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虽然与主流的现实主义理论有着几乎完全相同的理论假定（theoretical assumption），但地理政治学却有着完全不同于当代现实主义理论的两个重要特点。首先，地理政治学本质上是一种“系统理论”（systemic theory）而不是“简化理论”（reductionist theory），即作为一种分析框架的经典地理政治学兼容了体系层次和单元层次这两种类型的变量。其次，地理政治学从根本意义上说是一种“动态理论”（dynamic theory）而不是“静态理论”（static theory），即这种理论不仅可以解释国际政治的延续性，同时也可以解释国际政治的变化性，这也是地理政治学的一个独具魅力之处。 [38] 对地理政治学独具的两大分析性特征的认识，涉及二战后国际政治理论发展（尤其是理论构建）中的一个基本问题，即国际政治理论研究中的“层次分析问题”（the level-of-analysis issue）。层次分析问题的出现与体系概念进入国际政治理论研究是相互伴随的，这个问题的出现标志着战后的国际关系理论开始进入一个相对成熟和自觉的阶段，这个问题对于理解地理政治学不同于主流现实主义理论的特征同样具有重要意义。 [39]
“层次分析问题”的出现与二战后美国国际关系学科中的“行为主义革命”是紧密联系在一起的。“行为主义学派”倡导对国际关系研究进行科学改造，是为了将国际关系研究改造成为一门严谨和实证的学科，而这就要求研究者必须注意辨别和区分不同类型的变量，以便在不同变量间建立可供验证的关系假设。尽管对这种观点本身一直存在很大争议，但“行为主义革命”对国际关系理论的改进确实产生了很大影响，这种影响之一是层次分析意识的增强。 [40] 从严格意义上说，国际关系研究中的“层次”实际上有两种含义：首先，不同的层次代表了不同“解释来源”（自变量）的所处位置；其次，不同的层次本质上代表了不同“研究对象”（因变量）的所处位置。在现代国际关系理论史上，“层次分析问题”之所以能够引起长期争论，很大程度上是由于研究者没有能够对层次的这两种不同的含义进行区别。由于层次的概念实际上有两种截然不同的含义，因此要明确国际关系研究中“层次分析问题”的实质，首先必须要做到的就是对层次的内涵进行明确界定。 [41]
在理论上，层次分析的主要目的是帮助研究者更好地辨别和区分国际关系研究中的各种变量，从而使研究者能够在不同变量间建立起可供验证的关系假设。如果将不同的分析层次看成不同的“研究对象”（因变量）所处的位置，“层次分析问题”就是变成了研究者根据个人兴趣在不同的“研究对象”间进行选择的问题，这种做法实际上歪曲了“层次分析问题”的本质。一般来说，“层次分析问题”的意义就在于定义国际体系中的不同分层，这里的每一个分层都代表了一个不同的“解释来源”（自变量）所处的位置，“层次分析问题”实际上是关于研究者如何辨别和区分不同的“解释来源”所处的位置的问题。由于“体系”乃是指由一组彼此间存在着密切互动联系的单元构成的有机整体，所以“体系”实际上应包含三个不同的层次，即体系层次、互动层次、单元层次。这三个层次上可以充当“解释来源”的独立变量分别是：体系层次的“结构”（structure）、互动层次的“进程”（process）和单元层次的“属性”（attribute）。 [42]
所谓“结构”就是指体系构成单元之间的排列以及这种排列所依照的原则。“结构的概念建立在这样一个事实的基础上，即以不同的方式并置或合并到一起的单元有不同的行为方式，并且在相互作用中产生不同的后果。”在现代国际关系理论史上，首次对体系的结构加以明确界定的，是美国国际政治学家肯尼斯·沃尔兹。所谓“进程”就是指体系构成单元间联系和互动的方式，尤其是那些经久不衰和反复出现的方式。体系单元间联系和互动的方式必然对体系结构和单元属性产生直接的影响，但单元间联系和互动的方式也必然会受到体系结构和单元属性的某种约束，因此“进程”既不同于“结构”也不同于“属性”。所谓“属性”就是指体系构成单元的内部特征。属性理论乃是指那些以体系构成单元的内部特征来解释体系构成单元外在行为的理论，典型的对外政策理论实际上就是一种属性理论。对任何试图理解体系单元行为的尝试而言，体系构成单元的内部特征是一个必不可少的“解释来源”（自变量）。 [43]
