、膻中、脾胃、大肠、小肠、肾、三焦、膀胱组成。中医学凭借这种假说，阐释生命，并取得了治疗疾病的实际效果。《丁甘仁医案·神志案》分析心理病机时谈道，“心者君主之官，神明出焉；肾者作强之官，伎巧出焉。心营与肾水交亏，神机不灵，作强无权，不能动作，不能思想，心悸跳跃，右耳响鸣，两目羞明，腰痛酸胀，健忘胆怯……主不明则十二官危，心病则一身皆病矣……养心阴，益肾水，柔肝木，化痰热，参以调和脾胃之品”而治愈。临床实践证明许多心神疾病与某些躯体疾病从心君论治，往往效果显著。
总之，先秦天人合一思想的形成具有历史必然性，一方面，极其简单的生产工具，极其狭小的生产规模，决定了对大自然的极端依赖性。生产和生活实践使人们认识到，人与自然之间，天道与人道之间，是一体的、和谐一致的。另一方面，中国古代进入阶级社会，建立国家以后，氏族宗法血缘关系的历史遗存长期存在。这种宗法血缘关系披着温情脉脉的面纱，呈现自然和谐的特征。概言之，先秦“天人合一观”从根本上产生于极端依赖自然的农业生产方式和长期存在的氏族宗法血缘关系。
汉以前，许多哲学家都对天人关系进行了阐述，并在“天人合一”的相通相合方式上各抒己见，但都不够完备，真正对“天人合一”命题进行了最晓畅表达的是汉代今文经学家董仲舒，如刘安在《淮南子·本经训》中说：“天地之合和，阴阳之陶化万物，皆乘人气者也。”肯定万物的生化都是仰赖气的聚合，气是构成万物的唯一源泉。并且认为“一而不生，故分而为阴阳，阴阳合和而万物生”（《淮南子·天文训》），也就是元气只有分化为阴气和阳气，经过阴阳交接才能产生万物，万物由阴阳二气所生，所以“万物背阴而抱阳”（《淮南子·精神训》）。正因为如此，刘安认为“天之与人有以相通”。刘安认为人与自然都是以气为本的，人是自然界之精气所化而成。汉代哲学家频繁使用“气”这个范畴，但大都是在宇宙论的意义上讲的，虽涉及本体论，并没有明确地提到本体论高度。
《管子》提出了“精气说”，建立了完整的阴阳五行说体系，被《黄帝内经》所汲取，并用以阐释人体的生理、病理等医学问题，形成了中医学的五行藏象观。作为中医理论的渊薮，成书于战国秦汉之际的《黄帝内经》无疑汲取了先秦“天人合一观”中“人与宇宙共体”“人与自然和谐统一”的哲学养分，搭建了人和自然界和谐统一的理论框架，这种和谐统一主要体现在两个方面：一是人体的生理过程，随自然界的运动和生活条件的变更而发生相应变化；二是人体和自然界有共同规律，这无疑为中医学在探索人体生理病理规律，开展临床诊疗活动时，始终坚持将研究对象置于自然的时空环境和社会的人文关系中进行考察奠定了理性基石。而中医学这一以人体为中心，包罗天文、地理、人事和谐统一的理论特色，也为现代医学的发展提供了可资借鉴的思路、方法和具体内容。
气或精气是生成天地万物的本原，是构成万物的基本材料。世界上一切物质现象与精神现象都是由“精气”所构成。既然如此，天是气，人亦是气，同为一气，天人感应便找到了一个基点。以“气”为中介，天与人便可以互相影响、互相转化。通过“气”这个物质性的基础，阴阳家的天人感应在一定意义上摆脱了原始天人感应的朴素性，增强了客观性和说服力。董仲舒发挥了这种观点：“人下长万物，上参天地。故其治乱之故，动静顺逆之气，乃损益阴阳之化，而摇荡四海之内……是故常以治乱之气，与天地之化相殽，而不治也。世治而民和，志平而气正，则天地之化精，而万物之美起。世乱而民乖，志僻而气逆，则天地之化伤，气生灾害起。”通过“气”这个媒介，将社会之治乱与天象之变化相联系，使天人感应在更细微的层次上获得了物质性的说明。天人一气是指天与人都是由气构成的。