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接续了早期使徒的虔信与使命，三大使徒教父与早期护教士们、不友好的政治、异教进行激烈抗争，往往以生命的代价彰显信仰，这种热情延续到德尔图良，他的护教不但是对外宣称：“殉道者的血是教会的种子”，还不时地清理着内部的杂音，因为他质疑“雅典与耶路撒冷有何相干？”而这种杂音或许从爱任纽（Irenaeus）就开始了，一直到潘代努和他的学生们，他们做着融合希腊哲学与基督教信仰的努力。自此拉丁路线与希腊路线已有分殊。早期神学的争执延续到我们所关注的这个时期，最典型的争执便是关于阿利乌的。他认为神的儿子是神所创造的，不可能是自有的，圣子是一个可以改变的受造者而不是神。他的主张不但获得大量异教徒的支持，还取得当时的首都尼科米底亚主教优西比乌（Eusebius）的赞同。325年的尼西亚会议便是为了解决这一争端召开的。最终反阿利乌派获得胜利，信经被大部分主教签署：
我信独一主耶稣基督，上帝的独生子，在万世以前为父所生，出于神而为神，出于光而为光，出于真神而为真神，受生而非被造，与父一体，万物都是接着他造的；
我信圣灵，赐生命的主，从父和子出来，与父子同受敬拜，同受尊荣，他曾借众先知说话。
但这一切也仅仅是会议上的胜利，如前所述，亚塔那修的命运足以说明阿利乌派仍旧有其存在的空间，甚至偶尔还能得到最高当权者的支持，圣父与圣子之间的本质到底是一致（Homoousios）还是相似（Homoiousios）的争论在此后仍旧持续了半个多世纪之久。直到381年第一次君士坦丁堡会议的召开。此次会议还解决了另外一个神学争议，涉及耶稣的“肉身问题”。老底嘉主教阿波利拿流（Apollinaris of Laodicea）认为基督的神性是完全的，但他的人性却不完全。原因是耶稣虽有人的体和魄，但耶稣的灵是神的灵，故其人性不完全。这次会议批判了阿波利拿流的主张，强调了耶稣的完全人性。那么问题随之而来，这种完全的神性与完全的人性到底是如何结合的，最大的分歧产生于亚历山大派的西里尔（Cyril of Alexandria）和安提阿派的聂斯托利（Nestorius of Constantinople）之间。亚历山大学派强调耶稣的神性，而安提阿学派强调耶稣的人性。亚历山大派早期教父奥利金谈到了“神而人”的概念，在基督里面神和人之间的相遇已经完美地发生了，基督徒必须去努力模仿这种相遇，之后卡帕多西亚教父们发展了这种思想。安提阿派则注重历史的方法来解释《圣经》，强调耶稣福音书中人的身份，他们在耶稣的典范和成就中发现了拯救的美德，道安居在耶稣基督这个人里面。聂斯托利和他安提阿的老师们一样，拒绝承认玛利亚是“生神的人，神之母”。他虽强调完全的神性与人性的合一，但却不是本质的合一，而是一种道德“结合”或“意志”融合。该主张受到西里尔的激烈抨击，狄奥多西二世在431年召开了以弗所会议力图解决这一纷争。然而西里尔在安提阿代表没到场的情况下绝罚了聂斯托利，并获得罗马的支持，狄奥多西二世屈从压力驱逐了聂斯托利。基督合一的位格在此次会议上得到重申。但神学的争论并没有就此完结，君士坦丁堡的优迪克坚持认为基督只有神性，人性与神性在联结的过程中被神性吸收。451年教宗利奥一世（Leo I）和皇帝马西安（Marcian）在卡尔西登召开主教会议，会议除毫无争议地谴责了优迪克外，还修补了尼西亚信经，就此成就了之后历代基督徒信奉的信经典范。其中提到：
我们的主耶稣基督为同一位圣子，神性完全，人性亦完全；是真正的神，也是真正的人，……具有两性，不相混乱，不相改变，不能分开，不能离散；二性的区别不因合一而消失，各性的特点反而得以保存，会合于一个位格。
