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生态学是研究正常微生物群的结构、功能和其与宿主相互关系的学科，研究范畴包括微生物与微生物、微生物与宿主及微生物和宿主与外界环境的相互关系。生态学研究内容分为三个层次，即宏观生态学、微生态学和分子生态学。宏观生态学研究微生物或其群体同大自然环境的关系，它涉及生物与生物、生物与环境的相互依赖和相互制约的研究；微生态学（microecology）主要研究微生物与宿主的相互关系，它是细胞水平的生态学；分子生态学则是生态学与分子生物学的融合，它主要研究微生物及其生物活性分子与分子环境的相互关系。
支原体广泛分布于自然界，其在自然界中极少单独存在，与环境、宿主及其他生物关系密切，维持机体内的微生态平衡。