在古代哲学中，气是指在宇宙中不可见的、无形状的，且不断运动的极细微物质，是构成宇宙万物的共同本源。《淮南子》认为“气”即“精”。如同《管子·心术下》云：“一气能变曰精。”认为精即能够运动变化的气。《周易·系辞》云：“精气为物。”认为精（气）是宇宙万物生成的共同物质基础。精气自身运动变化形成天地阴阳二气，天之阳气下降，地之阴气上升，天地阴阳二气交感合和化生万物，如《淮南子·天文训》云：“宇宙生气，气有涯垠。清阳者薄靡而为天，重浊者凝滞而为地……阴阳合和而万物生。”《周易·咸》也指出：“天地感而万物化生。”中国哲学中的“天人合一”，从人与自然之天的角度来说，强调天与人在构成物质材料上的一致性，即天与人都是气的运动变化产生。从人与主宰之天的角度而言，强调的是天与人、鬼神与人在本性上的同一性，即天人一理、天人同德等。而天人本性上的同一又是建立在天人一气的基础上的。因为中国哲学中的气并不能简单等同于现代哲学中的物质。中国哲学中的气，从作为宇宙万物构成质料的方面来说，相当于现代哲学中的物质。但同时，气中本身又具有神，气与神不可分割，天人一气，那么天人就应该具有共同的神或性。
《春秋繁露·天地阴阳》形气神三者一体观对中医理论的发展产生了重要影响。中医学强调生命的整体性、动态性、功能性。生命不仅是肉眼可见的形体和精神思维活动的统一体，人的体内还流动着生生不息的气。中医学一开始强调的就是形神一体观、身心一元论，这种思想的来源就在于对气的重视，气是统一形神的物质基础，是联系形神的中介，形神之间的协调相合关系是通过气的周流运动、升降出入而完成的，可以说“气”是形滋神生、神率形体的中介。
“天人同构”思想的滥觞应该是在《吕氏春秋》以后。《淮南子》在天人同气思想的指导下，创建了天人同构理论，认为天地是大宇宙，人身是小宇宙，人与天具有相同的结构特点。《淮南子·本经训》：“天地宇宙，一人之身也；六合之内，一人之制也。”天人有相对应的结构，人体是天地的缩影。
《灵枢·邪客》：“天圆地方，人头圆足方以应之。天有日月，人有两目；地有九州，人有九窍；天有风雨，人有喜怒；天有雷电，人有音声；天有四时，人有四肢；天有五音，人有五脏；天有六律，人有六府……地有十二经水，人有十二经脉……岁有十二月，人有十二节。”可以看出天与人的同构性。《淮南子》在此基础上，吸收了前人的思想，更进一步完善了天人同构，同时还表达了天人相参的境界。《淮南子》认为“天有九重，人亦有九窍。天有四时，以制十二月，人亦有四肢，以使十二节。天有十二月，以制三百六十日，人亦有十二肢，以使三百六十节”“头之圆也象天，足之方也象地。天有四时、五行、九解、三百六十六日，人亦有四支、五藏、九窍、三百六十六节。天有风雨寒暑，人亦有取与喜怒。故胆为云，肺为气，肝为风，肾为雨，脾为雷，以与天地相参也，而心为之主”。由此可以看出，《淮南子》把天、地、人、阴阳、四时、五行、天干、地支等融合在一起，比《黄帝内经》中天人同构的思想更为丰富。《淮南子》通过天人同构的思想，把人的地位提升很高，达到与“天地相参”的境界，如“天地宇宙一人之身”。这可能是继承了庄子“与天为徒”的思想，同时也吸收了儒家“相参”的思想。由于天人都是同源同构，都是由气化而生成的，所以说，天地的运行，特别是天地之气的运行和人体之气的运行具有相似性。因而，通过效法天之结构和气的运行，可以为人的养生防病提供仿效的依据。正因为天人同源同构，而且都是元气所化生，所以天人是可以互通感应的。
