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统一了整个蒙古族，接受了大汗之位的成吉思汗很好地做到了知人善用、赏罚分明，成为众望之所归。他一生几乎都在战场上度过，因此尤其注意军制的整备，以及军纪的严正。下面我们便举出这方面的实例予以说明。
皇座上的成吉思汗（出自拉施特的《史集》）
在远征花剌子模王国期间，术赤、察合台、窝阔台三个皇子在攻下阿姆河下游兀笼格赤城（花剌子模王国的旧都）时发生了一件事情， 《蒙古秘史》对此有以下的记录：
术赤、察合台、窝阔台三个皇子占领了兀笼格赤城后，三个人把各城百姓分取了，没有留下献给成吉思汗的一份。成吉思汗恼怒术赤、察合台、窝阔台三个儿子，有三天没让他们拜见。于是，成吉思汗的臣下奏道：
“我们征服了抗命不服的花剌子模的札兰丁，夺取了他的城邑、百姓。被分取的兀笼格赤城，分取的皇子们，都是成吉思汗所有的。蒙天地佑护，我们已如此征服了花剌子模的百姓，您的众多军马正在欢腾，大汗您为什么如此发怒呢？皇子们已经知错惧怕了，今后引以为鉴。但恐皇子们冷了心懈怠起来，望恩赐准予拜见吧！”
成吉思汗息了怒，让术赤、察合台、窝阔台三个儿子来见，引证祖言、分析古语责备他们，直说得他们无地自容，额上的汗擦也擦不尽。正在责备、教诲、宣谕时，他的侍臣向成吉思汗奏道：
“像刚开始调教、练习的雏鹰，皇子们初学出征，为什么要这样责怪他们，使他们退缩、困惑呢？这样恐怕会使他们惧怕而灰心吧？从日出到日落之地，敌国还多。像指挥土蕃狗似的，让我们去征讨敌国吧。若蒙天地佑护，我们为您取来金银、缎匹、财物、百姓、人口……”
成吉思汗听了这番话后，息怒称是。
这一段文字是不是把成吉思汗的面目刻画得栩栩如生呢？顺带一提，我们在这里以口语翻译了《蒙古秘史》的一节，本来在蒙古语中这是很出色的文章，充分表现出了蒙古语高雅的格调。
从上文看来，成吉思汗会以严厉的军纪规训麾下的蒙古军。不过，西方的史学家却没有考虑这一点，他们认为成吉思汗享受侵略和征服的感觉，简直就像嗜血的恶魔一样。他们利用被蒙古人征服的伊斯兰教国家的书写记录作为素材，加上对作为异教徒的蒙古人的憎恶，因此对成吉思汗的行动的评价自然非常严苛，绝不能说是正确的实录。
成吉思汗西征是一场以寡敌众的远征。游牧民既然要长驱直进，入侵定居民的农耕地，就无可避免地会从敌人身上掠夺粮食。蒙古军在攻城时，首先会派出劝降的使者。如果敌方立刻投降，那他们不会在掠夺以外再做破坏。不过，如果敌人多少有反抗的尝试，他们一旦攻破城池，便会把那个城市的防卫设施破坏掉，把敌方的壮丁充军或全部杀死。如果敌方到最后仍负隅顽抗，又或者把劝降的军使杀死，那么蒙古军便会彻底地破坏城市，屠杀全部居民。这是蒙古军的惯例。
根据中国方面的史料，蒙古在征伐西夏王国和金国时，比上述的常态都要宽大。如果他们对待宿敌金国是那样的话，我们很难想象蒙古军在西征的时候会特别残酷。
巴米扬和内沙布尔遭到彻底的破坏，可以说是例外。巴米扬的情况是因为在攻城时察合台的孩子被流矢射杀。悲伤的成吉思汗决定要为爱孙报仇，因此强袭了这个城市，城里任何一个居民都未能幸免，任何一件物品都被彻底破坏。
内沙布尔城的情况也很相似。攻击军的主将是拖雷汗的妹夫脱忽察儿，他在这场战役中战死，蒙古军为了报仇把技工之外的全部居民都杀死了，据说城中尸体堆成了金字塔。这些情况都是因为一族之中有人被杀死了，蒙古军情绪高涨所致。这当然是难以容许的事情，不过这些情况也应该被看成是特例。