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钱谦益《刑部郎中赵君墓表》记载琦美所任第二个官职是太常寺典簿。《明史·职官志》：“太常，掌祭祀礼乐之事，总其官属，籍其政令，以听于礼部。”至于典簿，属太常寺典簿厅，时设典簿二人，正七品，主要从事掌奏文书的起稿校注。这个职位较之正八品的南京都察院照磨，品级上高了两极，职责上似乎也更与文稿整理相关，对于非科举出身的赵琦美来说，无论如何这都是官场人生的一件好事。
关于琦美入京任职的时间，学术界有不同看法。前已述及，孙楷第根据赵琦美《洛阳伽蓝记跋》认为在万历三十四年，后来又据赵氏《文房四谱》跋作进一步推论：
丙午乃万历三十四年，是时琦美已在北京。据谦益琦美墓表，琦美由南京都察院炤磨升太常寺典薄，则是时殆官太常寺也。又《文房四谱跋》（《荛圃藏书题识》卷五《文房四谱》条引）称“戊申八月，友人孙唐卿自家山来（唐卿名允伽），借录此书，校其伪者。复从《徐骑省集》中录出是书之序。”末署“万历三十六年（岁次戊申）九月十三日海虞清常道人书于柏台公署。”柏台乃御史台别称，则是时琦美已由太常寺典薄转都察院都事也。
万历三十四年即公历1606年，赵氏校书“燕山龙骧邸中”，“燕山”此处指代北京，“龙骧”即龙骧卫，琦美在京时寓所于此。孙氏据以推知其时琦美已在北京，似乎合乎情理，也不违背逻辑。然若就此认为赵琦美于万历三十四年已由南京都察院转任北京太常寺，则误。证明这一点也容易，前述琦美于万历二十五年所撰《酉阳杂俎序》自署“迪功郎南京都察院照磨所照磨海虞赵琦美撰”，清楚表明其仍在南京任职。如果说这还是孤证的话，今查《四库全书·史部·职官类·官制之属》所收《太常续考》卷七《太常寺·题名记·典簿》，即发现另有明确记载：
赵琦美，直隶常熟人，官生，万历三十八年任。
这就非常清楚地说明，赵琦美之任太常寺典簿，是在万历三十八年（1610年）。《太常续考》八卷（江苏巡抚采进本），不著撰人名氏。《四库提要》谓该书“明崇祯时太常寺官属所辑也”，“总括一代之掌故，则体贵简要；专录一官之职守，则义取博赅，言各有当，故详略迥不同也。”书中所记应较可靠。琦美无科举功名，本不可能做官，当时的身份是官生，其入太常寺任职时间由此可以确定。
明确了琦美赴京任职太常寺之年份，另一条史料仍需辨析。这就是琦美《故宫遗录序》中的一段话：
故宫遗录者，录元之故宫也。洪武元年灭元，命大臣毁元氏宫殿，庐陵工部郎萧洵实从事焉。因而记录成帙。有松陵吴节为之序，予于万历三十六年（1608年）间得于吴门书摊上。字画故暗不可句，因为校录一过，三十八年（1610年）庚戌于金陵得张浙门墨本。为校正数十字，置之箓中。
文中除了交代《故宫遗录》这部书的来龙去脉之外，还提供了两条信息，一是在万历三十六年，琦美在南京任职期间曾回常熟老家探望，时间充裕的他路过苏州时还逛了书摊买书；二是在万历三十八年，琦美仍在南京，购得《故宫遗录》的张浙门墨写抄本。前者犹可，无非丰富了赵琦美南京为官期间的经历；后者则直接关系到琦美何时赴京任职的时间。也许有人会问，既然琦美在万历三十八年仍在南京，又如何能在同时任职于北京呢？其实这个问题不难回答，因为此二条史料均未注明月份，既然真实性均无问题，只能说明分别发生在上半年和下半年，二者之间并不矛盾。况且即使已在京师任职，也不能排除回常熟老家探望路过南京逗留之可能，毕竟11年在此为官，同事朋友肯定不会少。所有这些，皆不能作为质疑琦美于万历三十八年已入京供职之理由。
