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支原体广泛分布于自然界，在动物、植物、土壤、人体、水及肥料等中均有支原体的存在。从土壤和污水中能分离到多种腐生性支原体，它们对人、动物和植物无致病性。与其他腐生菌一样，这些支原体通过对动、植物尸体中有机物的分解而获取营养，并在自然界有机物的循环中发挥一定的作用。
迄今在自然界中所分离的支原体多为非致病性支原体，属腐生菌或无害的共生菌。如在人和动植物体内寄居的支原体大多为非致病菌，有的可作为定植菌，参与机体正常菌群（normal flora）的构成。例如，在人的口腔中有口腔支原体（ Mycoplama orale ）和唾液支原体（ M. salivarium ），主要定植在口腔、牙菌斑和牙石，是正常口腔中数量较少的微生物，此两种支原体皆可从口腔、牙根炎、牙龈炎和牙周炎的临床标本中检出。在正常女性阴道中，支原体的分离率为15%～16.8%，以解脲脲原体（ Ureaplasma urealyticum ，Uu）多见，其次为人型支原体（ M. hominis ，Mh），这些支原体常构成阴道的正常菌群。在牛、羊的瘤胃内寄居有专性厌氧的厌氧原体（ Anaeroplasma ），它们对牛、羊无致病性，属无害的共生菌。有的支原体可存在于不同种属的宿主中，例如莱氏无胆甾原体（ Anaeroplasma laidlawii ）可寄生于人的口腔、牛的生殖道和鼻腔、猪鼻腔和鸡窦等多种哺乳动物和鸟类的不同部位；有的螺原体（ Spimplasma ）既可存在于植物中，亦可存在于昆虫体内。
但也有极少数支原体系病原性支原体或条件致病菌，能引起人和动、植物的病害。例如，肺炎支原体（ M. pneumoniae ，Mp）能引起人类的原发性非典型肺炎；丝状支原体（ M. mycoides ）可致牛、山羊的传染性胸膜肺炎；猪肺炎支原体（ M. hyoneumoniae ）导致猪的肺炎或气喘病；鸡毒支原体（ M. gallisepticum ）能引起多种家禽及鸟类的呼吸道感染。有些支原体属于条件致病菌，例如，解脲脲原体、人型支原体与生殖支原体（ M. genitalium ，Mg）在一定条件下能引起泌尿生殖道感染和不育症；发酵支原体、穿透支原体（ M. penetrans ）和梨支原体对正常人不致病，但可协同HIV致病。此外，通过对支原体的定性、定量和定位分析，发现有些支原体可随量的增多、宿主转换或定位转移等，从不致病转为致病。例如，关节炎支原体（ M. arthritidis ）对人无致病性，但若感染啮齿类动物，则可引起关节炎。
由于支原体分布广泛且加压可通过除菌滤器，其已成为实验室污染中常见而令人困扰的问题。据文献报道，在细胞培养室中，有5%～35%的细胞培养物存在支原体污染，尤其在传代细胞系（如HeLa细胞、Hep-2、KB细胞等）的培养中更为多见。实验室污染的支原体以口腔支原体、猪鼻支原体（ M. hyorhinis ）、精氨酸支原体（ M. arginini ）和莱氏无胆甾原体为主，占污染总数的80%，污染源主要为操作者和小牛血清。在L型细菌的培养中，亦可发生支原体污染。由于两者的菌落及形态相似，往往影响对培养结果的判断。
支原体是一类营寄生为主的微生物，在适宜的环境条件下进行生长繁殖，保持其生物物种的延绵和循环。不同种类的支原体在自然界的循环可因寄生方式和寄生宿主而异。腐生性支原体寄生于动植物尸体，主要通过土壤、污水等传播；这些支原体可协同其他腐生菌导致动、植物尸体腐败从而增加土壤的肥力，有助于植物的生长，也间接为食草动物和人类提供食物。活体寄生的支原体在自然界的循环方式则与腐生性支原体不同。例如，寄生人和动物的支原体随排泄物或分泌物排出体外后，可经气溶胶（如肺炎支原体、鸡毒支原体）及污染的饮水、食物（如口腔支原体）进入另一机体，或通过性接触（如解脲脲原体）感染新的宿主；有的支原体（如莱氏无胆甾原体）尚可在人与动物之间相互传播。寄生植物的支原体主要以昆虫传播，有趣的是，许多支原体既对植物致病，也能引起昆虫感染，因而可在植物与昆虫之间相互传染，形成支原体传播的循环圈。
支原体属原核细胞型微生物，其由何种生物进化而来，这是一个饶有兴趣的问题。有学者提出支原体可能是由L型细菌演变而来，其依据是两者具有许多相似的生物学性状。例如，支原体无细胞壁，L型细菌亦有胞壁的缺失或缺损，均呈现多形态性；两者皆能通过细菌滤器，对低渗敏感；在固体培养基上均形成“油煎蛋”样的细小菌落。支原体与L型细菌的致病性也有相似之处，它们均能引起间质性炎症和泌尿生殖道感染。现已知道，L型细菌的产生，是正常细菌所处环境中存在着有碍胞壁形成物质的选择结果。实验证明，在细菌的培养中，如在培养基中加入青霉素或溶菌酶，可诱导L型细菌的形成。这是因为青霉素能抑制细菌细胞壁合成，溶菌酶则可水解细菌的胞壁。大多数温血动物能产生溶菌酶和其他分解细菌胞壁的物质；在土壤中，也存在多种产生类似物质的微生物，尤以黏细菌产生的量特别大。因此，在自然界，L型细菌可能经常产生。青霉素的普遍使用则进一步增强了L型细菌的形成趋势。L型细菌有两种：不稳定型和稳定型；如将环境中有碍胞壁形成的物质（如青霉素）除去，前者回复到有细胞壁的正常细菌，而后者则不再能合成细胞壁，其继续生长并维持L型状态。因此推测这种L型状态经长期延续，有的菌株渐渐产生变异，失去亲代株所具有的某些遗传信息，从而产生完全不同的另一类微生物，即已经取得独立地位的支原体（图7-1）。
图7-1 支原体的演变过程
为了证实这一推测，一些研究者曾企图从细菌或L型细菌诱生支原体，虽曾做过多次尝试，然而全告失败。也有报道说，在L型细菌培养中出现过支原体，但却不能排除培养基或其加入成分污染支原体的可能性。
从支原体与L型细菌的生物学性状类似考虑，似乎两者具有必然的关联性，可是，DNA杂交试验的结果表明，除莱氏无胆甾原体与少数几种细菌相关外，大多数支原体与细菌及其L型之间未显示有关联。其次，生化方面的研究也未获得两者关联性的依据。通常，构成支原体基因组的DNA分子量较小，约5×10 5 bp，而细菌的基因组最小的亦达1×10 6 bp，大多数支原体的G+C（%）含量低，为24%～33%，约相当于大多数细菌的50%。这些都不支持“支原体是来源于L型细菌”这一见解。因此，支原体究竟由何种微生物演变而来，尚需进一步研究。