“气”为构成世界万物的基本元素，具有基础性和本原性。此乃哲学意义上的“气”范畴，它是“物质之天”的存在基础，而“物质之天”的“物质”性质也应该通过此基础性和本原性的“气”去得到奠基和说明。如《庄子·内篇·大宗师》“彼方且与造物者为人，而游于天地之一气”，可见“天地”以“一气”为其存在的内容。事物无论是否有形，都是由一个最本始的无分别的道演化而来，天地万物与人的形体、精神，莫不如是，即天人同构。
气是构成天地万物的基本要素。天人本质一致，人与自然统一，天地同根，万物一体。一是同质性。天地自然等一切存在物以及人都是由“气”的聚合化生运动而产生。正如《周易·系辞》有言：“天地氤氲，万物化醇；男女构精，万物化生。”《周易·序卦》亦云：“有天地然后有万物，有万物然后有男女”。二是相通性。天、人都是整个宇宙系统运化而成，故天与人之间不是彼此孤立的存在，而是发生着千丝万缕、息息相通的联系。“人副天数”“天副人数”，人是天的副本，天是人的放大。天地日月江河湖海在人的身体当中都存在着相互对应的部分。天与人在结构上存在着相通性，因而二者在功能等方面也有相通性。如天有雷电雨雪，人有悲怒哀怨。天人之间的相类相通注定了天人一体，天地自然就是人的无机身体，而人则是天地自然的灵秀化身。如《礼记·礼运》：“故人者，其天地之德；阴阳之交；鬼神之会；五行之秀气也……故人者，天地之心也；五行之端也。”《春秋繁露·人副天数第五十六》：“人有三百六十节，偶天之数也；形体骨肉，偶地之厚也；上有耳目聪明，日月之象也；体有空窍理脉，川谷之象也；心有哀乐喜怒，神气之类也。”《春秋繁露·天辨在人第四十六》：“喜怒之祸，哀乐之义，不独在人，亦在于天；而春夏之阳，秋冬之阴，不独在天，亦在于人。”《春秋繁露·阴阳义第四十九》：“故曰：天乃有喜怒哀乐之行，人亦有春秋冬夏之气者，合类之谓也”“天亦有喜怒之气、哀乐之心，与人相副。以类合之，天人一也。春，喜气也，故生；秋，怒气也，故杀；夏，乐气也，故养；冬，哀气也，故藏。四者，天人同有之，有其理而一用之。”《春秋繁露·同类相动第五十七》：“天有阴阳，人亦有阴阳。天地之阴气起，而人之阴气应之而起；人之阴气起，天地之阴气亦宜应之而起，其道一也。”体现了鲜明的天人同构的同质性、相通性、情感性等特征。人是宇宙的缩影，而宇宙则是人的放大。
董仲舒《春秋繁露》继承了先秦的阴阳五行学说，又吸取了当时自然科学的声音共鸣、机械共振及生物学的同类相应等成就，提出“同类相应”“同类相动”的哲学命题，并以此为据推导出“天人之际，合而为一”（《春秋繁露·深察名号》）的结论，重建了一套系统的“天人合一”学说，即以阴阳五行为构架的以天-自然-社会为三个层次的天人感应宇宙图式。
董仲舒说“天者，百神之大君也”“天者万物之祖，万物非天不生”。认为“天”是有人格、有思想意志的神，它没有形体，却寓于自然界之中，它的目的意志和主宰作用是通过以阴阳五行为结构间架的大自然表现出来的，如《春秋繁露·官制象天》：“天有十端，十端而止已。天为一端，地为一端，阴为一端，阳为一端，火为一端，金为一端，木为一端，水为一端，土为一端，人为一端，凡十端而毕，天之数也。”这十端是构成“天”，也是构成物质世界的十大基本要素，它们按照一定的结构关系组织起来，如《春秋繁露·五行相生》：“天地之气，合而为一，分为阴阳，判为四时，列为五行。”肯定气是自然界的根本，气的分合变化，形成阴阳对立，四时变换和五行生胜。而阴阳之气虽然无形无象，但万物的生成变化都是气的作用。《春秋繁露·天地阴阳》“天地之间，若虚而实”，就是因为充满了无形之气。关于五行，董仲舒说：“天有五行，一曰木，二曰火，三曰土，四曰金，五曰水。木，五行之始也；水，五行之终也；土，五行之中也，此其天次之序也。”所谓“天次之序”就是五行之间最重要的关系。由此可见，万物又通过五行之间的生胜关系构成一个相对稳定的结构体。
