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组织是现代科学各个领域广泛使用的概念。尤其在系统科学中，组织是少数最基本的概念之一。揭示从自然界到人类社会的各种组织如何产生、生长、维持、演化、管理的机理，是现代系统研究前沿的中心课题。随着系统科学的不断发展，我们对组织概念的理解愈益深入全面，但仍有许多基本问题有待探讨。
大量的他组织系统是非仿自组织的人工创造物，在自然界没有对应物。人不能从自然界直接获得这种系统的设计思想。绝大部分机器都是这种人工系统。但不能说它们一定是违背自然的。实际上，今天的自然界是从它的起始点经过漫长的历史过程发展而来的，经历了无数次分岔、突变、锁定，在每个分岔点上都发生过对称破缺选择，某一种可能性被选择、锁定，其余的可能性就被淘汰。只要人类认识了物质世界的客观规律，就可以创造出那些在现实世界没有对应物、却是这个世界本来可能有的组织。当人类认识了自然规律后，人为地促使这些条件聚集齐备，就可以把它们创造出来，人类的理性还可能避免自然界盲目的自组织过程大量多余的曲折。不论哪种情况，符合物质世界运动规律是设计和操作人工他组织系统最根本的原则。自组织原理在这里仍起作用。医生治病的各种措施须在患者体内生物学自组织过程的基础上发挥作用。都江堰是李冰父子领导古代劳动人民修建的他组织系统，但该系统须在当地水系自身运行规律的基础上因势利导地设计和改造，才能有效地运行，其中包含水系自身的某种自组织因素。
从哲学上讲，自组织与他组织是一对矛盾，相互排斥又相互依存。他组织运动实质上建立在自组织运动之上，是在自组织运动的基础上发展出来的。显然，自组织系统与人工装置之间的分界线并非严格的。在人工装置中，人设定的某些边界条件使组分的自组织成为可能；在生物系统中，一系列自我设定（Self-imposed）的条件允许并指导着自组织。