京师任职在赵琦美一生中是非常重要的时期，可以说决定他在藏书和校刻文化史上地位的几件大事都是在这一时期完成的。
首先当然是抄校内府本古今杂剧。万历四十年壬子（1612年）五月十四日，抄校于小谷本《女学士明讲春秋》杂剧，是为赵琦美抄校古今杂剧之始。这一年，是赵琦美入京任职后的第二年，其时他50岁。于小谷即于纬，乃万历时做过吏部尚书、太子少保兼东阁大学士的于慎行之继子，时任户部主事。赵琦美钞校本古今杂剧中有相当一部分系从彼处借得。今存赵本古今杂剧《女学士明讲春秋》剧末载有赵琦美跋：
于小谷本录校。此必村学究之笔也。无足取，可去。四十年五月十四日，清常道人。
值得指出的是，孙楷第《也是园古今杂剧考》注意到此条，却谓：“四十年疑误。”
傅璇琮、谢灼华主编《中国藏书通史》则谓：“此时始于万历四十二年二月。”
均未说明理由。依笔者分析，当时由于本年只校此一本，别无其他，加之次年也无继续抄校之记录，故孙先生认定赵氏抄校古今杂剧应自万历四十二年开始。然这样推论主观性太强，赵琦美钞校内府本和于小谷本杂剧，本人并非内廷人员，亦非收藏者，须打点关系或进行沟通方可落实，安能如自己藏书一样方便。何况这两年琦美还有其他更急迫的事要干，如编创《容台小草》诗集，校刻出版《朝鲜史略》《皇佑新乐图记》等书。在这种情况下，不能一下子全力投入抄校古今杂剧也是极有可能的事。故在没有直接证据的情况下，不宜轻易否定赵琦美跋文中的时间题署。当然，这样说并不意味着否定赵琦美自万历四十二年开始系统抄校古今杂剧的事实。这一年，琦美共抄校了《立功勋庆赏端阳》《望江亭中秋切脍旦》《看财奴买冤家债主》3本杂剧。次年，亦即万历四十三年，琦美一发不可收，抄校了息机子刊本《包待制智赚生金阁》和内府本《马丹阳三度任风子》等67种杂剧。万历四十四年（1616年），高峰已过，抄校内府本《楚昭公疏者下船》《赵匡胤打董达》等7种。第四年是万历四十五年（公元1617年），为有记录的抄校古今杂剧的最后一年，当年校录于小谷本《南极星度脱海棠仙》杂剧等18种。所有这些，当然都是根据明署抄校时间确定，另有大部分赵本古今杂剧没有明确记载抄校时间，按照孙楷第的看法，都应该穿插在这几年。所以可以肯定地说，赵琦美抄校古今杂剧，是这几年头等重要的大事。
除了抄校古今杂剧以外，任职京师的赵琦美所做比较重要的事应是《容台小草》和《栢台草》两部诗集的创作编定。“容台”，行礼之台，亦为礼部之别称。赵琦美官太常寺，太常属礼部，故亦称容台。前面说过，万历三十八年赵琦美由南京都察院转北京太常寺典簿。官品虽由八品升了一级，但太常典簿本冷官，枯寂无聊，遂和元人倪瓒《江南春》词，陆续成六十阕，三年后完成，辑为《容台小草》。该书今存浙江图书馆所藏清五桂楼主人黄澄量所辑类书《今文类体》。
琦美自序云：
癸丑，饷旋百逋交萃不保，先人之庐矣。举头今昔，乃迸迹于遗老庄吟，所谓《江南春》者，意未止于此。更续廿十叶，聊解穷愁，岂自多哉。（《支续江南春》）
