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正当干细胞研究取得了突破性进展，全球生物科学家为之兴奋不已的时候，出于伦理、宗教的考虑，在汹涌澎湃的干细胞研究浪潮中，出现了许多质疑干细胞研究的声音。其主要认为干细胞研究涉及人类胚胎生命的权利、器官再造等一系列伦理和宗教敏感问题。反对者认为，作为生命体的人类胚胎应该得到保护，非自然的器官乃至生命再造应慎重进行。其中，人类胚胎的伦理地位和克隆人伦理问题是这场伦理争论的两个焦点。
现今，各国对胚胎生命权利的解释及堕胎的立法不尽相同。支持人类胚胎干细胞项目的科学家和政府人士认为，一个仅由百来个细胞组成的早期胚胎不能算是一个“人”，其神经组织还未发育出来，没有知觉更没有意识，并不存在根本性的伦理问题；而且获得并在体外成功扩增早期胚胎细胞与克隆完整的人类个体并无直接联系。如果进行严格管制，完全可以避免克隆人的出现。
联合国大会法律委员会自 2001年以来一直在讨论禁止人的生殖性克隆的国际立法问题，包括中国、英国等国曾提出禁止人的生殖性克隆公约草案，但遭到美国、梵蒂冈等国的反对，他们主张不仅应禁止人的生殖性克隆，而且应禁止人的治疗性克隆。最后于 2005年 2月 18日第 59届联大法律委员会以 71票赞成、35票反对、43票弃权的表决结果，以决议形式通过一项政治宣言，要求各国禁止有违人类尊严和保护生命原则的任何形式的克隆人。中国投了反对票。
回顾各国近年在干细胞研究方面的情况能够让我们明确了解这一点：伦理观念不是左右政府、科学共同体、财团或者个人行为的唯一力量，而且有些时候它算不上决定性力量。以怎样的方式保证我们的伦理观念不至于在与任何利益相遇的时候总是处于弹性更大的一方，这样的伦理才是真实的。在其他情况下，伦理往往只是获得公众支持的说辞而已。
关于人类胚胎的伦理地位——胚胎是不是人的问题，实际涉及关于哪种实体拥有“人”资格的哲学讨论。在这个讨论中，最重要的进展是把生物学意义上的人和人格意义上的“人”区分开来。人是占有空间的一个物体，“把一个实体鉴定为人类的一个成员乃是将其放在分类中的一个具体位置上。通过把一个实体鉴别为人类，表明其具有灵长类动物的特征，诸如长长的肢体、五指（趾）分开的手（脚）以及更多的专门化的神经系统”。但生物学意义上人的定义只揭示了人类存在的某些事实，这样的定义是按照动物形象创造出来的一种存在，它只是描绘了人的模拟形象而不是人的真正形象。但当我们试图理解人与人之间的关系时，或者当我们试图认识我们自己时，这一定义则是毫无价值的。只有人格意义上的人，才能成为社会中道德共同体的一部分。他们是有自我意识的、理性的，是与他人形成社会关系能力的实体。自我意识是作为一个“人”的必要条件，但它尚不足以成为一个“人”的充分条件。作为一个“人”，其不可能是独立的，其意识与自我意识或意识经验的能力（可以理解为对自我经验的觉知能力），是不可能在与他人和社会相隔绝的条件下形成的，即使这个“人”拥有健全的身体和大脑。因此，作为一个“人”，或人的人格生命，至少应该具有生物学、心理学和社会学这样三个层面的意义。
人胚胎干细胞的获得目前有以下 5个渠道
，每个渠道都有伦理质疑的声音。
流产胎儿的原始生殖细胞与人类胚胎干细胞一样，具有多能性。使用流产胚胎涉及类似捐献胚胎的知情同意问题。患者是否真正理解为干细胞研究捐献胎儿组织的含义？通过自愿捐献人工流产胚胎组织中的胚胎生殖细胞，以建立人胚胎细胞系，用于胚胎干细胞研究或临床治疗，这就等同于捐献器官用于器官移植，因此是合乎伦理道德的。而且流产已经发生，与干细胞无关，不存在摧毁活体胚胎的问题，胎儿不是有意产生的，因此避开了损害胎儿生命的嫌疑。但反对以此来源获取胚胎细胞的人认为，某些研究者的行为可能会鼓励女性有意地去怀孕，并可能导致其为研究做出流产的决定。
