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中央环境责任审计联席会议颁布实施了《党政主要领导干部和国有企业领导人员环境责任审计规定实施细则》，这是顺利开展环境责任审计的重要保障。
环境责任审计与其他监督工作大不相同。其他监督工作往往立足于查、立足于管、立足于罚。而环境责任审计是高层次的监督工作，与一般性的审计监督工作不一样，是党管干部在经济领域的具体体现，主要目的是通过审计，立足于规范、立足于整改、立足于提高，以此促进经济社会发展。基于这种认识上的不到位，目前在对审计成果利用方面还存在偏差，主要是环境责任审计成果只是领导决策和干部管理的依据，而不是决策和管理的标准，只能够起到参考性作用，而不具有约束性作用。出现以上问题的原因，主要与民主法制建设和现代经济社会发展的进程有关。实践证明，越是民主法治建设比较完善、经济社会得到发展的地区，环境责任审计就越能够发挥作用，审计成果利用也相对较好。反之，则较差。所以，应加快促进民主法治建设和经济社会发展，有力地发挥审计在国家治理中的作用，以促进环境责任审计成果被更好地利用。各级审计机构还应先行一步、行深一步，努力形成对环境责任审计工作的透彻理解，对环境责任审计严格要求并且不断追求卓越，切不可满足于环境责任审计对接受审计的领导干部下定论、做“鉴定”这些方面的作用，更要逐渐将环境责任审计落脚在“围绕中心、服务宏观、促进发展”这一基本内容上。依据这一基本方向来有计划、有选择、有重点地组织审计工作，将环境责任审计落实在服务经济发展和服务国家治理上，环境责任审计要整合其他审计资源，统一调配人员力量，统一实施审计工作。在审计方式上实现环境责任审计的前移，进一步增强环境责任任中审计的比重。每年年初制订全年审计计划时，注意以安排任中审计为主，尽量避免成批量、超过审计承受力安排的审计任务，争取做到完结一个再安排下一个，在加强计划性的同时保证其质量，将审计一并纳入领导干部的日常管理监督中，从而促进环境责任审计实现常态化。
规范审计报告模式以及审计评价和责任认定。重点把握好几个关键节点，如法律法规适用性、问题处理处罚定性、审计评价等，对环境责任审计的相关事项依据“以权定责、以责定评、以评定审、审评结合的原则”进行客观评价。在审计责任的认定上，对应该由谁负责、应该负什么样的责任，一定要严格按照相关原则进行认定，保证认定过程的科学性、合理性、客观性。审计项目结束后，对环境责任审计相关材料进行整理并且妥善保存，然后将审计结果报告等环境责任审计材料装入干部管理档案、干部考核档案、廉政建设档案和环境责任审计档案，同时输入环境责任审计资料库，便于查找利用和成果共享。进一步提高审计工作的时效性，严格掌握审计程序，坚持数量服从质量的原则，对审计时间长度的把控应该采取一般性原则，一般项目现场审计时间掌握在一个月到一个半月之间，较大的审计项目现场审计时间掌握在两个月内，不出意外最好不要延长审计时间，遇到重大问题和案件线索时现场审计时间顺延。环境责任审计期间可安排召开审计联席会议等，通过召开这些会议对审计过程中遇到的问题进行及时讨论和解决，并分阶段对审计结果的质量进行客观评价，从而有助于总体审计质量的提高。
界定被审计人员的环境责任首先需要确定环境责任的内涵和外延，确定环境责任的性质、类型等，在此基础上才能客观公正地进行任期环境责任审计评价。在进行环境审计时，审计机关应当对被审计单位领导干部履行环境责任时存在的问题及其所应该承担的不同类型的责任进行区分和界定。任期环境责任审计，最重要的是“任期”两个字，要切实把握这个关键因素，从时间上分清前任期与现任期所应负责的环境事项，根据时间节点各负其责。所以在做出审计评价时，要充分考虑宏观环境和客观因素，判断环境责任究竟是由个人主观原因造成的，还是由政策变化、其他干预等客观因素造成的。要探索构建贯穿于环境责任审计全过程的环境责任评价指标体系，确定评价标准。评价标准的来源有很多，比如国家的相关法律法规、方针政策、行业标准等。