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对现代读者来说，圣托马斯·阿奎那（St. Thomas Aquinas，约1225—1274）自然是最著名的中世纪盛期思想家。他的名望也许由于这样一个事实人为地得到了加强：教皇利奥十三世在他1879年名为《永恒之父》（Aeterni patris）的罗马教皇通谕中，称托马斯·阿奎那是“一切经院博士中的领袖和大师”，并敦促“那些精心挑选出来的教师，致力于介绍托马斯·阿奎那的学说，使学生铭记于心，使之可靠而卓越，超迈群伦”。这些言辞一度导致了对阿奎那思想的过分强调，甚至对其思想的原创性和内容有所扭曲，这就不足为奇了。当然，承认这一事实绝不是要贬抑阿奎那的真正重要性。
阿奎那生于意大利，但他的职业生涯的绝大部分重要时光是在巴黎大学度过的，在那个时候，巴黎大学已成为整个基督教世界首屈一指的学术机构。在多明我会存在的早期岁月，他加入了该教会，这一事实无疑有助于他在接下来的几代人中间，成为多明我会在哲学和神学问题上的主要代言人。
阿奎那使亚里士多德为基督教思想家所接受，这一方向的声望当之无愧。新出现的亚里士多德著作译本，对于热衷深思、博学多闻的基督徒来说乃是一个挑战。光照说自离开奥古斯丁之手以后，就从未成功地明确区分开充分发展了的知识（需要光照）与启示。但是，亚里士多德到来了，他显然富有真知灼见，可又是未得启示之惠的异教徒。而亚里士多德的观点有时近乎异端，这一事实更使局面变得错综复杂。例如，他主张世界是永恒的，他对灵魂不朽的结论至多是模棱两可的。而且，在亚里士多德的宇宙模式中，没有留下与基督教预知一切的上帝相对应的东西。需要注意的是，中世纪人士在柏拉图那里却没有类似的问题，因为（除了《蒂迈欧篇》的一部分之外）他们并未拥有柏拉图的任何实际著作，因此只是经由奥古斯丁和其他教父的“洗礼”过滤才了解柏拉图的。
在这种情形下，有些作家得出结论：亚里士多德的错误恰恰表明，倘若我们无启示之助，而欲进行推理，会是怎样一副样子。而另外的学者，如波纳文图拉（几乎就是阿奎那的同时代人），他确实熟知且欣赏亚里士多德，但仍然站在持保守的奥古斯丁式理想者的一方。
阿奎那倡导新亚里士多德主义，并与那些逐渐同传统的奥古斯丁主义联系在一起的学说决裂，或至少是彻底地重新解释它们；在这方面，他是开创者之一。
例如，在阿奎那的整个职业生涯中，他毅然决然地抛弃了普遍质型论和多型论这两个孪生理论。他认为后者混淆了实体形式和偶性形式。阿奎那是这样解释亚里士多德的：一旦一物具有了实体形式，它就是实体，而它可能会具有的任何后续的形式都必须是寓于已确立的实体当中的类型，也就是各种偶性形式。实体可能同时具有多种实体形式的思想，在阿奎那看来完全是矛盾的，因为它错误地解释了实体形式的作为。例如，在他看来，人并不具有多样性的实体形式即灵魂。这就是说，“植物”灵魂（vegetative soul）使人成为有机体，给人以生命，以及成长、吸收营养和生殖的能力；“感性”灵魂则增加了感觉和另外的能力（这些能力不与一般意义上的有机体相连，而与特殊意义上的动物相连）；“理性”灵魂则增加了理性，因此使人明确成为理性的动物或人。相反，对阿奎那来说，人仅仅是单一的理性的灵魂，以一种实体形式而行动，并除了理性能力之外还使用植物的和感性的能力。需要注意的是，这一理论与一种关于谓词和语言的观点分离了，该观点把多型论和普遍质型论联系在一起；对阿奎那来说，语言并不总是存在论的可靠指南。
与质型论相关的情形较为复杂。对阿奎那来说，普遍质型论的论断（1）和（2）（即唯有上帝是绝对单纯的，一切被造物都在某种程度上是复合的；复合总是质料与形式的复合）与亚里士多德认识论的一个重要论题相冲突：（3）质料阻隔知识。这对阿奎那来说意味着两件事情。其一，它意味着作为知识对象一方的质料阻碍了对对象的认识。可理解性的原则是形式，因此在对物质对象有所理解之前，其质料必定要能在心中与其纯粹的形式特征相分离。但是，其二，它还意味着在认识者一方的质料阻碍了他的认知。亚里士多德曾注意到（《论灵魂》，3. 4. 429a24-25），心灵或灵魂的认知部分不能与“肉体混合”。阿奎那对此的解释是，这暗示认知能力必定是完全非物质的主体的能力。如果与质型论的观点（即一切被造物都具有某种质料）相结合，那么这一论题所得出的结论就是：（4）唯有上帝才是认知者，但这个结论显然是错误的。即便奥古斯丁式“综合体”的最忠诚的拥趸也会承认，人确实拥有真知，即便他们需要来自外部的光照，以帮助他们获得真知。
