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目前，侵华日军细菌战史研究领域的专家学者一致认为，“荣”1644部队的第一任部队长由石井四郎兼任。“荣”1644部队建成前，石井四郎担任731部队长。曾在731部队工作过的萩原英夫称石井四郎为日本“细菌之王”。
他说石井部队“表面上被称为关东军防疫给水部，实际上是在石井四郎的指挥下，主要研究和培养各种细菌，从飞机上或在地面上撒布细菌，从事细菌战”。
伯力审判期间，佐藤俊二被讯问“石井四郎与南京‘荣’字第1644部队有过什么关系”时，供称：“在该部队初一成立时，石井担任过部队长。”
石井四郎兼职“荣”1644部队长的时间段为1939年4月18日至1941年2月。其间，1939年5月诺门罕战役开始后，由增田知贞代理“荣”1644部队长，直至1941年2月卸任，增田知贞正式成为“荣”1644部队长。
接受伯力审判的诸被告当中，对石井四郎家庭出身、早年求学与出国考察经历、极力鼓吹细菌战、担任731部队长等情况了解最详细的是曾担任关东军军医处长的梶塚隆二。这可从他在1949年10月24日接受审讯时的供词看出，他提到，准备细菌战的主张是由石井四郎提出的。
石井四郎大约生于1893年（实为1892年），千叶郡人，大地主出身。1920年在京都帝国大学医学系毕业。尔后以志愿军军人资格自动加入日军服务。不久申请正式军役，半年后初次获得中尉军衔，在某部队任军医，随后被调至东京第一军医院供职。1922年10月，梶塚隆二与石井四郎因同事关系相识。1924年4月至1926年3月在京都帝国大学读研究生，研究病理学和细菌学。尔后，一直到1928年4月，石井四郎在京都军医院当常任医官，随后就从那里被派遣出国考察，1930年回国。国外考察期间，几乎到过欧洲所有国家，也到过苏联，在苏联参观过莫斯科和列宁格勒各医学研究院的工作。回国后，在东京日军军医学院担任传染病学讲师。从1931年起，石井四郎就在军医学院的同事（包括梶塚隆二）以及参谋本部“有威望、有信仰”的人物和工作人员中开始游说日本必须准备细菌战。石井四郎的细菌战主张从1933年起就得到日本陆军省军务署长永田少将拥护。1935年起，又受到参谋本部战略部第一科科长铃木大佐的支持。由于石井四郎极力主张细菌战，加上他“又是一个大专门家”，所以在1936年，日本陆相下令把他从那里调去任731部队长，当时他的军衔是军医中佐。石井四郎“自从担任这一职务起，就开始研究进行细菌战的手段”。
石井四郎游说日本必须准备细菌战的理由是“日本若不进行此种准备，那它在将来战争时就必会遭到严重困难”。
梶塚隆二的供词与《汤普森报告》中的石井四郎早期履历基本相符。有几处还可作为以下石井四郎履历的补充。根据《汤普森报告》及其他文献史料，石井四郎的履历如下：
1892年6月25日，出生。
1920年12月，毕业于京都大学医学部。
1921年1月20日至4月9日，帝国卫队师（近卫师）第三步兵团见习军官。
1921年4月9日，帝国第三军步兵团首位中尉军医。
1922年8月1日，加入东京陆军第一病院。
1924年8月20日，成为上尉军医。
1924年4月至1926年4月，在京都帝国大学医学部深造，研习细菌学、血清学、预防医学、病理学。
1926年4月9日，进入东京陆军医院。
1928年4月至1930年4月，出国并访问新加坡、锡兰、埃及、希腊、土耳其、法国、意大利、法国、瑞士、德国、匈牙利、捷克斯洛伐克、比利时、荷兰、丹麦、瑞典、芬兰、波兰、澳大利亚、苏联、爱沙尼亚、拉脱维亚、东普鲁士、美国、加拿大和夏威夷等地。
1930年8月1日，陆军军医学校少佐，少佐军医。
1935年8月1日，中佐军医。
1938年3月1日，大佐军医。
1940年8月1日，关东军防疫给水部部队长，陆军军医学校讲师。
1941年3月1日，少将军医。
1942年8月1日，第一军军医处长。
