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在私募股权基金有限合伙协议中，应当列明内容有合伙企业的名称（标注合伙企业字样）、合伙目的和经营范围（包括基金管理、投资管理、资产管理、股权投资等，体现私募股权基金性质），以及合伙期限、主要经营场所。合伙协议中应当含有出资要求、合伙人权利义务、执行事务合伙人条款（包括但不限于职责权限、违约处理办法、除名更换程序、报酬及报酬提取方式、利益冲突、关联交易等事宜），有限合伙人条款（包括但不限于职责权限、违约处理办法等事宜），并对合伙人会议、管理方式、托管事项、入伙和退伙、合伙份额转让和身份转变、投资事项、利润分配及亏损分担、税务承担、费用和支出、财务会计制度、信息披露制度、终止解散与清算、合伙协议的修订、违约责任、争议解决、报送披露信息等条款。
合伙协议中，应列明合伙企业的普通合伙人和有限合伙人姓名、名称、住所、出资方式、数额比例及缴付期限，同时可以对合伙人相关信息发生变更时应履行的程序作出说明。另外，在合伙协议首页，管理人和投资者应根据《基金合同指引》3号的规定用加粗字体进行相关声明与承诺。
合伙人的出资形式可以是货币、实物、知识产权、土地使用权或者其他财产权利。合伙企业中，普通合伙人可以用劳务出资，但有限合伙人不可以。合伙人以非货币资产出资时，例如知识产权、土地使用权等财产性权利，需要评估作价。由全体合伙人协商确定，或者由全体合伙人委托法定评估机构评估。若以劳务出资的，评估办法由全体合伙人协商确定，并在合伙协议中写明。
在合伙协议中约定各自认缴出资金额、出资期限以及出资方式，合伙人应当按照合伙协议约定按期足额缴纳出资；未按期足额缴纳的，应当承担补缴义务，对其他合伙人承担违约责任。出资完成后，由普通合伙人负责向企业登记机关申请设立有限合伙企业，并办理登记手续。合伙企业应置备合伙人登记册，登记各合伙人名称、住所、认缴出资额、实际出资额等信息，根据有限合伙企业运作和变化情况随时更新合伙人名册。合伙人按照合伙协议约定或者经全体合伙人决定，可以增加或减少对合伙企业的出资，并以书面方式决定后续出资时间、数额与条件等。
如果任何有限合伙人未能在约定出资日届满之前支付全部或部分认缴出资，同时未能在普通合伙人给予的合理期限内进行及时补救，即构成出资违约的行为。普通合伙人可以向出资未到位的有限合伙人追究其违约责任。实践中，追究违约责任须具备的要件有：① 自普通合伙人按协议约定给予合理期限届满次日；② 对于逾期交付的金额部分按照一定比例向合伙企业支付逾期出资违约金；③ 普通合伙人将向该违约合伙人发出书面催缴通知，催缴期内违约合伙人应当履行缴付出资的义务，并支付相应的违约金。
若催缴期满后依然未履行缴付义务，则构成根本违约。因未履行出资义务的违约行为而给合伙企业和其他合伙人造成损失，违约合伙人应当承担赔偿责任。被宣布或认定为“违约合伙人”的，在合伙人会议中将不再享有表决权。同时，在经其他合伙人一致同意的前提下，可以对未履行出资义务的合伙人予以除名退伙处理。
合伙协议应列明基金的投资范围、投资运作方式、投资限制、投资决策程序、关联方认定标准及关联方投资的回避制度，以及投资后对被投资企业的持续监控、投资风险防范、投资退出、所投资标的担保措施、举债及担保限制等作出约定。
通常情况下，普通合伙人在基金运作的过程中会占据主导地位，为了健全投资决策程序，保障有限合伙人的权利，完善有限合伙企业治理结构，有限合伙企业可以设立投资决策委员会（以下简称“投委会”），主要负责对基金投资方案的最终决策。投委会设主任一名，主任从委员会成员中产生，并以简单多数原则选举。有限合伙企业在投委会之外，可以另设投资咨询委员会，投资咨询委员会对项目进行预选并提出投资意见，交由投委会作出投资决策。为了防范和控制风险，有限合伙企业还需要设立风控委员会或风控负责人，由其对投资决策从投前到实施和投后事项进行跟踪和管理，及时发现、核查投资风险，并组织实施风险的控制措施。