由于被审计对象所处的行业、部门不同，所涉及的环境责任指标也都不同，难以建立具有统一指标的环境责任审计体系，所以，必须充分考虑被审计对象所处行业部门的性质和环境活动特点的差异性，在构建指标体系的过程中应该结合行业或者单位的实际情况来设计。但是，对每个行业或者单位都单独构建指标体系是不现实的，有些指标属于共性指标，比如有关环境的财务活动的真实性、重大环境决策的合法合规性、领导干部个人廉洁从政情况等。有些指标和被审计对象具体从事的工作息息相关，注重进行“一个对比、三项分析”。“一个对比”就是将领导干部任职期间所在地区的环境指标完成情况与任职初期进行对比，看是否得到了发展，以此评价其任期环境发展责任。“三项分析”就是对环保项目投入情况进行分析、环保资金收支进行分析和环保责任履行状况进行分析，评价其经济可持续发展责任。重点审计重大环保建设项目投资情况，环保资金等各类专项资金的拨付、使用和效益情况，并对其环保支柱项目的规划、投入、规模、效益等情况进行审计调查。
建立健全环境责任审计工作领导小组或联席会议工作机制，有利于充分发挥各成员单位的职能优势，加大对环境责任审计对象的环境责任审计的力度，提升环境责任审计结果运用的程度和水平。成员单位之间应通过联席会议制度加强联系协调，定期或不定期召开环境责任审计联席会议，明确对审计工作的具体要求。以环境责任审计领导小组和联席会议统揽全局、整体推进、指导协调，可进一步加强环境责任审计组织体系，联席会议平台作用将得到较好发挥。通过联席会议协调联动，成员单位各司其职、密切配合、齐抓共管，切实把环境责任审计各项工作落实到位，更有利于进一步加大环境责任审计成果运用的力度。对环境责任审计工作，凡审必报上级领导，特别是对审计中发现的重要事项和敏感问题，应形成专报报送上级领导。
要在全国的审计机关中增加环境责任审计专职人员的数量比例。要想建设高素质的环境责任审计机构，全面提升审计能力，必须以职业化为基础。环境责任审计的目标完成与否及其质量的高低与审计人员的业务能力、职业素质密切相关。具有业务能力、职业素质高的环境责任审计队伍，才能胜任实施环境责任审计。要完善审计职业教育终身培训体系。环境责任审计范围广、涉及的知识面比较宽泛，因此，要求环境责任审计人员不断学习专业知识，增加知识储备，更要准确深入地理解和发挥环境责任审计在国家治理中和作用。环境责任审计过程中，审计人员必须遵守党纪党规，不能有违纪行为发生，不能违反《审计署关于加强审计纪律的八项规定》，应保证环境责任审计在形式上、实质上的独立性。面对目前审计任务繁重和审计人员缺少的矛盾，加上受到机关人员编制的限制，可借鉴目前审计署模式，通过招标建立某些项目社会中介备选库。在具体环境责任审计工作中，必要时可外聘专家协助完成相应的审计工作。审计机关应根据以往外聘人员的工作情况，建立外聘专家人员数据库，通过对外聘专家人员的各项数据的考察来对相关人员是否适合参与环境责任审计工作做出客观评价。同时，审计机关可以在一定范围内共享数据库的数据，以达到信息的最大化利用。
环境责任审计程序分为环境责任审计计划阶段、环境责任审计实施阶段和环境责任审计报告三个阶段。在审计开展时，要注意采取尽可能充分翔实的环境责任审计计划，特别是充分了解背景资料，提前准备相关知识，所有计划都要落实在书面上。在按照环境责任审计计划实施环境责任审计时，要尽量规避审计风险，环境责任审计与财政财务收支审计不能脱节，环境责任任中审计与离任审计不能脱节。在环境责任审计报告中应充分体现以客观独立的第三者身份对领导干部任期内的工作业绩进行科学、公正的审计评价结论，科学认定相关领导干部应承担哪些环境责任以及承担何种类型的环境责任。对审计结果要归档，探索审计结果公开办法，尽量做到成果利用最大化。要明确环境责任审计评价标准，对环境责任设置多层次、全方位的评价指标体系，这些体系的制定和切实执行将使对领导人员的环境责任评价尽可能地正确、客观。审计报告要规范表述，做到结构严谨、措辞妥当、行文规范，确保公正、客观。要在工作中总结经验，以经验提升工作效果，不断提高环境责任审计的水平，以促进国家治理水平持续提高。