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有关天人关系问题的研究，可以说是中国古代哲学的永恒主题。中医学根植于中国传统文化的沃土之中，以中国古代哲学的认识论、方法论及价值观为其指导思想。王夫之“言道者必以天为宗也，必以人为其归”（《尚书引义》），即讲天总要落实到人。中国古代哲学家认识自然不是要建立一个纯粹以自然为研究对象的自然哲学体系，而是以“人”为出发点，通过人与自然的关系认识自然，是要回答人何由产生，人生而即有的本性是什么，人应该怎样生活，人生、社会的理想是什么。因此，研究中国古代天人关系，从哲学高度审视中医学理论，有助于揭示中医学的认识论、方法论和价值观，搞清中医理论建构及演变的过程与规律，厘清中医学与中国文化的关系，把握中医学的特质；同时，甄别天人关系理论对中医学理论产生的各种影响，明晰中医学中文化与科学的关系，有助于准确把握中医学的科学问题，发展中医文化，完善中医学理论，促进中医学术的健康发展；另外，阐明中医学中的天人关系理论，也可以为中国哲学研究提供资料和新的视角。
中国古代哲学各学派中，对于“人”的解释基本一致，都是指现实社会的人类和人群，但对“天”的理解则众说纷纭。中国古代天的含义基本可概括为自然之天和主宰之天，自然之天既可以指作为物质存在的天或自然界，也可以指一种自然而然的状态。主宰之天是指宇宙万物的最高主宰，而人格之天、运命之天、义理之天等都是对主宰之天的不同表达形式，也可以归为主宰之天。古代中国哲学中的天其实是自然之天与主宰之天相结合，自然之天是对天的物质载体方面而言，主宰之天是对天的精神内容方面而言，二者缺一不可，是天所具有的两层含义。中国古代哲学在对天人关系的探究中，出现了诸如“天人感应”“天人同类”“天人合德”“天人一气”“明于天人之分”“天人不相预”等观点。直至北宋时期，张载明确提出了“天人合一”思想，为天人关系争论画上了句号。此后，在天人关系的讨论上，基本没有脱离“天人合一”的思想内核。可以说，“天人合一”在宋代以后成为中国哲学处理天人关系的基本原则。
“天人合一”思想充实了中医理论体系的整体观。研究中医必须“上穷天纪，下极地理，远取诸物，近取诸身，更相问难”（《黄帝内经》），即“上知天文，下知地理，中知人事”。在这种世界观指导下形成的中医理论整体观贯穿到中医学理、法、方、药各个方面。《素问·生气通天论》曰：“天地之间，六合之内，其气九州、九窍、五脏、十二节，皆通乎天气。”《素问·宝命全形论》曰：“天覆地载，万物悉备，莫贵于人，人以天地之气生，四时之法成。”说明人是万物中最宝贵的，其生命活动与天地环境变化息息相关。《素问·离合真邪论》曰：“天地温和，则经水安静；天寒地冻，则经水凝泣；天暑地热，则经水沸溢；卒风暴起，则经水波涌而陇起。夫邪之入于脉也，寒则血凝泣，暑则气淖泽。”《素问·八正神明论》曰：“是故天温日明，则人血淖液而卫气浮，故血易泻，气易行，天寒日阴，则人血凝泣而卫气沉。”指出气候变化对人体生命活动有深远的影响。
先哲主要采用了以象论理的思维方式总结天与人的共同规律，明确阐述了天地与人有共同的物质基础，遵循共同的规律。象是指事物内在本质表现于外的征象，它时刻反映事物本质的变化。以象论理是中国古代一种极为常用的思维方式，如《周易·系辞》云：“仰则观象于天，俯则观法于地……近取诸身，远取诸物。”古人发现天与人均可从气、阴阳、五行的理论观点来加以认识与诠释。气是构成宇宙万物最本源的物质，古人在观察自然现象时，从昼夜变化、风向变化、四季变化、人体呼吸之气等现象，概括出自然界万物的运动变化都是依靠气的升、降、聚、散等形式推动实现的，气的运动变化孕育着宇宙万物。天气下降，地气上升，天地之气的升降运动产生万物，事物的存在也离不开气的聚散运动，气的升降聚散运动变化使不同形态的事物发生着相互转化，也使有形之体发生着自我更新。同样人体的生命活动离不开气的升降出入，如《素问·六微旨大论》云：“出入废则神机化灭，升降息则气立孤危。故非出入，则无以生长壮老已；非升降，则无以生长化收藏。”因此气的运动变化规律是天人共同遵循的规律。