有限合伙企业在设立、运作的过程中会产生相应的费用，包括普通合伙人为管理有限合伙企业而支出的日常经营费用。这笔费用多数情况下为固定费用，按有限合伙企业实缴出资总额的百分比进行计算，主要包括基金托管费、中介服务机构费用、合伙人年度会议费用、税费以及以有限合伙企业为主体的诉讼、仲裁、执行、公告等非常规的费用。
有限合伙企业的利润主要是指：有限合伙企业投资项目后获得的可分配现金减去应由有限合伙企业承担的费用之后，可向普通合伙人及有限合伙人分配的财产。有限合伙企业利润分配顺序、分配方式可由合伙协议约定。普通合伙企业的合伙人在利润分配和亏损分担方面的意思自治是受到限制的。根据《合伙企业法》第33条的规定，普通合伙企业合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。
有限合伙企业与普通合伙企业在利润分配上的法律规定又有所不同，根据《合伙企业法》第69条的规定，有限合伙企业不得将全部利润分配给部分合伙人，但是，合伙协议另有约定的除外。也即，原则上不允许有限合伙企业将全部利润分配给部分合伙人，但如果全体合伙人协商后一致同意在合伙协议中约定将全部利润分配给部分合伙人的，则尊重各合伙人的意思自治，按照合伙协议的约定执行。
有限合伙企业经营期间内取得的现金收入，普通合伙人应在取得现金收入之后按照合同约定向合伙人进行分配。除非协议另有约定，现金收入通常不会用于再投资。合伙企业利润收入尽可能以现金方式进行分配，但如根据执行事务合伙人判断，认为非现金分配更符合全体合伙人利益，经全体合伙人同意后可以以非现金方式进行分配。
有限合伙人仅以认缴出资额为限对有限合伙企业债务承担责任，新入伙的有限合伙人对入伙前有限合伙企业的债务，以其认缴的出资额为限承担责任。普通合伙人在合伙企业财产不足以清偿合伙企业的全部债务时，就企业债务对外承担无限连带责任。合伙企业被注销后，原普通合伙人对合伙企业存续期间的债务仍应承担无限连带责任。
普通合伙人转变为有限合伙人，或者有限合伙人转变为普通合伙人，原则上应当经全体合伙企业一致同意。但是有限合伙协议可以约定经某一部分合伙人同意，普通合伙人与有限合伙人身份可以转换。其中，若普通合伙人转变为有限合伙人，对其作为普通合伙人期间合伙企业发生的债务仍承担无限连带责任。若有限合伙人转变为普通合伙人的，从有限责任到无限责任，即使此前作为有限合伙人，也需要对此期间发生的债务承担无限连带责任。
经全体合伙人一致同意并订立书面协议，新合伙人可以入伙。普通合伙人应当向新合伙人告知有限合伙企业完整、真实、准确的经营状况和财务状况。若新入伙的为普通合伙人，对入伙前合伙企业债务承担无限连带责任；若新入伙的为有限合伙人，对于入伙前合伙企业的债务，以其认缴的出资额为限承担有限责任。
根据《合伙企业法》规定，在发生以下情形时有限合伙企业的合伙人可以退伙：① 合同约定的退伙事由出现；② 发生合伙人难以继续参加合伙企业的事由；③ 其他合伙人严重违反合伙协议约定的义务，导致守约方合伙人无法实现合伙目的；④ 经全体合伙人一致同意退伙等。
合伙人有下列情形之一的，为当然退伙：① 作为合伙人的自然人死亡或者被依法宣告死亡；② 个人丧失偿债能力；③ 作为合伙人的法人或者其他组织依法被吊销营业执照、责令关闭撤销，或者被宣告破产；④ 法律规定或者合伙协议约定合伙人必须具有相关资格而丧失该资格；⑤ 合伙人在有限合伙中的全部财产份额被人民法院强制执行。
