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1978年，全省有4个地区辖市公安局（镇江、扬州、泰州、清江市公安局）和64个县公安局。
1979年，南通市公安局建立城中、郊区、港闸3个公安分局。
1983年，全省实行市管县体制，撤销地区行政公署，县级公安机关归口省辖市公安局领导。同年，常熟县撤县建县级市，县公安局改称市公安局，撤销盐城县公安局。全省11个省辖市公安局共辖64个县（市）公安局、48个公安分局，1289个公安派出所。县（市）公安局一般设有秘书、政保、内保、治安、预审等股（科），以及刑警队、消防队（股、科）。此后，绝大多数县（市）公安局将秘书科改为办公室，有的根据公安业务发展需要，设立了出入境管理股、政工股、装备股、通信股等。
1986~1995年，一些省辖市先后设立经济开发区或进行区划调整，省公安厅批准新设、改名一批公安分局。1986年建立苏州市公安局太湖水上分局；1987年建立无锡市公安局马山分局；1989年各县（市）公安局建立交警队（一年后改为交警大队）；1990年建立连云港市公安局经济技术开发区公安局、南通市公安局开发区公安分局；1991年南通市公安局城区、郊区分局分别更名为崇川、港闸分局；1992年建立南京市公安局高新技术产业开发区分局、盐城市公安局经济技术开发区分局（1994年改名经济开发区分局）、苏州市公安局河西分局（1993年改名新区分局）；1993年建立徐州市公安局金山桥分局、扬州市公安局新城分局、无锡市公安局锡南经济开发区分局（1995年改名新区分局）、淮阴市公安局开发区分局，镇江市公安局水上分局、丁卯开发区分局、大港开发区分局，徐州市公安局郊区分局更名为泉山区分局；1994年建立南京市公安局公共交通治安分局、苏州市公安局工业园区分局；1995年淮阴市灌南县公安局划归连云港市公安局领导。
同一时期，一些县先后撤县建县级市，计有：1986年仪征、沙洲（改名张家港），1987年江阴、宿迁、淮安、东台、兴化、丹阳，1988年宜兴，1989年昆山、启东，1990年溧阳、新沂，1991年如皋、高邮，1992年吴江、泰兴、邳县（改名邳州），1993年太仓、靖江、金坛、南通（改名通州），1994年海门、江都、扬中、泰县（改名姜堰），1995年吴县、武进，撤县建县级市后，县公安局随之改称市公安局。全省各县（市）撤销公安交通检查站，统一改建为公安交通警察中队。各县（市）公安局、城市公安分局刑事侦察机构普遍改为“刑事警察大队”，并升格为副科级。
1996年，国务院批准设立地级泰州市，原县级泰州市公安局改称泰州市公安局海陵分局。南京市公安局建立经济技术开发区分局，徐州市公安局矿区分局更名为九里区分局，江苏省运河公安局从省交通厅成建制划归淮阴市公安局。
1997年，各县（市）公安局相继设立经济案件侦察大队，为副科级建制，撤销预审科，预审工作划归刑侦部门。徐州市公安局建立东站广场分局、观音机场分局，泰州市公安局建立高港分局。
1998年，镇江市公安局撤销大港开发区分局、丁卯开发区分局，合并组建新区分局。
1999年，全省公安机关开展交警、巡警管理体制改革，县级交警、巡警机构合并，交警大队增挂巡警大队牌子。治安管理机构实行队建制，对外称“公安治安警察大队”，为副科级建制。防暴机构并入公安治安警察大队。年内，建立无锡市公安局公交分局、盐城市公安局机场分局。至年底，全省有33个县公安局，31个县级市公安局，70个城市公安分局（其中水上分局13个），下辖2562个公安派出所。
2000年，苏州市公安局郊区分局更名为虎丘区分局。
2001年，徐州市公安局撤销观音机场分局，建立城南分局；无锡市撤销锡山市公安局，分别设立锡山分局、惠山分局，马山分局与郊区分局合并为滨湖分局；泰州市公安局建立开发区分局；常州市公安局建立公交分局（城市管理分局）；县级淮安市公安局改称淮安市楚州区公安局，淮阴县公安局改称淮安市淮阴区公安局。年内，全省共有25个县（市、区）公安机关成立禁毒专门机构，5个县（市、区）公安机关在刑侦部门设立禁毒中队。
2000~2001年，根据省政府和公安部关于开展企业事业单位公安机构体制改革的部署，省内企业事业单位公安机构改变隶属关系，划归地方公安机关建制序列，南京化工公司、扬子石化公司、南京钢铁厂、金陵石化公司4个单位设立的公安处分别改为南京市公安局新华分局、平顶山分局、九龙分局、龙蟠分局，徐州矿务局公安处、大屯煤电公司公安处分别改为徐州市公安局矿业分局、大屯分局，江苏油田公安处、仪征化纤联合公司公安处分别改为扬州市公安局江苏油田分局、仪化分局。其余企业事业单位公安机构一律撤销。
2002年，扬州市公安局江阳分局更名为维扬分局，武进市公安局改称常州市武进区公安局，盐城市公安局设立城市管理治安分局。至2002年底，全省12个市公安局水上分局均增挂了水警支队牌子（盐城市公安局水上治安工作由治安支队负责），建立57个县级水警大队，有102个水上派出所。
2003年，全省各县（市、区）公安局均成立“刑事科学技术室”，同时加挂“物证鉴定室”牌子。有61个县（市、区）公安局和7个城市公安分局成立了警务督察机构。南京市公安局大厂分局更名为沿江工业开发区分局。
2004年，宿豫县公安局更名为宿迁市公安局宿豫分局；淮安市楚州区公安局；淮阴区公安局分别更名为淮安市公安局楚州分局、淮阴分局；盐城市公安局城区分局更名为亭湖分局。南京市公安局成立了地铁分局。为加强科技应用和社会面技术防范工作，有20个县（市、区）公安机关成立科技（技防）管理科，100个成立了技防办。
2005年，南京市公安局浦口分局、江浦县公安局合并组建浦口分局，原江宁区分局、六合县公安局分别更名为江宁分局、六合分局；徐州市公安局金山桥分局更名为徐州经济开发区分局；宿迁市公安局建立骆马湖示范区分局；连云港市公安局连云港分局更名为连云分局；镇江市丹徒区公安局更名为镇江市公安局丹徒分局。同年，全省公安监管部门开始组建侦审机构，县级公安机关监管大队（看守所）下设侦审中队。
2006年，宿迁市公安局骆马湖示范区分局更名为湖滨新城开发区分局，镇江市公安局建立南山分局。
2007年，无锡市公安局建立机场分局，加挂“空港产业园分局”牌子；扬州市公安局公交治安分局加挂“新城西区分局”牌子；连云港市公安局建立白塔埠机场分局；宿迁市公安局建立苏州宿迁工业园区分局，为正处级建制。同年，有138个县（市、区）公安机关设立了法制机构，92个设立了信通机构。
2008年2月，连云港市公安局撤销云台山风景区分局，组建公共交通分局。11月，泰州市公安局驻市城市管理行政执法局治安办公室更名为城管治安分局。至2008年底，全省共有27个县级市公安局，25个县公安局，45个市辖区公安分局，67个专业分局（其中11个水上分局），2015个公安派出所。