古人受日光向背的启发，创造了“阴阳”的概念，规定了阴阳的属性，把自然界的气划分为阴阳二气，在天之气为阳，在地之气为阴，阳气降，阴气升，天地阴阳二气交感化生万物。同时古人把世界万物及现象的属性抽象概括出来也分为阴阳两类，阴主凉润、宁静、抑制、肃降；阳主温煦、推动、兴奋、升发。阴阳二气的相互作用推动着宇宙中一切事物和现象的产生和变化。如《管子·乘马》云：“春秋冬夏，阴阳之推移也；时之短长，阴阳之利用也；日夜之易，阴阳之化也。”说明四时与昼夜的更替是阴阳共同运动变化、相互作用的结果。阴阳二气的运动变化同样推动着人体生命的一切活动，两者的运动和功能有序和谐，平衡稳定，人体则健康，这便是《素问·生气通天论》讲的：“阴平阳秘，精神乃治。”因此阴阳的运动、变化规律是天人共同遵循的规律，正如《素问·阴阳应象大论》所云：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”
随着实践经验的丰富，认识水平的提升，古人逐渐认识到木、火、土、金、水五种物质是人类生产和生活中最常见和不可缺少的基本物质。如《尚书正义》云：“水火者，百姓之所饮食也；金木者，百姓之所兴作也；土者，万物之所资生也，是为人用。”在生产和生活实践中，人们发现了这五种物质相互作用，可以产生新的事物，如《国语·郑语》云：“以土与金、木、水、火杂，以成百物。”因此，人们就将宇宙本原之气分化成木、火、土、金、水五种基本物质，并对这五种物质的属性进行概括，命名为五行，并总结其特性。古人运用取象比类和推演络绎的方法，把自然界中各种事物和现象归属于五行，以五行学说理论来阐释自然界的运动变化规律。受“天人合一”思想的指导，人的生命及生命活动规律也可以运用五行学说来进行诠释，于是通过对人体生命活动、生命现象进行抽象概括，按照五行的特性也分为五类，归属五行，形成五脏，总结出以五脏为中心的生理病理系统，并借助五脏系统与自然界的相互感应，运用五行的相生相克规律来阐释五脏之间生理和病理的相互联系、相互影响，对疾病的诊断和防治起到了指导作用。
总之，气、阴阳、五行的运动变化规律是自然界中万事万物共同遵循的规律。古人在研究天人一理的过程中发现天与人时刻交相呼应，以“天人一气”为理论基础，构建了天、地、人三者和谐统一的一个大系统、大整体，以此指导临床诊疗和养生防病。
在先秦诸子中，范蠡、子思、荀子都提到了天人相参相应，但十分零散，且没有进行拓展论述，形成体系。如“夫人事必将与天地相参，然后乃可以成功”（《国语·越语》），“唯天下至诚，为能尽其性……能尽物之性，则可以赞天地之化育；可以赞天地之化育，则可以与天地参矣”（《中庸》），“故天地生君子，君子理天地，君子者，天地之参也……”（《荀子·王制》），“天行有常……应之以治则吉，应之以乱则凶。”（《荀子·天论》），在道家“天人合一”思想的影响下，确立了以人为重心的中医学整体观。首先，中医认为人是自然界分化的产物，确立了“天人相应”观，从运气、四时、正邪等关系认识和调控人的健康与疾病；其次，中医认为整个人的生命活动是基本存在，把这一基本存在的正常与否，作为认识和调控的重心，建立了辨证论治体系。这种整体观，成为中医学区别于西医学的本质特征之一。
天人合一可从天人同源、天人同构、天人同道三个方面解构。
天人同源是中医理论体系构建的基础。古人认为气以精微无形、连续无间的状态存在在天地万物之中，是构成天地万物的最本源物质，它运动不息、不生不灭，是自然万物交相感应的媒介。事物之间的感应方式主要有两种：一是同气相感，即性质相同的事物之间的相互感应，也称为“同气相求”。二是异气相感，即性质不同的事物之间的相互感应。《黄帝内经》基于先秦元气论思想，用气来解释天、地、人的构成和运动变化，并且通过观察气的生成、运行、变化规律来阐释人体的生理、病理变化，指导疾病的诊断、治疗和养生等，形成了以气为核心的思想理论体系。同时《黄帝内经》明确提出了气化的概念，并对气化理论进行了深入的论述。后世医家则进一步将哲学本原论的元气概念引入中医学领域，一方面阐释了人体与自然万物的统一性，另一方面又将其深化为本体论的概念，丰富了元气的内涵，论述了元气的生成、功能、病理变化及诊断与治疗等问题，使元气论成为中医学术体系的重要组成部分。另外，不同历史时期的哲学家都将太极作为展示宇宙终极本原及其无限性的哲学范式，太极所揭示阴阳一体的和谐模式、“物物一太极”的全息思想等，经过金元医家的拓展，在明代发展成为人身太极的肾命学说。