合伙人有下列情形之一的，经其他合伙人一致同意，可以决议将其除名：① 未履行出资义务；② 因故意或者重大过失给合伙企业造成损失；③ 执行合伙事务时有不正当行为；④ 发生合伙协议约定的事由。合伙人的除名决议应当书面通知被除名人。被除名人接到除名通知之日，除名生效，被除名人退伙。被除名人对除名决议有异议的，可以自接到除名通知之日起30日内，向人民法院起诉。
值得指出的是，在入伙、退伙、除名的事项上，《合伙企业法》对合伙协议自行约定特定条件予以认可，在起草合伙协议具体文件的过程中，可以设置特定的准入、退出和除名的具体条款。
企业的生命周期，包括设立、募集到解散。有限合伙企业解散，主要基于以下一些情形：① 有限合伙企业合伙期限届满，合伙人决定不再经营的；② 合伙协议约定的解散事由出现；③ 全体合伙人一致决定解散的；④ 有限合伙人达不到法定人数满一定期限的；⑤ 合伙协议约定的合伙目的已经实现或无法实现；⑥ 被吊销营业执照、责令关闭或被撤销的。
当合伙企业解散时，应由清算人进行清算。经全体合伙人过半数同意，可以自合伙企业解散事由出现后15日内指定一个或者数个合伙人，或者委托第三人担任清算人。清算人由全体合伙人担任，主要任务就是在清算期间执行合伙企业事务，包括分别编制资产负债表和财产清单，清理合伙企业财产；清算债权债务，处理剩余财产；清缴所欠税款，代表企业参加诉讼或者仲裁活动等。
有限合伙企业的财产清偿分配时，按以下顺序进行：支付清算费用、支付职工工资、支付社会保险费用和法定补偿金、缴纳所欠税款、清偿有限合伙企业债务，若有剩余，再根据有限合伙合同的约定在合伙人之间进行分配。有限合伙企业财产不足以清偿合伙债务的，由普通合伙人向债权人承担连带清偿责任。
英美法系国家，一个有限合伙基金募集成功，所要签署的有限合伙协议也许长达上百页。有限合伙协议包含内容众多，有限合伙人与普通合伙人之间的权利义务、合伙事务执行等全部内容基本上都是通过协议的方式进行约定。如前文所述，核心条款包括出资条款、费用和利润分配条款、经营（投资）范围等条款。合伙人之间通过协议约定方式来明确各方权利义务，指引规范各方行为、控制风险，减少合伙引发的纠纷。
对于私募股权基金，有限合伙制不要求投资人一次性缴付投资款，采取承诺出资制的方式。根据合伙协议约定和普通合伙人的通知逐步投资到位。因此，出资的比例、形式、出资时间以及未按期出资的违约责任是合伙协议的重要部分，甚至影响整个基金的正常运作。
有限合伙协议通常会约定投资人分批进行缴纳出资，首次出资往往在签署协议时缴付。之后几期出资可以根据普通合伙人与有限合伙人约定进行。根据私募股权基金存续时间不同，出资期限也有不同，出资期限与基金投资期相匹配。若基金存续期为6—8年的，出资期限往往会在最初2—3年。每确定一个投资项目后，就会触发一次缴付出资的要求，当基金全部投资完毕后，进入投资回收期。
在私募股权投资中，普通合伙人（GP）主要承担寻找并锁定投资机会、设计与实施退出方案、管理与服务被投资企业等职能。有限合伙人（LP）主要进行出资，对基金事务拥有建议和投票表决权、对经营情况有知情权、获得投资收益和转让合伙利益的权利。在早期的美国合伙企业法中有这样的规定，有限合伙制私募股权基金要求GP承诺出资额占基金总额的1%甚至更多。但现在，美国各州合伙企业法已经对GP的最低出资比例没有强制性要求了。通常情况下，GP出资比例在1%—2%之间，LP出资比例在98%—99%之间。
尽管从比例上看，1%是很小的数字，但GP要管理的资金通常比较庞大，因此对应的金额回报也会很可观。GP努力工作的热情会被这个机制有效地激发出来，同时也会兼顾审慎经营、控制风险。GP在最大化自身收益的同时，也实现了合伙企业与LP的利益最大化。作为私募基金的委托人和代理人之间的道德风险得到了有限的防范。