体外授精技术主要用于不孕症治疗，由于体外授精成功率低，需要从不孕女性体内一次性取出较多的卵，与男性精子在体外授精后形成多个胚胎，除植入子宫的胚胎外，其余冷冻起来以备需要再次植入时用。但如果体外授精成功，则这些冷冻胚胎就成为多余，面临被抛弃和破坏的命运。这里涉及的伦理问题之一与人类胚胎的伦理地位有关，即对胚胎应该具有何种程度的尊重的问题。另外，这些来自体外授精成功后的剩余胚胎，显然只能在得到该胚胎的所有者的知情同意后才能用于干细胞研究。但是，捐献胚胎用于干细胞研究产生了特殊的伦理学问题：捐献者能否知情或捐献者能否充分知情？
在严格控制的条件下，如有充分理由，可用在捐献者知情同意条件下所捐赠的配子，通过体外受精产生胚胎，获得干细胞。与流产的胚胎组织和即将废弃的胚胎组织这两种被动的干细胞来源比较，为研究目的主动创造胚胎来获取干细胞与为生殖目的主动产生一个胚胎是两件完全不同的事。这种胚胎来源提出了同样的胚胎伦理地位的问题。此外，人工制造胚胎还涉及“仅仅把制造和使用人类胚胎当作是实现另外目的手段”的伦理学问题。
用体细胞核移植技术产生干细胞可以提供个性化干细胞，其在遗传上与患者基本相似，用于临床治疗可避免排斥反应。但此方法依然受到人卵细胞供应上的制约。用体细胞核移植技术产生人胚胎干细胞引发的伦理问题，除了人们对胚胎道德地位的损害和工具性处理的反对外，还有对无性生殖和基因工程的安全性质疑，最令人担忧的是胚胎一旦被放入子宫，可能发育出克隆人。
把人的体细胞植入动物的卵泡中产生嵌合体，从而解决了人类卵子有限和获取困难的问题。而对由动物卵代替人卵产生的嵌合体胚胎引发的伦理新问题是：这个嵌合体胚胎的性质是什么？是完完全全的人胚胎细胞吗？如果不完全是人胚胎细胞，由于动物卵泡内线粒体DNA的存在，用于人身上安全吗？动物的卵细胞虽然去掉了细胞核，但还有细胞质，细胞质中的遗传物质是否会和人的遗传物质发生作用，是否会把动物的某些遗传特性或遗传疾病带入人体内？是否会对长远的群体遗传和人类进化产生影响呢？人兽嵌合体的另一个问题是绝不能把这种嵌合体的胚胎植入子宫发育，否则生产出非兽非人的东西，将严重损害人类的尊严。
治疗性克隆是指采用核移植技术，将取自患者自身的体细胞培养出来的胚胎获得干细胞，使干细胞定向发育，培育出细胞、组织和器官用于治疗疾病。生殖性克隆是指出于生殖目的使用克隆技术在实验室制造人类胚胎，然后将胚胎置入人类子宫发育成为胎儿的过程，即我们平常所说的克隆人。
支持治疗性克隆的人认为：一方面，干细胞研究将给患有不治之症的患者带来希望，而要用来治病，则必须采用核移植技术，即治疗性克隆。由于成体干细胞的自身局限性和异体细胞移植产生的免疫排斥反应，使得从其他途径获得的干细胞用于治病都无法达到所需的治疗效果。因此若用于治疗，干细胞必须通过治疗性克隆获得。另一方面，人类胚胎的伦理学地位不妨碍我们实现控制性地利用胚胎用于治病救人的人道目的。根据有利原则，如果克隆出来的细胞、组织或器官可有效治疗严重但目前尚未有相关治疗方法的疾病，将有利于患者、家庭和社会，若相关当事人又知情同意，那么治疗性克隆及其研究在伦理学上是可以得到辩护的。