在这种情形下，传统的“奥古斯丁主义者”抛弃了论断（3），至少是阿奎那对它的解释。对他们某些人来说，这不仅事关阻碍知识的问题，而且事关物质质料。阿奎那在《论存在与本质》（ On Being and Essence ）中反驳了这一点，并且根本不愿意就论断（3）达成妥协。对他来说，人的灵魂就其内在结构而言完全是非物质的，即便它们在今生今世与物质的肉体结合在一起。
尽管如此，阿奎那还是承认质型论者的第一个论断，即唯有上帝是绝对单纯、绝非构成的。他之所以部分地坚持这一主张，是因为他接受这样的观点（可见于阿维森纳等人）：任何构造，无论是质料与形式、本质与偶性，还是别的什么，都需要把各种成分合为一处的动因。实际上这就是动因或“致动”因之所为：将事物组合起来。因此，上帝是第一因，而不被其他任何原因所引起，他必定是绝对单纯的；但被造物全都是上帝所创造的，上帝就是它们的致动因，它们都是复合的。因此，阿奎那必须在质料与形式的合成之外，找到使被造物复合的另外的方式。简言之，他避免论断（4）的唯一途径就是否认质型论者的论断（2）。他之所以要这样做，是由于若干原因，而并非都涉及他对普遍质型论的回应。
对阿奎那来说，为把握复合的被造物，我们不需要质料与形式的复合。其实那只是一种复合而已，尚有另一种更基本的复合，即一物的本质与其存在的复合。本质与存在的区分对于理解阿奎那的形而上学绝对是至关重要的。尽管亚里士多德曾经区分了一物何所是（其本质）与该物是不是（其存在）这两个不同的问题，尽管其他作家（尤其是阿维森纳）也曾经依赖于这一区分，但将存在概念加以发展，使之成为重要的新的形而上学因素的，还是阿奎那。
对阿奎那来说，一物之存在当然不是其质料，因为非物质的东西也存在。但形式也不是存在。因为就此而言，此形式要么是本质形式，从而我们可以不再区分一物之何所是与该物是否存在的问题，要么是偶性形式。但偶性形式在存在论上是依赖于已经存在的实体的。因此，存在不可能被还原为人们所承认的亚里士多德的任何范畴或原理；存在概念引入了全新的存在论维度。
对阿奎那来说，物质实体所具有的本质，是由原始物质和实体形式构成的。但除此之外还有另一种构造在里面，这就是复合的本质和存在的行为。此二者在某种意义上必定是“真正”截然不同的，而不是心灵思考的单纯产物，否则的话，如果不知道一物是否存在，我们就不可能真正知道此物是什么。另外，精神的被造物并不具有由质料和形式构成的本质，它们本质上是非物质的。不过，在其中仍有本质与存在的构造。唯有在上帝那里没有任何构造，上帝的本质纯粹只是他存在的行为。上帝是“自身独立自存的”（ ipsum esse subsistens ）。
阿奎那的存在理论在他整个思想中的应用非常重要。例如，存在扮演了“同一性”原则的角色，这就是说，存在是使个体成为它所是的个体的东西。因此，个别的人本质上是肉体与灵魂的复合；但在死后，他的灵魂在实体之外仍然存活。那么这里是存在一个个体还是两个个体呢？对阿奎那来说，分离出来的灵魂与物质的人仍是同一个个体，因为在这两种情形中所包含的是相同的存在行为。但是，它们并非同一个 实体 ，因为人本质上是拥有身体的，而分离出来的灵魂却是非物质的实体。这就是（比如说）为什么向圣徒祷告是有意义的，即为什么圣彼得分离出来的灵魂存在于现在，且与很久之前就已毁灭的作为复合 实体 的血肉之躯是同一个 个体 。
尽管它们在神学上的重要性十分明显，但要是认为阿奎那在这些问题上的观点只是以神学上的考虑为基础的，那就错了。相反，他有数量异常庞大的纯哲学论证，以支持这些为他的神学信念所需要的结论。阿奎那显然是为这样的问题而倾注了意义重大的思想。
当然，这里尚需许多细致微妙的工作。例如，如果上帝的本质严格说来与其存在同一，那么知道上帝是什么却不知道上帝是否存在，大概也就不可能了。这意味着阿奎那接受了安瑟尔谟的存在论论证吗？再者，如阿奎那所主张的，如果每一个个体都具有不同于其本质的存在行为，而且如果上帝只是纯粹的存在行为，那么这是否意味着神圣的存在行为也是被植入被造物内部的存在呢？如果不是，如何区分二者呢？如果是，那么既然存在是同一性的原则，这难道不就意味着存在的万事万物最终就是同一个个体，即上帝了吗？几乎无法设想比这更强的泛神论形式了。阿奎那提出了这些问题，并解决了它们。不过，完整的解说不免超出本章范围了。