依照董仲舒的理论，天地、阴阳、四时、五行，由天之十端分别组成。天盖其上，地载其下，阴阳二气一前一后，一左一右运行于天地之间，形成春夏秋冬四时，四时的更替与五行的循环有着对应的关系：“水为冬，金为秋，土为季夏，火为夏，木为春。”其功能是：“春主生，夏主长，季夏主养，秋主收，冬主藏。”（《春秋繁露·五行对》）此外五行还与五方相连属，即木主东，火主南，金主西，水主北，土主中央。因而五行的循环就把空间（五方）和时间（四季）统一成一个整体，天地之气就在这个整体之中，按照阴阳五行的法则产生万物。总之，这一时期“天人合一”观念是建立人的外在行动自由的宇宙模式，这里“天”在实质上是“气”，是自然，其宇宙论即自然本体论，“天人合一”是现实的行动世界，而现实世界的物质基础在于“气”（元气），元气在运行变化中分化为阴阳二体或天地二体，天地阴阳又相互作用则生化出万物，即“一元多体”或“一元万体”。既然天人皆为一气，故“天人合一”的特质在于“气”，即合于“气”。
有学者就此指出：天地万物（包括人在内）都不同，何以能成为一体呢？这就要说到中国特有的“气”的观念，天地万物都是一“气”所化，在未分化前同属一“气”，分化以后则形成各种品类。所谓人与天地万物一体或天人合一，其比较确切的含义即在于此。
中医学正是吸收了这一时期“气”宇宙模式的“一元多体”的认知观，受以阴阳五行为构架“天人合一”文化哲学思想的深刻影响，而提出了“人与天地相参应”的原理，《黄帝内经》中处处体现了这种以气为特质，以阴阳五行为框架的观点，如提出“人以天地之气生，四时之法成”“人生有形，不离阴阳”等都说明了人与天地万物有共同的起源和属性，正因为如此，人体的生理过程，也随自然界的运动和生活条件的变更而发生相应变化，《内经》指出：“春生、夏长、秋收、冬藏，是气之常也。人亦应之。”这种关于四季气候变化对人体生理功能的影响，已被现代科学研究所证实。程士德教授领导的科研组从动物实验着手探讨其机理，并与五脏功能活动的系统调控相联系，测得大鼠脑内5-羟色胺、去甲肾上腺素、多巴胺及其代谢产物，以及cAMP、cGMP、P物质、生长抑素等，均有明显的季节变化。人与动物略有差异，以5-羟色胺为例，人的多巴胺血浆含量，健康人春夏增高，秋冬降低，其中夏、冬差别显著，一年四季呈单峰式，最高峰出现在冬季，夏季含量最低。如果以一日为四时“……朝则人气始生……日中人气长……夕则人气始衰……夜半人气入藏”（《灵枢·顺气一日分为四时》）。说明一日中人气的盛衰随着自然界的阴阳盛衰而变化，它直接影响着人体的生命活力，关于这一点有人对1424例死亡病例进行分析后，发现早晨7时（辰时）至下午5时（酉时）死亡数较少，晚上7时（戌时）起死亡数急剧升高，至夜半12时（子时）升至高峰，然后又缓慢下降，直至次日早晨7时又再次下降。这一死亡时间与时间关系的规律与《灵枢·顺气一日分为四时》中记载的“旦慧、昼安、夕加、夜甚”完全一致。还有人研究了中风发病的时间节律，认为缺血性中风以春夏两季、上弦月、平旦发病最高，而在秋季、下弦月、夜半发病最低；出血性中风以夏冬两季、望月、平旦发病最高，而在秋季、下弦月、夜半发病最低；并指出月相变化对中风发病有一定意义，特别是朔望月节律变化对出血性中风发病有显著意义。白天人的阳气行于外，推动着人的各种机能活动，所以人的劳动多在白昼；夜间阳气内敛，人由动入静，须通过休息恢复精力。故《素问·生气通天论》说：“阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。”
