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（1）环境保护的责任
环境保护和资源节约是开展政府环境责任审计工作的目的。在审计过程中，政府作为公众的委托人履行保护环境的职责，同时作为审计主体对各个审计客体开展多方位的环境审计工作。政府作为决策制定者、执行者与环境监管者，对下级单位和企业的环境保护情况进行详细的调查后，评价环境保护结果，并对一些不合规的行为追究确定责任人。
（2）环境政策执行的责任
社会发展和环境保护规划、法律法规与政策制度构成环境政策的三个层级。制定环境政策与环境法律法规的相关政府部门和机关将是执行环境责任审计的主体。对各级政府制定的环境保护政策的合规性、与当地环境的适应性和可行性，以及是否有利于资源长期持续利用等情况，环境责任审计应对环境政策实施审查。
（3）环保资金和项目执行的责任
环境政策的执行包括环保资金使用事项与环保项目的执行。环保资金事项包括资金筹集、分配、管理与投放；环保项目的执行包括环保工程规划与建设、环保部门的运营及管理等内容。政府履行环保项目执行的职责不仅要合理、正确使用环保资金，又要保证环保工程项目顺利实施。在对环保资金进行审计时，严格审查从环保资金的筹集到投放之间的各个环节，确保环保资金切实有效地用于环境治理而非其他与环境不相关的事项，对资金使用的每一环节进行深入、多方位的调查并深究相关问题产生的原因，例如关注环保资金的筹集来源与筹集速度、资金是否被占用或私藏、环保资金分配与使用是否“对症下药”等。在对环保工程项目进行审计时，对环保工程进行实地考察并查看工程记录报告，关注在建环保工程执行进度，对已投入使用的工程，观察其日常运营与管理以及是否能切实改善环境，同时，环保资金项目工程资源应该以最低成本发挥其最大效用。要审核环保工程项目的建设不仅要符合环境政策的制定理念，更要符合“五位一体”战略发展的要求与可持续发展的趋势。
（4）环境监管的责任
环境监测、环境监督和环境管理是环境监管的三个模块，而环境监管是政府职能的一部分。政府在履行环境监管职责时，要缓解经济发展与环境保护之间的矛盾，必须做到事先预测与防范经济发展带来的环境问题，积极制定治理政策，同时对企业进行引导，在适当的时候进行宏观调控。各级党委政府、环境保护部门、环境监察部门、农林水利部门等各个非营利部门认真履行环境监督管理职责，依照环境相关法律与监管制度，做到严格执法、违法必究、监管到位。
环境质量资源具有公共资源属性。协作审计、联合审计和平行审计有利于实现审计资源共享，这三种审计方式将有助于更好地实现环境责任审计。应审计署要求，跨省间的污染可以由两个省的审计组共同协作，执行两省的审计事宜。开展协作审计过程中，审计人员随时保持沟通交流，正确划分两省之间的环境区域，相互借鉴、商讨审计报告意见并提出有利于环境治理的对策与方针。联合审计要求审计部门相对距离较近，并且审计业务有重合交叉的部分，利用地理优势，审计机关之间可以相互合作，共同提高审计质量。因此，联合审计适用于同省或同区域。此外，环境责任审计可以实施跟踪审计，直观地了解当地环境资源利用与治理的情况。一些省份通过前期充分的调研与实践，将审计方案的设计特色化，使审计工作流程更科学，进行时点和区域划分，对审计责任进行准确的定位，在同区域实行统一审计方案并出具统一审计报告。我国物产丰富、资源多样，要全面实施资源环境保护工作，必须扩展审计领域，实现审计的联合协作化。
