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在承接国家区域产业集群战略发展目标任务的进程中，长三角区域已逐步形成以上海为中心，以周边地区园区建设为抓手，以组团转移为主要方式的区域产业转移格局。
区域高质量产业体系是长三角地区未来产业发展的重要目标，应围绕制造业产业集群、生产性服务业发展体系、区域协同创新三大方面展开，重点发展先进制造业、高新技术产业、现代金融与物流，加强创新生态环境与产业链融合圈建设，着力构建先进制造业、高新技术产业、现代金融物流等重点产业体系，同时，加强区域创新生态环境建设，着力实现区域产业的融合协同发展格局。
制造业是国民经济的基础，是具有较强上下游产业关联度的支柱产业。制造业发展程度是实现区域经济可持续发展的关键。建设长三角区域高质量产业体系，仍需以先进制造业为牵引，加快工业化进程，加快构建产业体系。一方面，应加大力度重点支持长三角区域传统优势制造业提质增效，特别是加大电子信息、汽车制造、食品加工、装备制造等支柱产业的研发创新力度。加速推动轨道交通、节能环保等优势新兴制造业的产业集约化发展和集群化进程，加快形成长三角区域经济增长的新动能。另一方面，加强区域优质资源整合，依照长三角区域比较优势的差异，加速推动区域间产能转移和承接，加速落后产能淘汰和新旧产品的更新换代，逐步实现长三角区域内先进制造业资源的合理布局。
高新技术产业同样是引领区域经济发展，带动产业链协同创新的关键。上一轮全球化和中国参与国际分工的模式给江浙皖三地带来了对外开放的发展机遇。依照传统全球价值链分工模式，江浙皖三地在劳动密集型和低端制造业领域拥有较大产能。传统分工模式下的路径依赖会进一步造成江浙皖在高新技术产业领域的发展水平和发展能力低于北上广深等国内一线城市。其根本原因在于长三角区域高新技术产业发展相对滞后，特别是区域内部科技成果转化的市场机制缺乏。因此，发展高新技术产业是推动长三角区域产业体系的应有之义。2013年，德国率先提出“工业4.0”概念。随后，以人工智能、机器人技术、虚拟现实、量子信息技术、可控核聚变、清洁能源以及生物技术为技术突破口的第四次工业革命在全球范围内陆续实施。长三角区域建设高质量产业体系应抓住这次“绿色工业革命”契机，重点推进上述能够引领全球高新技术发展方向的产业根植。
金融是现代经济的核心。金融发展是区域经济社会发展的关键要素，同样也是高质量产业体系建设的重要一环。现代金融服务通过资金融通、信用担保、金融扶持、要素资源集聚等多重途径实现区域经济增长和产业结构调整。建设现代金融服务业既是长三角区域建设高质量产业体系的发展目标，也是重要抓手。一方面，提升长三角区域金融自身发展水平。在巩固上海区域金融中心地位，发挥金融资源优势的基础上，以提升地方法人金融机构实力为目标，积极招引金融总部入驻长三角。推动多层次区域资本市场体系建设。构建适应长三角区域产业发展的直接融资市场体系。重点发展以会计师事务所和资产评估以及信用评级等为主体的现代化新型金融中介组织，按照国际专业化金融服务标准，提升长三角区域金融发展竞争力。另一方面，提升金融支持对长三角区域高质量产业体系的服务能力。推广示范上海自贸区金融服务的先进经验范式，加强对重点项目、中小微企业的综合性金融服务。构建区域金融信息平台和金融风险平台。
现代物流业不同于传统的交通运输和物流产业，现代物流业逐步转变为集合运输、仓储、装卸、加工、整理、配送、信息等多重要素的综合服务体系。长三角区域地理位置优越，公路运输、铁路运输、多式联运等现代物流交通基础设施便利。长三角区域发展现代物流业能够加速推进区域内商品流、信息流、资金流、贸易流等多种生产要素的区域整合。同时，加快区域产业体系建设的进程，重点发展现代生产性物流企业集团，加快推动区域供应链物流体系建设，着力将长三角区域打造为承接国内产业集群板块以及“一带一路”国家战略的供应链资源配置中心和管理枢纽。
创新驱动是产业体系建设的基础。产业创新能力是保持产业竞争优势，决定产业盈利能力的关键。
长三角区域的产业高质量发展仍应坚持创新驱动路径，着力在区域创新联盟、创新成果市场化转化以及创新资源共享等多领域实现区域内资源协同。重点发挥长三角区域的创新资源优势，加快提升创新资源引领长三角区域高质量产业体系建设的服务能力。紧盯新一轮科技产业变革发展前沿，在长三角三省一市布局以第四代工业革命为主导的人工智能、精准医疗、虚拟现实、传感控制、新材料制造等创新引领的技术密集型产业。坚持“创新驱动、标准引领、品牌发展、质量为先”，提升长三角区域现代产业的国际竞争力。此外，按照区域国内价值链体系的建设要求，营造以延伸长三角区域产业链为手段，以资源互补、产业协同、地区融合为目标的长三角区域产业创新生态。
加速长三角区域产业链整合进程，推动构建长三角区域国内外价值链，强化长三角区域产业联结度，是实现长三角区域产业体系高质量发展的重点。在外部经济环境日益复杂和国内经济下行压力逐渐增大的现实背景下，长三角区域产业发展从基于外部市场需求的外向型产业发展，转向着力于国内区域价值链分工、服务国内国外两个市场的区域综合价值链体系建设上来。一方面，应以提升产业链垂直整合能力为导向，融合国外高端产业链体系为重点，加强产业链上下游多环节的资源整合和服务配套，破解区域内地区之间要素流动、产业链分工、产业配套、企业关联等核心关键问题。另一方面，加强长三角区域产业链下游服务环节的支撑能力建设。强化长三角区域市场支撑体系建设，支持企业从金融服务、品牌策划、营销渠道、物流配送等多维度整合资源，鼓励龙头企业建立区域性交易平台网络，加快区域产业链融合，增强区域全产业链核心资源的控制力，掌握特定产业的话语权。