天人同构是中医理论体系建构的框架。中医学在早期常常借用数术时空观来整理、诠释对人体的认识与经验，认为人的身体与天地在结构、构成原理、功能上具有相似性。所谓人身小宇宙，天地大宇宙。使得中医学在理论建构中，将对阴阳、三才、五行、七数、九宫的结构模式的认识，类推到人体，进而借用同气相助、异气相感的规律来说明人体生理病理变化乃至诊疗等基本问题。从较高层次的“天地人三才”医学模式，到太阴、少阴、厥阴和太阳、少阳、阳明的三阴三阳经脉诊疗模式及五运六气模式，乃至中医脉诊体系的构建、治则治法、方剂配伍等，无不贯穿着天人同构的思想。中医经络理论的构建，从历史角度而言，有四经与四方四时模式、“天六地五”与十一脉模式、十二月与十二经脉模式、二十八宿与二十八脉模式，其形成的基础也都是基于天人同构的理念。
天人同道是中医理论体系建构的理论依据。由于人与自然同源于“气”，具有相同的结构，所以，人与自然万物之间也具有相同的阴阳消长及五行生克制化等规律。以此类推，即可构建“时藏阴阳”相关理论与“五行时藏”相关理论。中医学在天人合一观与阴阳五行学说基础上建构起时间医学理论，认识到时间因素对人体生理、病理的影响，并在诊断与治疗过程中结合时间因素加以论治。中医学理论体系的一个重要学术内容和特点就是对人体生命节律的认识和应用，对中医学术的发展及临床实践有重要的意义。中医学在没有经过系统的实验性研究的情况下，从理论上提出气血循环，正是基于天人合一观及与之相关的取象比类思维方法。此外，水的隐喻也是古代医家认识人体生命活动的重要方法。水是人类生命活动必不可少之物，因此，中国古代思想家常假定自然界与人类社会乃至人体自身有着共同的变化规律，古人通过河流隐喻经脉，类推出人体经脉及其循环运动。
天人合一观从天、地、人一体，天人合德及天人合道的角度，描绘了人生的价值取向和人生境界。人作为宇宙天地万物的一部分，应该与其他物类一同遵循天地自然规律。因此，中国哲学各流派共同的价值取向就是基于天地之道，引出为人之道。这一价值观在中医学中也得到了充分的体现。中医学认为“中和”是人类生存延续、生命活动维持整体平衡稳定的必要条件。因此，中医养生及诊治疾病也以“中和”为最佳境界和最终追求，目的是要达到人与自然及人体形神之间的有机和谐。
基于天人合一、时藏相关的基本认识，中医学将对人体生理病理节律的认识与临床实践紧密结合起来，形成了颇具特色的因时诊断方法，即根据疾病的时间节律特点分析判断疾病的病因、病位、性质和发展趋势等，主要体现在疾病节律与因时诊断、脉象节律与因时诊断等方面。其中有关脉时规律的认识，主要有阴阳脉时关系、五行脉时关系、三阴三阳脉时关系等，而临床应用最为广泛的是五行脉时关系模式。同时，中医在对疾病的治疗过程中，也十分重视时间因素的影响，在临床实践与模式推理的基础上，提出了诸多有关时间节律治疗的理念及方法。
中医学认为，不同地理环境背景造成人们的生活条件、饮食构成、风俗习惯的差异，从而造成不同地域人群体质和疾病的差异，故治疗疾病选方用药应当考虑地域差异。主要涉及地理环境与发病、人体寿夭与气化迟速、高下寒热制宜及方位气异制宜等方面。
中医学在天人合一观的指导下，强调养生也必须“法天则地”，顺应自然界阴阳消长、五行更迭的规律，使人体生命活动节律与自然界生、长、化、收、藏的时间规律相协调。对此，古今医家均有大量的论述，主要可分为四时养生法、逐月养生法、一日四时养生法等。
《黄帝内经》搭建了中医学天人相应思想理论的基本架构，历代医家通过临床实践，不断丰富和完善了天人相应思想。《黄帝内经》天人相应理论的目的就是探求并掌握自然运行的规律，运用天人相应的规律寻找适当的养生方式方法，寻求防治疾病的根本原则，全面更好地为人类的健康服务。《黄帝内经》是中医学理论体系确立的标志，“天人相应”的整体观是这一理论的指导思想，对中医基础医学研究和临床实践活动发挥着无法替代的指导作用，同时，也预见性地指明了现代医学研究发展的必然方向。充分显现了中国传统哲学思想的强大智慧和深远影响，为现代医学的基础研究和临床诊治提供了导向性的理论。
在不同时空条件下，“天人合一”整体论所展现的形式是有区别的，而且人在不同时空条件下，对此的理解也是有差异的。于是历史上就产生了中医异彩纷呈的学术争鸣和学术流派。