尽管1%这个比例是个行业“标准”，但也有一些业绩很好的GP愿意承担更高的出资比例。由于国内的信用体系尚不完善，LP（尤其是政府背景的LP）通常希望GP有更多的出资。全国社保基金有关负责人就曾表示，他们希望与其合作的GP，能够兑现一个高于1%的出资比例。在人民币基金的实际募集过程中，有部分GP的出资比例高于1%，比如2%、5%甚至10%。
LP可以在实践中探索比较合适的GP出资比例，在对GP的业绩记录、投资管理能力等各方面综合衡量后作出审慎判断。在判断GP出资的多寡时，既要衡量GP出资的绝对值，也要考察GP的出资占基金总额的比例，以及GP中关键人物个人财产的出资情况。同时，还应当配合使用管理费、投资人顾问委员会等其他关键条款。
因为有限合伙人出资采取承诺出资形式，并不是一次到位的。为避免发生违反有限合伙人出资义务的违约事件，有限合伙协议应明确未能按期出资的违约责任，若出资不能按时到位将承担因此对私募股权基金投资造成的损失甚至对目标公司的违约责任。
一般而言，逾期缴付出资的违约合伙人承担违约责任的方式可以有：
（1）失去在合伙企业中，应由所有合伙人共同表决事项的表决权；
（2）取消其对未来投资项目的投资收益权利，应缴未缴纳的出资部分，以及后续出资额在守约合伙人之间按违约时比例分配；或新的有限合伙人加入，履行了违约合伙人的后续出资承诺；
（3）利润分配中，已有出资部分能分配其应分配的份额，例如约定违约合伙人仅能分配已出资金额对应投资权益的50%，其余50%由各守约方按调整后比例分配。
拟定有限合伙协议时应充分考虑到分期出资的风险性，在一定程度上给予普通合伙人决定出资违约责任程度的自由裁量权，考虑有限合伙投资的灵活性、不可预见性。比如给予普通合伙人从合伙企业整体利益的角度出发独立决定全部或部分豁免违约人的出资义务或违约责任的权利。
通过成立有限合伙企业管理私募基金的目的在于获取投资后带来的资金增值收益，但无可置疑的是，投资本身是存在风险的。这也意味着，在有限合伙协议中明确约定合伙企业的经营范围、投资方向以及每个项目的投资比例显得非常重要。
有限合伙企业私募基金的经营范围通常为投资、投资咨询、投资管理服务等。鉴于投资范围无法穷尽，为能在投资盈利与投资风险中寻找最佳平衡点，合伙协议还应采取限制投资范围的方式控制风险，比如协议约定未经决策机构同意，不得对某一个项目投资超过有限合伙总认缴出资额的20%；不得对外担保；不得举债或是主动投资于不动产或其他固定资产；不得进行需要承担连带责任的投资及法律法规禁止投资的领域。
管理费是GP收入的一项重要组成部分，由GP按照LP对基金承诺资本的比例向后者收取，用来支付GP在基金的运营中产生的费用和成本。
GP与LP在确定运营管理费的收费标准时，需要考虑的因素包括：私募基金的规模、GP的既往业绩、计算基金管理费的基数、给予LP优先回报的标准、在基金存续期间不同阶段是否返还基金管理费以及给予GP业绩奖励的标准等。
就管理费的比例来说，国际上一般在每年1.5%至2.0%之间（在每季度或每年开始时提前支取）。通常新设立的基金收取比例会相对低一些，而一些既往业绩较好的基金则会高一些，可达2.5%。自从金融危机以来，许多LP认为支付GP管理费的成本太高，要求降低管理费比例，如美国新成立的并购基金的平均管理费比例从2008年的1.91%下降到2010年的1.59%。
就管理费的收取方式来说，目前国际上比较常用的有三种方式：