对于“人与天地相参也，与日月相应也。故月满则海水西盛，人血气积……至其月郭空则海水东盛，人血气虚”（《灵枢·岁露论》），有人通过研究发现：女性月经周期平均为28天，恰好处于恒星月周期27天7小时43分11.4秒和一个朔望月之间；卵巢黄体的形成也呈现14±2天的半月周期……大部分月经来潮时间在盈月，新月前为经期高峰……满月前后受孕最多……在望月夜晚，妇女月经出血量成倍增加，而在月亏情况下，则出现相反现象。男性的生理功能也随月相盈亏而发生变动，如尿-17羟类固醇的排泄量、胡须的生长、痛阈和体重的变化呈月节律……人体体温有朔望月节律。而月象盈缺与人类气血盛衰变化也有明显的同步性，血红蛋白、红细胞计数、网织红细胞绝对值、白细胞总数、中性粒细胞比数，血小板在月初、月末均低于月中，而且月末低于月初。月中上述各项指标最高，白细胞总数和中性粒细胞比数亦呈现中-高-低的变化规律，说明一个月中，在生理状态下，月满期人体抵御外邪的功能最强，其次是上半月，抵御能力最差的时期是下半月。青少年男性无论血红蛋白、红细胞计数、网织红细胞绝对值、中性粒细胞比数皆呈现高-中-低的规律性变化，有关人月关系的问题，近年来国内外已有不少学者，还从生物物理学与生物化学的角度，做出了初步的解释，证明月球引力，也可能如同潮汐变化一样作用于人体，使人体功能产生适应性变化的呈月节律。充分说明了“天人合一”思维模式的正确性。
特别是在“人与天地相参也”这一基本原理的指导下，还形成了以“气-阴阳-五行”为基本模式的四时五行脏象体系，这是中医脏象理论的精华。在这个体系中，任何生命活动，都是由五脏的相互联系共同完成的。在五行学说的指导下，五脏又代表了生命体中的五个功能系统，因此，总体的生命活动，就是各组织的功能联系所产生的活动。血的生化输布，不仅关乎心肝，同样具有五脏分司的作用。而精亦非肾独藏之，五藏都有精，故《素问·上古天真论》说：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之。”总之，五脏功能虽各有分司但在整体上又必须互相配合，五脏之间的这种交互资生、交互制约的关系通对生克制化维持着相对的协调和统一，形成一个精细的调节系统，它酷似现代控制论中的反馈理论。显然这一模式是“气-阴阳（天地）-五行-万物”宇宙生成模式在医学领域的翻版，这一模式对中医学理论的形成和发展起了极其重要的作用。《灵枢·岁露论》中“人与天地相参应”可贵之处在于它吸取了天人合一论和天人感应论中合理的成分，即气的本原性和统一性。其次，《黄帝内经》中还存在着朴素的“天人相应论”，诸如头圆应天、足方应地、两目应日月等等。
宋代是中国古典哲学体系的成熟期，在思辨水平上达到了中国古典哲学的高峰。宋儒融汇儒家的社会观、道家的形而上学思辨方法和禅宗“明心见性”的领悟功夫，熔铸出了新儒学体系——理学。它由邵雍、周敦颐开其端，程颢、程颐系统化，朱熹集大成。
自觉的儒学复兴意识、高度的抽象思辨水平和谋求哲学形态的精致、体系化是宋明理学的鲜明特征，理学从总体上说是古代认识史上的一次飞跃，它的思维方式属于理性思维范围，受此默化，宋以后的医学具备了比较严格的思维逻辑特征，医学理论趋于系统化概念范畴的使用日趋一致；对新的临床实践也能加以思辨的发挥，促进了学术争鸣的发展，从张元素主张脏腑辨证，倡导药物气味归经升降沉浮、引经报使开始，出现了主火论、攻邪论、脾胃论、相火论等不同的学术观点的争鸣，最后深化了中医的理论，又如《黄帝内经》《难经》各执一是的“命门”概念，这一时期由于引用“太极图说”的思想，在位置、作用、基本涵义上，各个医家的认识趋向统一，在以“理”为万物本原的“天人合一”观的指导下，命门学派医家建立了“太极（命门） -阴阳-五行（脏腑）”生命模式，并以此来探索生命的起源和奥秘，又如著名医家朱丹溪受“格物穷理”思想的影响，援儒入医，以太极之理阐发医理。