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在中医学中，阴阳五行有两个内涵，一个是哲学内涵，一个是医学内涵。
哲学内涵就是人区分事物的一种范畴，事物反映在我们意识中会出现多种形式和属性，其中就会出现阴阳五行这些属性。阴阳是对同一事物中存在的两种相反的功能属性的概括。五行在哲学上首先是一种范畴，金木水火土作为划分万事万物的界定标准，这样划分就可以在事物功能特征方面把握和认识未知事物；五行还是一种关系模型。事物属性和系统万千，中国文化中选择了阴阳五行这两套范畴作为事物的属性，并且还类似西方的原子论，将阴阳五行作为万事万物的起源和根本，不过在哲学层面这一点主要体现为关系模式，阴阳五行是中医学中生命现象关系模式的根本。哲学上阴阳五行还有三个属性：动态性、实体性和全息性。阴阳五行对于人们把握复杂的生命现象的积极作用是值得肯定的，但是中医学中将阴阳五行作为实体和客观真理进行教条化应用的确带来很大的副作用。其实阴阳五行作为纯粹的理论模型完全可以定量化，金木水火土五种范畴生克乘侮发生得到量化，就可以将其所解释的生命现象进行量化，何况阴阳五行本身自带一个模糊的量化用于定性，但是这个尺度由人来直接把握，缺乏第三者在场，因此缺乏证伪性。
医学内涵，就是阴阳五行本身具有病理生理学实体内涵。脏腑阴阳就是脏腑属阴属阳的实体，如心阴、心阳是心的两种功能的实体，并且脏腑阴阳可以进一步进行亚单位划分，如心阴中亦有阴阳。五行在宏观的脏腑系统中没有实体意义，例如我们不能认为心的实体就是火，但是，站在全息的视角下，心属火同时心本身也是由木火土金水五行构成的，有火中火、火中土、火中金、火中水、火中木，这些进一步的五行一定是心火这一总的功能的构成单元。这样划分是不是一种无限呢？理论上可能是这样，但是生命体在空间和时间上都是有限的，时间上的五行定量分类尚难有清晰的思路，但是在空间上，生命到达分子生物学层次已经很难再深入了，就像人体解剖学已经达到了空间的穷尽，分子生物学只不过是深层次的“解剖”，在这一点上全息阴阳五行是可以深入的，只不过阴阳五行不断嵌套迭代，一定在不同层次有着不同的意义。这里值得进一步理解的是，在医学的视角下，分子生物学层次的空间实体的关系模式，也就是从还原返回整体的路径，传统上机械生命论是做不到的，阴阳五行模式是一种有机模型，生命体本身也是一种有机模型，有没有可能跨越微观到宏观的鸿沟呢？
阴阳五行的医学内涵放在目前分子生物学的背景下，还可以有如下一些想象。生物体的机械模型：核酸→基因→氨基酸→蛋白质、各种有机无机分子→细胞→组织→器官→有机体，这个现代生物体的模型各个层次都有阴阳五行，因此，各个层次的阴阳五行都有特定的数量比例关系。各个层次的目的就是生命的目的，低层次的阴阳五行服从高层次的阴阳五行，这样就能与藏象系统对接。在任何生命体中，低层次系统按照生命体的要求逐层推向高级层次，最终形成的生命体是现实的，不同层次之间的连接也是现实的，同一层次不同功能单元之间的连接也是现实的。因此，微观到宏观的跨越只是在理论上没有实现而已，但是仍然有可能从不同层级之间、同一层级不同功能单元之间阴阳五行输入输出的量化关系了解有机体微观到宏观的跨越方式和机制。关于这个问题，在藏象学说中，笔者将尝试演绎一下。
可见，阴阳五行作为范畴，按照康德的观点来看应当属于先验的内容
，可以从哲学走向科学，切合了人类认识事物的规律，这或许正是阴阳五行能够在中医学中成功的关键所在，但后世理学、心学中各自的发明却鲜有在中医学中运用，这是值得进一步思考的问题。