从层次分析的角度看，地理政治学本质上是一种“系统理论”而不是“简化理论”，即地理政治学是一种兼容了体系层次变量和单元层次变量的理论，而不是一种单纯倚重体系层次变量或单元层次变量的理论，这点也是地理政治学有别于主流现实主义理论的首要特征。在理论上，当代主流现实主义理论都是不同程度的“简化理论”，尽管沃尔兹强调他的目的是创立一种国际政治的“系统理论”，但他的理论却是一种有关“结构”的作用和影响的理论
。而此后出现的形形色色的现实主义理论，实际上也都没有能够将体系层次变量和单元层次变量融合在同一个理论框架中。与主流的现实主义理论不同，地理政治学是一种从空间视角对国际关系进行的研究，其根本目的是形成一种对世界的整体认识。虽然对世界的各组成部分的研究是地理政治学必不可少的组成部分，但这种研究的最终目标还是实现对整体更明确的认识。地理政治学将国家看作整体世界的组成部分，但这些部分组成的模式和结构恰恰是地理政治学的最高关切，即地理政治学是一种兼容了体系层次变量和单元层次变量的理论。
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地理政治学从根本上说包含了两类不同性质的变量，即地理变量（自然地理变量、人文地理变量）和技术变量（物质性技术、组织性技术）。除自然地理变量可以被看成常量外，其他所有变量都具有非常鲜明的动态性特征，而这点也是地理政治学有别于现实主义理论的第二个特征，即地理政治学是一种“动态的”而非是“静止的”理论。尽管国际政治中的权力变迁是当代现实主义理论一个重要关注点，但当代现实主义理论普遍对国际政治现实的动态特征缺少足够的关注和把握
。造成这种状况的主要原因，关键是由于当代现实主义理论框架中从来没有融入能够对国际政治中的权力变迁进行适时把握的变量，而这点也是造成当代现实主义理论频遭诟病的一个重要原因。尽管有许许多多学者都认为，新技术（尤其是核武器和信息技术）的出现将终结地理政治研究，但这些批判意见实际上乃是忽略了技术因素恰恰是地理政治学内在的关键变量之一，技术进步实质上改变的，主要是地理因素对国家的政策和战略的重要程度及影响程度，而不是从根本上否定地理因素在国际政治中的巨大作用。
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二战后，地理政治学的衰落并不是自身原因造成的，主要是由于两个外界因素的影响，这其中反映出的实际上是对地理政治学的误解。首先，纳粹德国的对外扩张与地理政治学并没多少直接联系。 [46] 战后出现的许多研究结果都表明，德国地缘政治学并非像二战时许多学者认为的那样是一种纳粹地理政治学。地理政治学和政治学一样，虽然不属于特定的意识形态或政治信仰，但也无法做到绝对的价值中立。地理政治学过去是，且仍然是一门与人的价值判断和政治信仰密切相联的科学，而它在具体实践中始终都受到特定的道德哲学和政治哲学的影响。其次，二战后国际关系理论越来越朝着实证科学方向发展，这种发展导致了地理政治学日益边缘化。 [47] 按照实证科学的标准，理论应该是一种被高度抽象化的现实，目的是解释一种规律或相关变量间的因果关系。如果一种理论兼容了地理政治因素，将会越来越贴近现实，因而将成为一种对现实的描述而不是解释。从这个意义上说，地理政治学日益边缘化，是实证科学的风尚造成的，而不是由于其本身失去了与政策和战略的相关性。
冷战后有关对地理政治学的批评主要有两点。首先，许多学者都指出，冷战结束后国家对经济利益的追求将超越对物质权力的追求，这种变化将最终导致“地理经济学”取代“地理政治学”。其次，虽然地理政治学提供的分析框架在过去的时代非常有效，但技术进步（尤其是核武器、空中力量、空间技术和信息技术）将会淡化地理政治学拥有的解释力。 [48] 这两种批评乍一看虽然具有某种合理性，但问题在于二者都混淆了地理政治学的分析单位（unit of analysis）与地理政治学理论框架中包含的权力变量或技术变量。 [49] 这点就意味着，经济因素和技术因素实际上是地理政治学理论框架中的内在组成部分，经济发展和技术进步虽然完全能改变不同地理政治因素在政策和战略上的相对重要性，却永远也无法抵消地理政治因素的巨大影响。