“癸丑”乃万历四十一年，《容台小草》结集于此年。琦美自万历三十八年调任太常寺典簿，冷官枯寂，开始写诗打发时光。《容台小草》为赵琦美留存于世的主要诗集，内容系和元人倪瓒《江南春》组诗，内容连贯，均为江南之美，首句以“笋”字开头，末句以“营”字结尾，一韵到底。六十阕词，六十种笋，无重复焉。
《栢台草》为赵琦美的另一部诗集，今并存于浙江图书馆所藏清五桂楼主人黄澄量所辑类书《今文类体》，内容同为和倪瓒《江南春》，在三续《容台小草》的基础上续增二十阕，为四续和五续，实际上是《容台小草》的续书。
其所以另取书名，纯粹由于创作地由太常寺转都察院之缘故。“栢台”即柏台，原指御史台，明改都察院。琦美任太常寺典簿四年后，至万历四十二年又改都察院都事，品级相同，属平调，但新职类似打杂，事冗繁剧。《栢台草》自序这样慨叹：
容台多暇，六日而吟成三续。秋间改栢台阅。半岁，始得四续。
《江南春》原为唐人杜牧所作的一首七言绝句：“千里莺啼绿映红，水村山郭酒旗风。南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中。”北宋寇准创为词调，三十字，三平韵，中云：“江南春尽离肠断，蘋满汀洲人未归。”元代文人画家倪瓒又以此题创作了七言诗三首，诗情较前人有了很大的拓展。弘治十一年，倪诗原件收藏人许国用将其谱入吴中文士雅集，传诵一时，唱和者云集，包括沈周、文徵明、祝允明、唐寅、杨循吉、徐祯卿等江南名流。此后正德间，吴中又连续举办多次《江南春》诗的追和活动，并引发吴门诸画家以《江南春》为题进行绘画创作，成为明清一个引人注目的文化事件。据今人统计，追和词作竟达74家116首。
嘉靖间有人将《江南春》追和之作编订成集，万历间状元朱之蕃又有所增补。而追和活动一直延至清光绪年间，金武祥所编《江南春词集》乃集大成者。值得注意的是，所有这些与《江南春》诗的追和活动相关的人和事，皆无赵琦美无关。个中原因当然比较复杂，这里暂不拟深究。但可肯定绝非赵氏身份低微，诗作平庸，难入编选者法眼，因目前所存《江南春词集》中百余首和诗，作者出身寒微不在少数，诗作大半平庸，即使名流亦莫能外。
赵琦美《容台小草》追和倪瓒诗达60首，《栢台草》40首，一共100首，总数超过明清诸版《江南春词集》所收和诗全部，即使加上今人增补，总数也相距不远。仅就数量而言，在倪作《江南春》的追和传播史上也是一件值得关注的事。
琦美京师任职期间还有一件关乎个人命运的重要活动，这就是面对清军频频入侵，明军在东北迭遭败绩的形势下，匹马出关考察，归后上书建言：
神宗之末年，建州夷躏我辽左，赵君官太仆寺丞，有解马之役。匹马出山海关，周览□厄塞要害，遇废将老卒，从容访问我所以败，夷所以胜者，感激挥涕，慨然奋臂出其间。归而上书于朝，条上方略。君之意以谓天子将使执政召问从何处下手，庶几倾囊倒庋，以自献其奇。仅如例报闻而已。君自此默然不自得。以使事归里。
“神宗之末年”即万历四十七年（1619年），这一年，琦美由正七品的都察院都事升转正六品的太仆寺丞，这次升职大大激发了他的用世之心。明制，太仆寺掌牧马之政令，以听于兵部，即与军事有关。琦美利用解马公干的机会，独自出山海关，周览形胜要塞，遍访当事，归后则上书建言，冀于国事有所禆补。然由于人微言轻，不被重视，一腔热血被浇了一盆冷水，强烈的挫败之感使得他心灰意冷，失望至极，遂掷去乌纱，使事归里。由此结束了将近十年的京师任职时期。