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工欲善其事，必先利其器。任何不同的研究对象都往往有适合于它的特殊的研究方法。针对中国少数民族神话的独特性，本书在研究中主要采用了以下三种方法。
由于神话内容和形式的复杂性，其研究方法一直是困扰研究过程与结果的一个突出问题。单从以往我国神话特别是少数民族神话研究情况来看，明显存在着一些研究理念和研究方法方面的偏颇。如神话研究缺少必要的“通用性”标准，致使出现个案研究和条块研究偏多，而整体性和系统性研究不足的现象，难以对中国各民族神话的综合关系做出系统而令人信服的结论。有的神话研究完全借用传统的文学研究方法，以客观反映论或对照式比较为主导，忽视对神话本质的全面揭示。还有的缺乏科学的时空背景，坚持书面文本神话主体论，误认为少数民族不存在真正意义上的神话等。这些情况已成为我国神话研究特别是宏观研究的瓶颈，若没有一个能够针对神话中多民族同源现象进行对话的“平台”，是难以深入下去的。本书在研究中认为，将“母题”作为一种分析单位，作为少数民族多民族同源神话的可分析因素，是把各民族神话中的多民族同源问题进行对照研究或平行研究的重要前提，通过提炼出若干母题作为比较的标准，从而对少数民族神话进行定量、定性分析，求同存异，找出相应的结论。关于母题的具体应用在本书第一章第三部分再做表述。
神话的真正生命在民间，这种数千年不衰的生命力依赖于民间文化实践过程的应用与流传。从目前神话生存情况看，有群体神话、个体神话两种主要形态。其中只有群体神话，才是目前真正意义上的神话。所谓群体神话，又可以有不同的分类标准，如从神话流传的地理区位分析，有小区域神话和大区域神话；从民族属性分析，大多数民族都有本民族的神话；从社会属性分析，有家族神话、氏族神话、部落神话、民族神话等。要了解这些神话的内容与本质，最好的做法还是回到民间去深入认知。虽然目前在民间已很难找到真正意义上的原始神话，但许多神话的基本元素即母题并没有完全消失。对某些具有代表性的神话进行实地田野调查，作为文本研究的必要补充，主要是解决目前一些重点地区少数民族关于多民族同源神话资料的印证、补遗和进一步发掘的问题，并通过这种方法使长期不被重视或搁置的“口传神话”活起来。笔者根据实际研究环节的需要，曾对云南澜沧、西盟、沧源、中甸等地区的佤族、哈尼族、拉祜族、藏族等民族的民间神话传承情况和目前民族间的相互认同情况做了实地调查；对广西田阳、平果等县的壮族始祖文化信仰和广西三江、贵州黎平等地的侗族文化始祖信仰做了实地考察和比较研究；对云南开远地区彝族的人祖庙兄妹结婚繁衍多个民族的变异情况，以及内蒙古呼伦贝尔地区蒙古族和达斡尔族、鄂温克族神话的影响情况作了调查等。同时对民间神话信仰的当今流传现状与认可情况做出相应的抽样分析。这些必要的田野资料，弥补了原有神话文本材料的局限性，也增强了神话研究的针对性。
所谓神话的区域比较研究，就是将不同地区的多民族同源神话作为可比较的文化现象置入共时性的研究平台。在具体比较中，注重神话叙事之间的关联性及其交叉关系。我们如果以神话为中心，考察它的生产过程和生存环境，就会发现它在各个层面上，会与多种历史记忆或当今文化发生复杂的联系。譬如它与社会生活的联系，它与人（作者、读者、评论者等）的联系，它与文化背景、文学传统的联系，它与姊妹艺术文类的联系，它与人类的其他认识成果的联系等。任何神话的创作、发展演变与存在，都不是孤立的，而是在与上述种种关联中构成了一种相对稳定的文化现象。因此，对多民族同源神话研究来说，可以把它放在多种关系之中，从各个层面加以考察，从而全面、具体地认知这些神话的特定文化内涵和表现规则。
我国广大少数民族大杂居与小聚居的现实，使许多民族形成了较为稳定的文化共性和区域特征。研究多民族神话的民族同源现象，需要对某个特定的区域进行宏观和微观两个方面的分析，对此有些社会学家还提出“文化区域”的概念。虽然实际上根本不存在这样一个概念，从地域的分布来看，少数民族大多数处于偏远地区，而少数民族生活的空间上呈现出既分布广泛又相对集中的态势。55个少数民族的分布，从东北内蒙古到新疆、西藏至云、贵、川、两广、海南、台湾这一占中国国土总面积62.5％的广阔地带，其主要部分在中国的西部地区，重心在西北和西南。各民族的水平空间分布形式，亦具有点、线、面相结合的特点。汉、满、蒙古、藏、维吾尔、回、壮等民族具有广阔的分布面和较为完整的聚居区。苗、瑶、彝等民族分隔在互不相连的地域上，有聚居区又散居各地。布依、白、傣、哈萨克等民族的主体有着明显的聚居区。畲、仡佬、乌孜别克等族分散居住在各地。
从神话分布的客观联系上看，当神话与地理分布的情况组合在一起的时候，我们会发现多民族同源神话中许多带有地域性的特质。它不仅体现出地理区位与生产生活的密切关系，也体现出区域性语言特征以及区域板块对神话流传的重要影响。