（1）收取固定比例管理费。即在VC/PE基金的整个生命周期，每年/季按LP承诺或者实际出资额收取固定比例的费用。如果按照实际出资额收取固定比例的费用，则在初期资金尚未完全到位时，GP收取的管理费偏少；而在投资期之后，GP收取的管理费则偏高。如果按照承诺出资额收取固定比例管理费的话，则GP收取的管理费总体数额偏高，因此它是LP最为不满的管理费支付方式，采用该种方式的基金越来越少。
（2）管理费比例随基金生命周期递减。在基金存续期间，随着LP最初的承诺资本逐渐以投资回报的方式收回，GP管理的资本量也随之减少；此外，与基金投资阶段相比，在基金收益分配和管理期阶段中GP的工作量是不同的，因此GP收取的管理费按比例减少，但在降低到某个比例后即不再减少。在某个实例中，从基金存续的第5年后，管理费按原始收取比例逐年递减0.2%，但在降低到1.0%后则不再减少。也就是说，如果管理费的原始收取比例是每年2.0%，那么自第5年后每年递减0.2%，到第10年后降低到总承诺资本的1.0%，之后将不再减少。如果GP在募集新基金，他们也可能在现有基金存续期的最后几年免收管理费。
（3）在基金的不同阶段收取不同比例的管理费。基金的生命周期大致可分为两个阶段：投资期和管理期。投资期通常为3—5年，之后即为管理期（一般会在协议条款中注明）。在投资期内，GP按承诺出资额收取固定比例的管理费；投资期结束后，GP按未退出项目的投资额收取固定比例的管理费。这种方式根据基金管理人管理和运作基金的效率，计算相应的管理费，可提高GP的投资效率。
有限合伙制私募股权基金通常每退出一个项目，投资收益即会在普通合伙人和有限合伙人之间进行分配。国际上关于有限合伙制的私募股权基金利润分配，比较通行的做法是：一般先扣除普通合伙人的收益分成，比例约为投资收益总额的20%，剩下来的部分可由各合伙人按实缴出资比例分享。对投资收益以外的收益，按协议的约定进行分配。目前在国内，不少私募股权基金为吸引投资人，采用有效机制确保在有限合伙人收回投资后才可以分配利润，具体有“回拨机制”和“优先回购投资”等方式。
所谓“回拨机制”是建立在私募股权基金每单个项目退出后就分配的前提下，要求普通合伙人从每单个项目获取的收益分配中拿出一定比例，存入以有限合伙名义专门开立的普通合伙人收益分成账户，收益分成账户中的资金用于确保有限合伙人收回其全部实缴出资额，也即作为某些投资项目亏损后补亏的有效方式。当有限合伙取得的现金收入不足以满足分配要求时，此时收益分成账户内资金会进行回拨，直至有限合伙人收回全部实缴出资。如在有限合伙制终止时，若有限合伙人无法收回其全部投资额，普通合伙人应将其从有限合伙中获取的其他收益回拨有限合伙人，直到其能够收回全部实缴出资。在确保有限合伙人收回全部实缴出资的前提下，普通合伙人可以支配收益分成账户的资金。同时若普通合伙人总体平均收益高于约定的有限合伙总体投资收益的25%，超出部分应进行回拨，回拨部分按合伙人的实缴出资比例分配。当有限合伙协议约定募集的人民币基金分配盈利项目时，普通合伙人应留存40%存入收益账户，以弥补可能亏损项目的投资本金。
所谓“优先回收投资”不是就单个项目计算并分配普通合伙人的收益，而是所有项目“一揽子”计算和分配，在分配之前首先要确保投资人已全部回收投资。例如约定投资收益分配顺序为：
（1）投资者取回投入基金的全部出资（投资总成本）。
（2）其余部分由全体合伙人按投资比例进行收益分配。首先计算基金的内部收益率（IRR），如内部收益率不超过8%，则全部投资回报分配给全体合伙人；如内部收益率高于8%但不超过10%，则8%的部分分配给全体合伙人，其余收益分配给普通合伙人；如内部收益率高于10%，则回报的80%分配给全体合伙人，剩余20%分配给普通合伙人。
可见“优先回收投资”不仅确保投资人优先回收投资，而且上述案例进一步确保投资人在取得年回报8%的基础上普通合伙人才可以取得利润分成。