综观上述神学争论，我们大致可以总结出基督教神学思想在早期发展史中的两条基本路径，在神学教义本身，他们坚守一种强调上帝与基督合一所体现出来的绝对超越的救赎观，哪怕耶稣拥有完全的人性，但这种人性亦是与同一位格中的完全的神性结合起来进行讨论的，独立的人性在严格的神性意义上没有任何主观能动性而言。这也是诺斯替主义影响下的基督教神学派别屡屡被打成异端的根本原因，无论是早期的马西昂主义、瓦伦廷主义，还是后来的阿利乌派均难逃此命运。在诺斯替主义的影响下，基督很有可能被加以两分，一个是精神基督；另一个是物质基督的受难躯体，即“肉体”。对此，聂斯托利派也经常因为类似的两分而受到诘难。但对于完全人性的任何质疑或否定也是正统教义所不能认可的，因为如此救赎论也就无法立足，作为一位单独的完全的神来受难很难获得罪人的共鸣。这种神学思路影响到了以后整个教会历史的发展。
值得注意的是，教义思想的讨论与成型有必然，也有偶然，但在坚守信仰的立场、原则上，教会发展的主流却倾向于一种妥协，这却是必然的，这也是本文题为“不为阳春白雪，转曰下里巴人”的真正所指。这点在早期教父时期便已见端倪。公元250年，教会面临最猛烈的迫害，曾经的将军德修（Decius，249-251）当上皇帝，很多基督徒被处死或投入监狱，背教者在有的地区甚至超过四分之三。如何对待这些叛教者，迦太基的主教西普里安（Cyprian）必须做出抉择，他提出“教会之外无拯救”的论断，但这些背教者如何重新进入教会，西普里安提出按照罪过的程度不同制定不同的补赎方案。这一宽容方案遭到罗马的神学家诺瓦提安（Novatianus）的坚决反对，但却受到罗马的长老科尼利厄斯（Cornelius）以及大部分信徒的拥护，他们认为教会是为罪人而非圣徒设立的学校。与此类似，主教梅莱提乌斯（Meletius）号召对那些将教会资料泄露给罗马部队或者在遭受戴克里先逼迫期间向众神献祭者加入教会制定更严格的政策，他任命他的一群追随者为主教以保持教会“无玷污”。时任亚历山大主教的彼得（Peter of Alexandria）随后将梅莱提乌斯以及他任命的新主教们驱逐出教会。这一教派分裂与多纳图派分裂十分相似。这一分裂由311年凯奇良努（Caecilian）被选为迦太基的新主教引发，很多信徒认为他是一个上交者（ traditor ），即在戴克里先迫害期间上交了宗教文献和圣礼用器的人，他所祝圣的神职人员都将影响教会的纯洁性。他们选举多纳图（Donatus）为迦太基的新主教，而多纳图很快赢得了迦太基和努米迪亚的异议信众的支持。然而，罗马主教米太亚得（Miltiades）支持凯奇良努（313），多纳图受到谴责，当权者甚至流放了多纳图派主教，充公其财产。
异端虽然从教会内部来说往往是以标签化的处理方式进行的，比如将一种异端与古代的异教思想或哲学联系起来加以妖魔化，但正如奧古斯丁所说，把任何可疑立场都视为“异端”在教牧上是危险的。这也是他虽批判多纳图派，但拒绝将其视为异端的原因。往往对于异端和异见的不宽容性来自于当权者，他们从政治的稳定着眼，有时比主教们更积极地参与到异端的审判中。“一旦君士坦丁承认基督教的神是对帝国幸福负责的众神之一，他就有责任利用自己权力让这个神以恰当的方式得到它应得的东西。因此，出现了君士坦丁认可的一种高压形式：不是镇压异教徒，而是镇压离经叛道的基督徒、异端分子、臭名昭著的‘穿着羊皮的狼’。”而教会内别有用心地觊觎权势的人往往与罗马当权者沆瀣一气，打击异己。
要实现教会的统一和教义的清晰，就要对之进行辩护。由此，不断对谬误进行分门别类反映了神学传统的活力，也反映了帝国晚期的罗马生活与思想的普遍法典化。……在这里，异端领袖被视为危险的或反叛性的个人主义的代表，而个人主义不仅威胁着公共的、由主教掌管的正统教义，也威胁着父权制社会自身的各个结构。 [6]