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环境责任的审计评价具有狭隘性、局限性。导致这种现象的因素很多，例如审计时间有限、审计手段不够完整、相关审计人员阅历不够丰富并且专业水平不足等。对地区党政“一把手”环境责任的界定有一定的难度，其环境责任的划分界限比较模糊。地区党政“一把手”应该履行的环境责任在当前“党政不分家，有活一起抓”的现实情况下，在民主集中制原则和倡导集体研究、集体决议的要求下，党政的环境责任没有严格、明确的界限。究其原因，是因为当前建设科学、完善、具有可操作性的环境责任评价指标体系是环境责任审计工作中最难、最大的课题。环境责任的界定不明晰，环境责任的内涵不明确，甚至对不同的区域来说这种内涵也都可能不同，尤其是地方党政领导的环境责任随着国家宏观经济政策的调整会不断发生变化。由于审计人员水平层次不同，对被审计领导干部实施审计这一主观行为与这种主观行为所产生效果的认识、判断、评价难以细化成具体的指标，其数据很难做到科学、有效。
审计力量配置根本无法达成审计对象全面覆盖的要求，不利于及时发现和纠正干部任期内存在的问题，个别不履行或不能正确履行环境责任的领导干部犹如漏网之鱼，难以得到应有和及时的惩戒。除了人员少，还有一个重要的原因就是审计人员素质参差不齐。我国目前机关行政人员来源主要有公务员考录、军队转业人员安置、企事业单位调入等。比如军队转业人员，其专业没有设限制，大多数专业干部年龄较大，在学习中就存在着很多问题。随着环境责任审计的推广，环境责任审计职能随之扩大，环境责任审计学科在持续不断发展。特别是从事环境责任审计的相关人员必须持续更新知识，不断提升专业胜任能力。目前，我国审计机关普遍的模式是建立项目组，抽调各级及各部门的业务骨干担任各项目组负责人，但不能保证组内成员水平的层次，再加上人员数量配置受限，势必对审计结果的质量造成一定影响。
联席会议成员之间沟通协调不够，形成合力不强，从而造成了审计结果并没有得到有效利用，影响了审计结果的运用。首先，环境责任审计是环境审计与经济责任审计的融合，但是，在实际运行过程中，环境责任审计与干部监督管理脱节。比如，任中环境责任审计比例偏低，离任环境责任审计比例偏大，导致任中环境责任审计与离任环境责任审计所占的比例出现严重失衡，绝大多数情况都是先离后审，从而无法追究已经离任领导所应该承担的环境责任，同时也难以审查已离任领导的相关信息，审计证据收集难，审计质量会显著下降。其次，环境责任审计时间较长，审计结果公开力度不足，不能满足干部管理监督工作的要求。这些因素都影响到了环境责任审计的利用效果，应该认真对待并加以解决。最后，环境责任审计结果及评价也存在诸多问题，比如在环境责任审计内容上与干部管理监督内容出现脱节，环境责任审计的覆盖面不够广泛，环境责任审计结果对环境责任的说服力不足；环境责任审计内容涵盖期间滞后，环境责任审计时效性较差；环境责任认定和评价标准与干部考核选拔标准并不相同，对环境责任的认定和评价标准千篇一律、千人一面，可操作性较差；等等。