无论是“回拨机制”还是“优先回收投资”，均反映了目前中国普通合伙人在募集资金时为吸引到投资人，在利润分配时所做的妥协与退让，也是较弱势的没有强劲业绩支撑的私募机构经常采用的竞争手段。
在有限合伙企业成立之后，仍有普通合伙人或有限合伙人入伙的可能。普通合伙人新入伙需要全体合伙人一致通过，有限合伙人的新入伙通常由普通合伙人决定，但合伙协议中通常会约定一些限制条件，例如：应在一定的时限内入伙，人数不能超过法定可以另行加入的人数，投资不能超过原定规模，新入伙的合伙权益的价格计算方式或给原合伙人的补偿计算方式，但是有限合伙人的新入伙如果会影响原有决策机制的，则需要全体合伙人一致通过。
而合伙人退伙，《合伙企业法》第四十八条规定了当然退伙的五项法定情形。有限合伙企业往往要求普通合伙人承诺并保证在本合伙企业存续期间不得要求退伙，亦不会采取任何行动主动提议或终止。此外，有限合伙协议中还可以约定，若因发生特殊事件的普通合伙人丧失继续执行合伙事务的能力，代表一定权益比例的有限合伙人可选举新的普通合伙人，只有在新的普通合伙人加入后，原普通合伙人才可以退伙，以防止有限合伙发生管理僵局。对于有限合伙人的退伙，一般也要求全体合伙人一致通过。
关于合伙人转让合伙权益，普通合伙人也受到严格限制，未经全部合伙人一致通过不得转让其持有的合伙企业权益。有限合伙人转让合伙权益也受到合伙协议的约束。例如，某基金规定“有限合伙人入伙本合伙企业1年内，不得转让其在合伙企业的财产份额，期满1年后可以转让，但需提前30日通知普通合伙人。在同等条件下，其他合伙人享有优先购买权。如有两个以上合伙人均欲购买，由这些合伙人协商购买比例；若协商不成，由这些合伙人按原出资比例购买上述股份”。通过一定期限的“锁定期”或设定转让限制条款等方式，对转让进行限制。同时对于非基于合伙人自主意愿的转让，如司法拍卖、政府禁令和自然人的死亡等发生的合伙权益的转移，也应在合伙协议中设定特别的约定予以处理，使其对合伙组织存续的不利影响降低到最低。
约束条款主要是关于有限合伙制私募股权基金中，普通合伙人执行合伙企业事务的限制性规定。约束条款一般包括的内容，除投资方向、比例条款外，还有定期的财务汇报制度，禁止同业竞争、限制关联交易以及基金募集对象方式的限制等规定。
有限合伙人有权查阅及复印有限合伙企业的会计账簿等财务资料，有权得到投资项目的估值报告。合伙协议中通常约定，自有限合伙设立的第一个完整年度结束时起，普通合伙人应当每年定期向全体合伙人提交年度财务报告。合伙企业的财务汇报制度，是有限合伙人对合伙事务享有知情权的范畴。
普通合伙人参与有限合伙企业的具体决策，管理合伙企业。有限合伙协议均禁止普通合伙人从事关联交易，除非得到全体合伙人大会同意。禁止关联交易主要是为了防止普通合伙人利用执行合伙事务的便利，为了自己的利益损害有限合伙及其他合伙人的利益，从而出现道德风险。有限合伙人因其不参与有限合伙的投资决策和经营管理，因而进行关联交易并损害有限合伙及其他合伙人利益的可能性比较小。合伙协议一般不禁止有限合伙人进行关联交易，允许有限合伙人同本企业进行交易、自营或同他人合作经营与本合伙企业相竞争的义务。
为保护有限合伙人利益，私募股权基金可以限制普通合伙人再次募集基金的速度。比如，在有限合伙协议中约定，当合伙企业完成一定比例全体合伙人认缴的出资额投资时，普通合伙人才可以发起设立新基金，且原有限合伙人有权优先认缴。
为防止普通合伙人对项目投入过多个人精力，或者在投资失利时不能客观对待项目及时退出，合伙协议往往会限制普通合伙人跟随基金将自己的资金共同投资某企业，要求全体合伙人一致通过方可投资。同时如果普通合伙人需要出售该投资权益时，也需要全体合伙人一致通过，限制一同投资及出售相应权益。