而反对者则认为治疗性克隆涉及创造并随后毁掉胚胎，而且治疗性克隆方面的技术进步，将会削弱对生殖性克隆禁止宣言的威力，不能在伦理学上得到辩护，即使目的是好的，也不能为这种手段辩护。对治疗性克隆反对最强烈的是来自对人类胚胎的伦理学地位的一种理解。这种理解认为人类胚胎就是人，治疗性克隆要涉及毁掉胚胎，毁掉胚胎就是杀人；或者认为人类胚胎是没有等价的实体，是人类生命的来源和象征，不能作为研究工具。
生殖性克隆的支持者认为：人有生殖自由和生殖权利，因此应该允许当事人将生殖性克隆作为一种辅助生殖技术，解决生殖问题。生殖性克隆可以满足人们的需要，如克隆出一个已经去世的孩子、配偶甚至自己；克隆人可带来巨大效益，如提供可供移植的器官，可帮助研究人类胚胎发育过程等；生殖性克隆不可避免，与其讨论是否应该克隆人的问题，不如早做准备，迎接克隆人的到来。
生殖性克隆的反对者给出强有力的伦理论证，主要有不伤害论证和尊严论证。不伤害论证是一种后果论证。不伤害论证的主要思想是，生殖性克隆这种行动会给克隆出来的人和与之相关的人造成严重伤害：其一，人的生殖性克隆是无性生殖。无性生殖是一种低级生殖方式，在这种繁殖中，不发生基因的交换，而一套不变的陈旧的基因组持续下去，容易发生突变，会对克隆出来的人造成伤害。人的生殖性克隆是否会给克隆出来的人、与之有关的人造成严重伤害，这是一个经验问题和科学问题。我们可从克隆出来的动物的遭遇来对生殖性克隆对人的伤害程度做出判断。克隆动物的科学家所提供的数据表明，克隆动物产生的种种问题不是技术障碍，而是严重的生物学障碍。技术障碍可以改进，而生物学障碍却是无法克服的。通过受精引发的胚胎发育过程与通过核移植技术引发的胚胎发育过程迥然不同。所有克隆动物都有重编程序错误和基因表达异常，并导致胚胎发育异常和幼崽出现严重缺陷等问题。根据人的生殖性克隆可给克隆人造成严重伤害这一论证，可以有力地为克隆人这一行为是错误的、不应该做的伦理判断进行伦理辩护。其二，人的生殖性克隆很可能对克隆孩子造成严重的心理和社会伤害。克隆人与原本人实际上类似同卵孪生，但是时间相隔较长。这样一来，首先造成他／她在家庭中的地位不确定。克隆出来的孩子与原本人是父母与子女的关系，还是兄弟姐妹的关系，与原本人的配偶及子女之间的关系又是如何，都很难界定。在家庭中地位不确定，肯定会给克隆孩子带来持久的苦恼，而其苦恼也必然会引起家庭中其他成员的苦恼，造成家庭问题，更不必说由于头脑中始终想着世界上存在一个他／她的“副本”而引起的苦恼了。
如果上述不伤害论证带有后果论色彩，那尊严论证则带有道义论色彩。其一，人的生殖性克隆与试管婴儿以及其他有关技术迥然不同。后者是辅助生殖，前者是“制造”婴儿。人的生殖涉及“基因重组”，而克隆则是一种无性繁殖，不发生基因交换。人的生殖性克隆发展下去，有可能建立生产人的流水作业线，但人的尊严不允许人像产品一样被制造出来。而婴儿像产品一样被制造和处理，把人客体化或物化，这将进一步形成一个道德滑坡，难以防止各种目的邪恶的克隆行为（如为了获得所需移植器官而克隆一个孩子）出现，从而导致对人的权利和尊严的更加不敬。其二，人们进行生殖性克隆，无非是为了满足个人的心理和情感需求，希望在与克隆出来的人共同生活时重温和其基因组同一的已逝亲人的特殊感情。然而克隆出来的人，仅仅是基因组有同一性，而发育成长的自然和社会条件是无法克隆的，它们是不可逆的、不可重复的，在心理和社会层面不可能具有同一性，因此结果很可能事与愿违。撇开这一点不谈，仅仅为了某个人心理、情感的需要，为了这种同一性而克隆出一个孩子，这是将孩子当作仅仅满足自我需要的手段，而不是目的本身。正是在这个意义上，哈贝马斯说，克隆出来的人是奴隶。其三，在目前的条件下，人的生殖性克隆势必会导致妇女的工具化和客体化（物化）。克隆一个孩子，可能需要数百个卵子，这些卵子从何而来？靠妇女供给。在供不应求的情况下，提供卵子的妇女就可能会产生种种压力，出现供卵的商业化。尤其是对于贫困地区、处于社会边缘的妇女，更容易感受到这些压力。而购买这些卵子用来克隆孩子的人必定是有钱人，这就为资本市场介入提供了机会，人成为买卖的对象。同时，这加剧了社会不公正及贫富两极分化的现象。
