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近年来，医学工程化人文困惑问题显著，医患关系日趋紧张。造成这些问题的原因是多方面的、复杂的，许多文章就此展开了充分论述并达成了共识。要消解医学工程化人文困惑，就要分析人文困惑的原因，而人文价值在医学工程化中被丢失是人文困惑的根本。尊重人文价值，发挥其主导医学工程化方向的作用。
英国哲学家图尔明认为，临床知识也是文化知识，医患之间需要共享关于症状的意义、行为和对病因学的理解，这种行为在医生与患者具有不同文化背景的情况下尤为重要。作为医学工作者，他们既面临重建医患之间的信任、掌握与患者沟通的技巧的挑战，他们又需要能理解患者的文化与语言，理解治疗对于患者的价值和意义。医生在借助现代医疗技术对患者疾病进行工程化设计和操作时，首先，要与患者面对面多次就患者疾病情况及关于这种疾病的国内外诊疗现状进行透明交流，为患者做出适合的诊疗方案。这种医患交流应该是真诚、平等、富有情感的，从关爱生命的角度出发，而不是不对称的、劝诱的单方面决定。其次，在医学工程实施过程中，医生要尊重医学伦理制度，尊重患者的尊严，并实时关注患者及其家属所反映的情况，及时反馈相关信息，解除疑虑。最后，在医学工程实施结束后，医生要对整个实施过程出现的情况进行总结，就实施结果与患者及其家属进行交流性评估，对工程后患者的注意事项做出安排，对其恢复情况进行回访。
我国医学界已经开始意识到医学人文精神是医护工作人员的基本素质之一，并开始加强医学人文教育和“人文医学执业技能培训”。培训通过角色互换、案例分析、观摩学习等开放式的学习方式，试图帮助广大医生提高医患沟通技能，掌握以患者为中心的沟通方法。
医学科学具有自主发展的逻辑，但作为社会大系统中的子系统，其不可避免地受到社会其他子系统的影响或制约。医学产生于生产实践中的伤痛、外邪袭击和由疾病引起的同情和怜悯，人类祖先为解除病痛，有神农尝百草一日七十二毒之说，正是基于这种朴素的仁爱情感和献身精神，医学开始孕育，一直为人类的持续繁衍保驾护航，并出现一幕幕白衣天使救治生命的感人故事和杏林、橘井的美好传说。“科学只提供认识手段，而不创造”，但科学的最终目的是造福于人。具有“仁术”之称的医学，更具“以人为本”的人文精神。现代医学模式是生物、社会和人文医学模式，“现代医学不仅是生物技术的医学，同时也是人文社会的医学，是生物技术与人文社会医学的融合”
。传统医学以人为本的人文传统，经历了近现代医学科学化和技术化的洗礼后应当重新得到认同。
现代医学模式不仅重视医疗设备和医疗技术，努力提高诊疗水平，还能够满足人们的情感精神和社会道德需求。医务人员既重视生理、遗传、创伤等因素对患者健康的损害，又重视心理、情绪、社会等因素对患者健康的不利影响和间接损害。这种医学人文精神的重拾，为由医学工程实践引起的人文困惑解除带来了福音。
医学工程化以及由此带来的人文困惑不是一个孤立的问题，其涉及医学、社会、经济、文化以及卫生体制等诸多方面。因此，需要整合预防医学与临床医学、中心医院和基层医院等多种卫生资源参与才有望解决。
首先，通过整合预防医学与临床医学，通过建立健康档案，开展健康教育、早期干预，可以使许多疾病消灭在最初状态，既可以更有效地促进健康，又可以减少医学工程的投入，节约卫生资源。其次，整合中心医院与基层医院的人才和设备，从患者利益出发合理定位两者的功能，特别是提高基层医院满足基本医疗需求的能力，使得首尾衔接，功能互补，可减缓医学工程化的压力，让初级患者得到适时治疗，有效缓解中心大医院医学工程压力，缓解由此产生的人文困惑。再次，促进中西医整合，中西医并重，发挥传统医药维护人类健康的作用。中医体系是经过几千年实践检验的有效的医疗体系，具有安全、简单、有效和价格低廉等特点，在我国医疗体系中占有重要地位。同时，中医体系又是一个提倡人文关怀，倡导“天人合一”的“身心”医学，具有现代医学所不可代替的价值。大力发展包括中医药、民族医药在内的传统医药，发挥其在疾病预防、辅助治疗和愈后保养等方面的巨大优势，可以减少对医院医学工程的依赖，有利于消解医学人文困惑。