用太极阴阳、形气动静、五行之配、天地君臣（相）作演绎类比，推理出人身之“火”有一种“相火”的存在，而创立相火论。从丹溪引用周子、朱子之语可以看出，其相火论是用理学原理作“格物致知”而来的新的中医学病机理论。其他如阴阳互根，先天后天之说，精、气、神、形的相互化生，在后世“气化”学说和理论的影响下，逐渐形成了共识，得到了普遍接受。及至明代，薛立斋、赵献可的“肾命说”，孙一奎的“三焦说”，张景岳的“大宝论”，李中梓的“先后天根本论”等，都是理学思辨的思维方法在医学中的特定反映，如对于先天、后天，程朱认为天地未形理已具此为先天，气化生成万物是为后天，明代医家多以先天后天论形气体用。赵献可说：“先天者，指一点无形之火气也，后天者，指有形之体。”据此，李中梓将其运用于具体的辨证施治中，认为肾为先天，脾为后天，治痛应补先天后天，以固脾肾为主，这种观点至今仍有临床意义，不仅如此，在临床实践方面也全面推行了理学的思辨思维方法。如诊断上，提出察病辨证，要应天法时，即以天之四时六气，月之阴晴圆缺、日之旦暮昼晦对人体生理、病理的影响，作为辨治疾病之参考。今人的研究也证明了它的正确性，如对于人体脉象节律的变化，有人通过对男青年的左关脉进行测录，发现人的脉象图确实随着季节与时间而变化：在脉形方面，夏至脉图主波高而稍宽，冬至主波低而较窄，春分、秋分则介于两者之间，在脉的频率方面，冬季脉率较夏季快。在脉位方面，冬季脉指感偏沉，夏季脉较浮。在脉的波幅方面，主波高度在夏季最高，冬季最低，春秋两季则分别处于由低到高和由高到低的过渡阶段。在确定其周期时，发现脉图主波高度变化的最适周期在12~13个月之间，符合近似年节律的周期范围，说明不同时间的不同气温、气压对人体皮肤、肌肉、血管、血流量、流速有一定的影响，而这也就正是脉象变动的因素。在治疗方面，提出法应时立、方随时选、药因时择。朱丹溪论述咳嗽时指出：上半日多嗽者，此属胃中有火，用贝母、石膏降胃火；午后嗽多者属阴虚，必用四物汤加黄柏、知母降火；黄昏嗽者是火气浮于肺，不宜用凉药，宜五味子、五倍子敛而降之；五更嗽多者，此胃中有食积，至此时火气流入肺，以知母、地骨皮降肺火。张元素在治疗潮热时说：“潮热者，黄连、黄芩、生甘草。辰戌时发，加羌活；午间发，黄连；未间发，石膏；申时发，柴胡；酉时，升麻；夜间，当归根。”刘河间的独圣散为涌吐风痰之剂，他特别强调用时的要求“是天气在上，人气亦在上，一日之气，寅卯辰之候也，故宜早不宜夜”（《素问病机气宜保命集》）。理学的太极、理、数的概念给中医某些理论学说带来了若干玄虚神秘的色彩，如明代以后命门的概念，在本质上被认为是无形无象；增加了推理和隐测的成分，带上某些玄虚的色彩，此外，理学对中医学的消极和阻碍作用还表现在，理学假经说法，尽心明性的学风使中医研究偏离了实践方向；理学伦理化了某些自然现象和规律，使中医在病因学、治疗学和养生学方面形成了若干超现实的内容；如一方面强调气化运动为“生杀本始”，另一方面又想做“不生不化”“无有终时”的“真人”，使中医的某些理论蒙上了神秘色彩，又如片面强调“阳”“气”是主要的，而“阴”“血”始终处于从属地位，难免失于偏颇。理学注重教条主义的思辨推理，而忽视与科学技术结合，对一些像吴有性《温疫论》的新的病原学发现，在尊经复古的思潮下加以竭力抵制，又阻碍了中医传染病学的研究，成为中医近代发展缓慢的原因之一。