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“荣”1644部队除了在南京中央医院建立总部外，还根据中国派遣军在华中地区的第11军、第13军各野战师（旅）团“防疫给水”需要，在上海、南京、苏州、杭州、九江、汉口、无锡、安庆等地设置野战防疫给水分（支）部。支部设立没有定数（有的带有临时性），支部人员也是在总部、分部之间经常性流动。
因为日军第11军、第13军在华中广大地区策动的“作战”较多，所以“荣”1644部队在华中地区设立的支部最多时由12支增加到15支
（见图3-6）。
图3-6 “荣”1644部队支部、分遣队（不全）
资料来源：[日]『戦争責任研究』（季刊）15号（1997年春季号），第56页。
除图3-6中的上海、苏州、杭州、南京、安庆、汉口、九江、金华、岳阳、荆门·当阳、宜昌·沙市支部外，还有武昌、芜湖、常州、南昌支部。这些支部多为常设支部。
佐藤俊二在伯力审判期间供称：“荣”1644部队一共有12个支部。
此可理解为“荣”1644部队常设支部数为12支（个）。
据原“荣”1644部队人员肥塚喜一在其自费出版的《江南春秋》书中回忆：“荣”1644部队在各地设立的支部名称属于秘密，各有“匿名”，一般称为某某部队。如杭州支部就称为“中国派遣土桥部队吉冈部队”。“土桥”是第22师团长的名字，“吉冈”是杭州支部支队长的名字。支部接受“荣”1644部队总部和（支部）所在地师团的双重管辖。
野战师团“作战”时，“荣”1644部队支部必定会派出细菌小分队相随，这时的细菌小分队就属该师团管辖。野战师团与细菌小分队的这种关系模式与上述日军全面侵华战争开始后，野战师团、18支移动防疫给水部之间的关系模式一样。有所不同的是，这12—15个支部，虽说是为了便于配合野战师团的作战行动而设立，但其职能，除了和以往的“防疫给水”一样外，还要接受南京总部从事秘密细菌战的命令。所以，这12—15个支部，要么建在中国派遣军、日军第11军、第13军司令部驻地，要么建在师团司令部驻地附近。
日军细菌部队的支部体系及活动是日军细菌战史研究领域的重要一环。就目前研究现状而言，对731部队、“甲”1855部队、“波”8604部队、“冈”9420部队支部问题研究均取得了一些学术成果。但由于“荣”1644部队各支部的文献史料相对而言比较缺乏，暂未发现“荣”1644部队各支部活动的重要史料——《业务详报》，所以想对“荣”1644部队各支部的细菌战活动有详细了解尚有难度。这里只能就已掌握的有限文献资料，对其中的几个支部情况略陈于下。
杭州支部设立于1940年，大约位于杭州劳动路上一座废弃的寺庙旁。最初的秘匿名为“中国派遣军土桥部队吉冈部队”。“土桥”是第22师团长的名字，“吉冈”是杭州支部（队长）的名字。1941年夏，支部名称又发生了变化，称“原1644部队千曲部队”（“原”是第23师团的秘匿号）。杭州支部由供水班、病理班、修理班、总务处、财务处以及物理化学实验（班）构成。其中内务班又分成二班和文秘班，每班大约20人。1940年时曾分别向湖州、嘉兴的分遣队派遣5名卫生员。病理班主要负责第22师团和当地侨民的检便验血等事务，夏季在人多之处给行人注射疫苗；还有就是拉一卡车捕鼠器让附近的居民捕捉老鼠，然后用钱买下来，检查是否带有鼠疫。病理班值夜班的一定要保证孵卵器在36—37℃。1940年前后，杭州支部有供水车5辆、滤水车2辆、卡车2辆，还有1辆队长用车。
杭州支部第一任队长是吉冈，第二任是太田军医，1942年6月前后，因太田军医精神错乱，由同一支部的岩佐军医中尉任代理队长。1942年9月“浙赣作战”结束后，第22师团从杭州进驻金华的同时，组建金华支部，杭州支部变成上海支部的分遣队，规模缩小。1940年，宁波作战（浙江细菌战）期间，石井四郎曾“到宁波视察作战情况，也巡察（了）杭州支部”。
有研究者认为，日军在浙、赣、湘三地实施细菌战时，杭州支部成为细菌战的“运站和补给中心”。