1943年8月1日，陆军军医学校讲师。
1945年3月1日，中将军医，关东军防疫给水部部长。
1945年12月，日本第一预备役。
1959年10月，病死家中。
从20世纪30年代起至1945年日本战败，石井四郎的所有细菌战行为几乎都得到了军政要员的大力支持，也得到过日本国内医务界（包括战时在中国境内的日本“同仁会”）的大力支持，日本天皇裕仁也给予他支持。日本侵华期间，石井四郎担任的角色是细菌武器实验的“总设计师”、细菌实战计划的“统帅”，且经常担任细菌实战前线的最高指挥官。
战后，日本军方和政府官员“至少有6人已经被东京战争罪行审判厅提起诉讼。如：据报道，首相东条英机身为关东军司令时，曾看过石井四郎手下的人用人体进行实验的纪录片，30年代他曾批准石井四郎扩充的计划。在结束太平洋战争投降文书上签字的陆军总参谋长梅津美治郎曾为关东军指挥官，他对石井四郎的计划有所了解。那些没有被起诉的官员中很有可能也有人支持过石井四郎的计划”。除军、政两界有人支持石井四郎细菌战计划外，日本医务界对石井四郎的细菌战计划“始终予以支持。多年来石井四郎就是靠着这种关系招聘了数百名年轻的医务学生和技术人员，他们可以随时使用实验设备，或多或少与人体实验有关联，他们那时都要发誓保密。战后携技术人员转而任职于新的日本大学和工业企业”。
1939年诺门罕战役结束后，因石井四郎派出特别卫生队（细菌战敢死队）有“功”，731部队获“立功奖状”，奖状与石井四郎的照片还登载于1940年5月23日的《每日新闻》上面。1941年3月，石井四郎因1940年浙江细菌战获得“成功”，晋升少将。1941年10月，东条英机由陆军部长升为首相，公开给石井四郎颁发“奖状”，以“褒奖”他的“技术成就”，东条英机与石井四郎的合照刊登在报纸上。石井四郎靠细菌战获得的“殊荣”，成为他提高细菌武器研发能力、扩大生产规模、想方设法寻找细菌实战机会的“动力”。可以说，石井四郎参与并直接指挥了日军多支细菌部队在中国各地进行的几乎所有大规模细菌武器实验、生产和实战。
伯力审判后期，检验委员会根据审判材料，做出以下“结论”：
日本关东军第731部队和第100部队及日本驻华远征军“荣”1644部队所进行的实验和生产工作，按其专门性质和特别内容说来，乃是要探求和制造细菌武器以及研究使用此种武器的方法。
第731部队，第100部队及第1644部队进行工作，是以专为进行侵略目的利用传染病细菌在人和动植物中间迅速繁殖散播性能为基础的。该部队所进行的研究工作的全部方针所含的特性，都是与人道科学的任务不相容，并且是与此种任务根本相反的。
……科学上本已知道鼠疫细菌且有在跳蚤体内长期生存甚至繁殖起来的自然适应能力这一生物学现象。该部队却竟利用这种现象来达成其侵略目的。据庭审材料证实，第731部队和第1644部队之使用跳蚤，乃是根据细菌战思想家石井四郎的“理论”，其内容是说跳蚤在此场合可能保护鼠疫菌的安全，使其免受外界因素影响。
……检验委员会指明，石井四郎领导制定了种种方法，目的是要大量繁殖跳蚤，然后使其染上鼠疫，以便用去达到军事目的。
石井四郎亲自兼任“荣”1644部队的第一任部队长这一事实，就足以说明他对建立这支细菌部队非常重视。1940—1942年，石井四郎负责策划并全程领导了由731“远征队”（加茂部队）、“荣”1644部队派出人员（奈良部队）共同实施的浙江细菌战、常德细菌战、浙赣细菌战。据军画兵石田甚太郎回忆：石井四郎在哈尔滨、日本（国内）、南京等地乘飞机往返频繁，成为“日常茶饭事”。