现代化引起自然环境和人类饮食结构发生变化，人类疾病谱不断发生变化，由社会因素、心理因素诱发的传染性疾病、精神疾病和各类免疫系统疾病成为医学面临的主要疾病。与之相适应，人类社会的进步也使人们对健康的理解发生了变化——健康不仅是生理上的完好状态，而且是一种在精神及社会生活上的完好状态。在这种情况下，“生物—心理—社会”医学模式开始得到广泛认同。据此，工程化医学在工程目标、设计、实施和评价中就要把心理、人文和社会道德一同纳入其中。既重视物理、生物技术目标，又重视心理、人文和社会道德效应；既重视医疗技术和医疗产品的功能，又重视心理功能；既关注物理、生物方面的致病与治疗因素，又关注社会因素、心理因素在致病和治疗中的作用。
当今医学技术主义盛行，带来了许多危机：医患关系技术化，医学目标经济化，医学价值物质化，等等。这些问题产生的重要原因就是医学价值异化，人文医学价值导向被技术理性所左右。在医学领域加强医学人文教育是纠正这一偏向的有效途径。
科学精神与人文精神是医学不可分割的两个方面。医学是一个科学系统，医学对健康与疾病的认识是一个科学过程，医学对疾病的预防、诊断、治疗是建立在科学基础之上的。因此，从事医学工作的人必须具备科学态度、科学知识与科学精神。同时，医学又面对有感情、有温度、有价值偏向的活生生的人的临床活动，这就要求医学认知体系和操作系统必须具备人文态度，体现人文精神。医学主体务必要加强医学对人文知识的学习，培养医学人文素养，具备医学人文情怀。现代医学模式从生物医学模式向“生物—心理—社会”医学模式转变，体现了科学精神与人文精神并重的理念。
优化医学院校人文课程的设置，成为培养医学生人文精神的迫切需要。要增加人文课程的种类。必修课程应当与医学生培养目标相结合，突出人文社会科学为医学生行医能力服务的目的，对于培养医学生未来从事医学职业的能力大有裨益。选修课程应当与医学生职业道德修养相结合，突出人文社会科学为医学生医学实践活动服务的目的，对于医学生拓宽医学专业知识面具有积极意义。此外，医学人文教育不仅仅针对医学院校的学生，更要渗透到医院临床实践中。在临床实践中开展医学人文教育不仅能够提升医护人员的医学人文素质，而且能够有效引导医务工作者正视医学工作的本质，促进医学回归人文。
对医学生人文精神的培养绝不能局限于人文课程和思想政治课程，医学基础课和专业课教师也肩负着培养医学生人文精神的责任。科学永远不能回答人应当怎样生活，也无法回答人生的意义和目的这类重大问题。要解决这些问题，就必须依赖哲学、伦理学等人文学科。因此，医学基础课、专业课教师不仅要“教书”，还要“育人”，在讲授医学基本概念、理论、技能的过程中，自觉引导医学生树立“以人为本”的价值观、“救死扶伤”的职业观、“全心全意为人民服务”的人生观等。学校社团活动、学生工作要结合医学生的专业特点，吸引医学生积极参与以“人文精神”为主题的活动，使医学生处处感受到人文精神的熏陶，潜移默化到思维和言行中。通过学校高质量的医学人文教育，培养出符合医院医学工程所需要的能自觉抵御技术异化，具备医学人文情怀的合格医生。
消解医学人文困惑不仅要靠医学技术认知，塑造良好的教育环境，培养高尚的医生，而且要对资本与技术进行道德约束和制度管制。
在当今社会里，人类在面对疾病、灾难和死亡时尤其期盼道德良知。医疗救治对每个人应是平等的，不管是医院管理者，还是医学工作者，都应该遵循现代医学的宗旨，发扬救死扶伤的优良传统。社会道德舆论一直是引导人类行为，纠正社会怪象的武器。因此，我们要积极通过社会媒体进行医学技术道德化社会引导，鞭挞不道德的医学行为，宣扬道德行为，让社会媒体担负起关注公民卫生权益、唤起从业者医学道德良知的责任。
市场经济下的医学技术进步需要资本后盾，但要调节资本的无政府状态，使资本更好地服务于医学目标。要以人为本，处处从患者的利益出发，营造良好的医学人文氛围，建立相应制度，才能有效约束医疗资本。
主要有以下五个方面：第一，为资本进入设置最基本门槛，规范资本进入医疗机构范围，规范医院、医生、医学研究机构与资本合作的条件。第二，加强政府的引导与管制，使医疗收费保持合理，改革医疗价格制度，规范医疗服务收费变相涨价的行为。第三，实行关于工作量、医疗质量、社会责任等方面的评价办法，改进医院的奖金分配制度，完善医生工作的激励机制。第四，政府应履行公立医院出资人职责，将医务人员从自负盈亏的桎梏中解放出来，让医生获得合理收入，而不是通过“大处方、大检查”获取创收，更不能依靠“灰色收入”。第五，保持医疗服务的公平性，平民百姓应该是医疗服务的主体，发挥医院公益性机构功能，医院的特许服务只占很小比例。
总之，要消解医学工程化人文困惑，规范资本进入医疗行业，在资本与患者、医生、医院的利益之间需要谋求一个合理的空间。而消除医学技术化和资本化负面效应的根本之道在于，实现技术和资本的道德约束以及严格的制度管理。