我国设有的与环境相关的部门主要分为两类。一类是对管理者的监督部门，如环境监管部门、纪律管理部门、干部管理部门和审计监督部门。另一类是环境资金的管理部门，如环保项目资金管理部门。其中环境监管部分设立不同的部门，政府环境责任审计也是分步骤进行。为了使政府环境责任审计的作用发挥到最佳，各部门应在做好各自分工工作的基础上，共同参与、协同合作，形成多元一体化的审计主体。由经济责任审计联席会议的经验可知，政府审计机关引导整合其他审计实施主体，并举行环境责任审计联席会议，对各级政府部门资源进行整合，形成合力，发挥整体优势，提高审计工作效率。在实践中，存在各问责主体因职责分工相互推卸责任的情况，无法将责任落实到个人，问责过程缺乏公开透明，审计结果未被相关单位采纳利用，导致审计流于形式。为了落实问责审计结果，审计主体可将审计报告直接递交至被审计单位，直接指出被审计单位存在的环境治理疏漏与问题，并与相关责任人沟通，提出改进意见。审计机关也可将审计报告直接交给环境监管部门，由监管部门对其依法追究。处理部门整理各环境监管部门问责的结果，随时将处理的情况通过信息渠道或平台向审计机关传递，让审计问责落到实处。纪委监察机关依法履行监察职责，对肆意破坏环境来谋取经济利益的行为严惩不贷。环境监管部门对环境事件责任人给予警告并处以罚款。组织部门将审计结果归档至相关责任人的人事档案中，并作为部门和机关年度考核的依据。审计机关做好审计计划安排，在审计范围内采用适当的审计方法执行审计程序，核查环保部门的财政收支与环境管理情况，客观、公正地将审计结果向社会公众公示。新闻媒体作为重要的信息中介，从侧面作为环境责任的外部监督力量，应及时报道审计进度、情况与问责结果，保证审计结果的公信力。审计人员各司其职又相互配合，使问责过程具备专业化、多方位的特点，提升审计质量和效率，使环境责任审计工作效用最大化。此外，对于相关部门的领导干部滥用职权，必须加大执法力度。对私自挪用环保专项资金的人员，根据金额大小承担相应的刑事责任；对环境信息披露瞒报、谎报、虚报的行为，对责任人实行经济制裁。
环境责任审计归属于审计学，同时也归属于环境管理学，是一项综合性较强的工作。我国环境审计研究时期较短，理论上尚未形成统一体系，环境审计实践由于缺乏理论指导，目前处于探索阶段。将环境责任审计与经济责任审计联系起来，涉及领导干部的切身利益，体现了环境责任审计的重要性并使问责结果更加具体化。环境责任审计评价体系的设定也尤为重要，应选取适当的评价指标，采取适当的评价方式，构建完整的评价体系，对环境政策制定单位、自然资源保护单位、使用单位和环保资金管理部门的业务绩效进行合理评估，并考核领导干部职责的履行情况，为问责结果提供充分的准备。应借鉴经济责任审计方法，事前审计、事中审计与事后审计三步走，依据自然资源的特点采用现代科学技术，全面、准确地评价资源环境现状。
环境管理是环境责任人使用职位的权力对环境进行监管和治理的过程。党政领导干部和环境管理部门负责人通过制定环境政策并安排下级单位采取保护行动（这是人类通过行动对环境产生有利影响的最直接方式）达到可持续发展的目的。环境责任审计是监督领导干部是否履行环境保护这一职责的一种手段和工具，它不在环境管理公权运行系统之中，由于其不会直接参与具体的环境治理工作，所以不具备政府环境行为特征。审计主体独立于审计客体，对环保政策的制定、环保资金的投放、环境治理状况等情况进行考核与评价，以环境资源的可持续发展为出发点，对相关部门和单位提出意见和建议，优化企业环境行为，促进生态文明建设和资源可持续性利用。
根据组织形式分类，可以将政府环境责任的承担主体分为政府领导干部、企业家和社会公众。因此，其环境行为也可分为政府领导干部环境行为、企业家环境行为和社会公众环境行为。政府环境行为具有一定的权威性和约束性，通过制定环境法律法规和相关细则条例制约企业和公众的环境行为。但另一方面，政府环境行为有时是企业和公众环境行为的引导者，指导着两者环境行为的方向。政府领导干部是社会环境的主导者，制定环境政策，其对环境的影响程度最大。因此，政府领导干部是环境责任审计关注的焦点。环境责任审计趋向将环境行为具体人格化，落实到具体的个人，环境治理问题就是管理该区域领导干部的责任。出现环境事故时，必须追究某位领导干部监管不到位的责任。在环境法律法规不健全的情况下，将环境治理人格化，是对之前违法违规行为的惩治、对有危害环境行为动机的警示，使领导干部的行为更加规范，真正达到保护环境、实现生态文明建设的目标。