石井四郎天资聪颖，读书非常用功，在微生物学领域钻研颇深，若非成为日本极端国家主义、军国主义的狂热崇拜者、积极参与者，他完全有可能青出于蓝而胜于蓝，成为微生物学（医学）领域的顶级专家，甚至很可能会成为造福人类的生物医学科学家。站在人类追求和平、践行正义的立场上审视他的从军履历，他是一名不折不扣的甲级战犯，他所犯下的反人类罪不可饶恕。他和他的军政上层（包括战时日本天皇裕仁）及同僚、属下，违反《海牙公约》《日内瓦议定书》在战争中禁止“使用毒物、毒性武器”“有毒液体、物体”的相关规定，成为日本细菌战的狂热鼓吹者。为了使日本在细菌战方面领先他国，石井四郎成为细菌战研究机构、细菌部队的积极策划者和创始人。就连他发明的配置日本全军的五种野战用新式防疫“武器”——“石井式滤水器”，也含有为鼓吹细菌战增加“话语权”的意图。
如图2-1所示，这是他在1946年身着将军服的照片。照片表明，战后，石井四郎仍沉浸在他的战时梦中。
图2-1 石井四郎（1946年）
资料来源：[日]西里扶甬子：『生物戰部隊731』，東京：草の根出版会2002年版，第104页。
第二次世界大战结束后，最早进入日本调查细菌战活动的是桑德斯上校、穆尔中校、哈里·杨格斯中尉等一行9人。1945年9月至11月，在为期两个多月的时间内，美国调查人员访问了原日本陆军军医学校、参谋本部、陆军省医务局、731部队人员共计十余人，因石井四郎躲藏在乡下，故不在桑德斯调查之列。桑德斯等人的调查不是很成功，因为调查所获得的有价值的信息很少。这次调查最后形成《日本科学情报调查报告：第5卷——细菌战》（即《桑德斯报告》），现收藏在美国马里兰州国家档案馆二馆。
由于桑德斯等人的调查并不是很成功，德特里克堡基地兽医中校阿尔沃·T.汤普森中校于1946年1月初奉命前往日本，接替桑德斯继续在日本进行细菌战情报方面的调查。汤普森一行到达日本后，主要审问了石井四郎、北野政次和其他部分731部队人员和100部队人员，审讯包括当面审讯和书面问答形式，时间段为1946年1月中旬至2月下旬，并于3月11日形成《汤普森报告》。1947年4月，德特里克堡基地先驱实验计划部主任诺伯特·费尔（Norbter H.Fell）接受美国陆军化学部司令的命令前往东京继续调查。费尔历时数月，调查了20多名与日本细菌战计划有关的人员，其间至少与石井四郎会谈3次，以“免除战争责任”的许诺获取了一些有价值的情报，并成功地“为美国保住了日本细菌战的秘密（指与回到日本的细菌部队官兵协商好，不让苏联获得这方面任何有价值的信息）”。6月底，回到美国的费尔完成了《费尔报告》。
1946年1月22日至2月25日，汤普森通过当面审问、书面提问等方式对石井四郎进行了审讯。如：1946年2月6日，汤普森当面审问石井四郎，问他是否知道1941年在中国常德，日本“飞机从空中撒下有害物质，然后发生了瘟疫（鼠疫菌传染）”？石井四郎极力否认，说“从科学角度看是不可能从飞机上投撒细菌的”。在回答“在日本是谁第一个下命令批准开始细菌战研究”的问题时，石井四郎也是极力否认，说“没有人下命令同意进行细菌战研究”。当问及天皇是否知道细菌战研究这件事时，他的回答是：“毫无所知。天皇非常仁慈，绝不会同意这样做。”
汤普森在之后形成的《汤普森报告》中认为：“对于细菌战研究开发问题，石井四郎回答十分谨慎、简单，而且经常搪塞抵赖。而对于预防医学研究、饮用水供给和净化问题，他毫无保留。通过当面审问，可以看出他想强调预防医学研究、饮用水供给和净化活动，而淡化自己指挥的关东军防疫给水部队从事的细菌战研究。”
由此可见，在汤普森审问时，凡涉及日本细菌战核心问题，石井四郎仍在刻意隐瞒（1946年年初，美方已经与日方达成免于追究石井四郎等细菌部队要员战争罪责的协议）。
1947年6月，来自德特里克堡的费尔审问石井四郎时，采用软硬兼施的方式，再次承诺免于对石井四郎等人战争罪责的追究，同时以苏联准备审问石井四郎等日军细菌部队重要成员相要挟，又经内藤良一、增田知贞从中“斡旋”，获得了“8000份人体实验病理切片”以及关于“气球炸弹”、植物灭绝实验等重要情报。
至此，美国有关部门终于获得了他们想要的以石井四郎为首的日军细菌部队主要研究“成果”，石井四郎之流也如愿被美国单方面免除“战犯”身份，最终逃脱了正义的审讯。