图3-7 “荣”1644部队金华支部
资料来源：[日]『戦争責任研究』（季刊）15号（1997年春季号），第56页。
1942年9月，“浙赣作战”结束后，为了配合第22师团从杭州进驻金华，遂组建金华支部。“荣”1644部队总部一科（课）的山下喜明（军医大尉）于11月调任新组建的金华支部队长。金华支部实际上就是杭州支部向金华的迁移，成立后开始起到之前杭州支部的作用，杭州支部则因规模缩小变成了上海支部的分遣队。1944年4月，山下喜明返回“荣”1644部队总部，由山本（军医大尉）继任队长。
金华支部还根据战时需要在义乌县城内增设义乌分遣队，分遣队有将校、下士官、士兵16名，分遣队队长由南京“荣”1644部队总部派来的高山（军医中尉）担任。第22师团在完成“当初作战目标”后，被派往南方作战，（金华）支部遂改由第70师团接管驻守。
榛叶修的笔供中对他所知的九江支部情况做了以下陈述：
九江支部
部队长 陆军军医少佐 大隈
防疫科长 陆军军医中尉 斋藤七郎
其他都已忘记
榛叶修供称：“荣”1644部队“九江防疫给水分队有培养菌研究部门，但只在小范围内研究”。其他分队可能也有类似的部门。（1942年“浙赣作战”期间）九江部门（防疫给水分队）的任务“是准备疫病血清和培养基”。
1943年，驻武汉日军第11军策动“常德作战”，驻九江的“桧”第68师团是主力之一。“荣”1644部队设在九江的支队派出“天作队”随行。
日本神奈川大学名誉教授常石敬一在《731部队和美国的谍报活动》一书中言道：九江支部隶属驻九江的“桧”第68师团，将校、士官共有80人，军属15人。
据原汉口防疫给水部辎重兵大快良明的证词：1938年，增田知贞担任东久逊宫部队直辖的汉口防疫给水部部队长。1939年，“荣”1644部队建立时，增田知贞前往南京“荣”1644部队总部，协助石井四郎，代理“荣”1644部队长。增田在汉口的职务由其故交原善三郎少佐担任。1940年夏，“防疫给水体制进行了彻底的改变，汉口防疫给水部成了1644部队的武汉支部”
。
据原731少年班队员石桥直方
回忆：1940年7—8月，731“远征队”从哈尔滨运往杭州的陶制炸弹（宇治炸弹）没有在杭州投下。昭和15年11月，有命令要求把材料交给森玉部队，由西郡少佐指挥送到汉口。所以（陶制细菌弹）应该是送到了汉口的森玉部队，移交森玉部队保管。
据此可知，“荣”1644部队在汉口的支部名称为“森玉部队”。汉口支部除了履行驻武汉的日军第11军“防疫给水”的职责外，更多是进行与细菌战有关的系列活动。
原同仁会汉口诊疗班医师山口伊典在战后回忆“荣”1644部队的汉口支部——利根部队的情况时说：
因终战后的军政关系，在华中防疫给水部之名已不复存在，利根部队也消失了。大多为部队（主要是陆军医院）所吸收而解散。
根据山口伊典的回忆，可知：临近日本战败投降之时，“荣”1644部队汉口支部的最后一任支队长叫“利根”。利根部队“解散”后，所有部队人员分散到陆军医院。
据水谷尚子调查，羽山良雄担任过“荣”1644部队上海支部长，但他后来去了新加坡“冈”9420部队。
据《大东亚战争陆军卫生史》记载，羽山良雄1926年毕业于大阪帝国大学医学部，1933年曾担任陆军军医学校防疫部教员、一等军医，后担任过陆军卫生部卫生课长（广岛），第6野战防疫部部长（上海），陆军军医学校教官，船舶兵团军医部长，陆军军医少将，在战后开设的羽山医院任院长。
此处隐去了羽山良雄在“荣”1644部队和“冈”9420部队的“履历”。而据“冈”9420部队《留守名簿》，羽山良雄是第二任部队长，自1943年6月3日始，一直到战争结束。
有史料记载，日军在上海虹口区四川北路1878号前日本办的福民医院（今上海第四人民医院）建立了细菌中转站。从日本东京运来大批菌苗，在福民医院组织鼠疫、霍乱、伤寒、白喉、赤痢细菌培养，然后派汉奸冒充难民，潜入粤、桂、黔、川等地设计散发（病菌）。