生命神圣性原则要求人们尊重生命和尊重人的尊严。在人胚胎干细胞研究带来巨大医疗前景和社会价值的同时，也引发了一系列挑战生命神圣性原则的伦理问题。例如：胚胎的生命权利问题，胚胎和卵细胞的工具化和商品化风险问题，以及克隆技术所包含的人的尊严与特质丧失的风险问题等。
当技术之“代价”反过来作用于技术时，是对技术进行一种什么样的价值评价？是否如恩格斯所说的，人类借助技术对自然进行改造并不断取得成功，但对于每一次这样的成功，自然界都“报复”了我们，或者说这种代价是否意味着一种负面的“报复”？又如人生奋斗付出许多代价后而取得成功，此时则是用欣慰和赞赏的眼光来看待“代价”。当然，两者的区分也在于，前一种代价是“事后性”的且通常是意料之外的，后一种代价则是“事前性”的且是预料之中和心甘情愿付出的。那么，技术的代价更像哪一种呢？还有，我们对于代价的评价通常要与技术所带来的收益进行量上的比较，如果收益大于代价，就对某项技术持肯定态度，反之则持否定态度，这是同质内的量的分析。如支持胚胎研究的人就是以成人的生命价值比胚胎的生命价值大作为辩护依据的。他们认为虽然人类胚胎在一个人的发展过程中占有独特地位，应被赋予一定的生命权利，但绝对不会拥有像成人那么多的权利。因此，若为了某些重要的科学、医学上的知识，或治疗用途上的效益，在有效监管的情况下，胚胎的生命权利是可以被牺牲的。问题是对技术的收益与代价的比较常常是不同质地进行的，从而是不可“计算”的。此时，人们对代价的评价在不同的标准下就会大相径庭。例如，通常认为技术使我们获得物质上的收益而在道德上付出代价，这对于道德至上论者来说无疑是不能容忍的，因此也就成为技术受到批判的重要原因。反对胚胎研究的人认为，人类胚胎没有等价的实体，是人类生命的来源和象征。从囊胚中分离干细胞同时毁灭囊胚的生命，是道德上绝对不可容的行为。但对于追求物质利益或经济发展的人群来说，这并不构成危害，它恰恰是技术与社会“进步”的标志。支持克隆人研究的一个理由就是，克隆人可带来巨大效益，如提供可供移植的器官；可帮助研究人类胚胎发育的过程等。而且从工具主义的角度看，技术所造成的物质利益和对道德、伦理等精神价值产生的影响，作为两个变量，是不可能达到最优化的，获取一个就要在另一个上付出代价，不仅技术在高效率获取物质利益时要付出伦理等方面的代价，而且反过来也一样，要维持伦理的或宗教的目的等这些其他的变量也是要付出代价的，这种代价就是必须降低效率。
对胚胎伦理地位的认识受到了科技发展的影响，然而，究竟是科技发展促进了伦理观念的转变，还是伦理观念因科技的强势和人们对经济利益的考虑而沦为辩护工具？支持胚胎研究的人，将胚胎生命的伦理地位区分于人格意义上的人来为胚胎研究做伦理辩护，规定用于人胚胎干细胞研究的只能是胚胎发育 14天以内的尚无神经系统的胚胎，以表示对胚胎生命给予一定的尊重。然而制造一个胚胎用于研究并最后毁灭胚胎，实际上也剥夺了其发展成为有知觉生命体和有人格意义的人的权利，存在将胚胎工具化的问题。那么，目前作为有力反对人的生殖性克隆的不伤害论证和尊严论证，在克隆技术发展得到突破时，是否也可反过来为克隆人辩护？