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价值观是人们对事物价值判断的内在依据，根本上是由主体的性质和偏性决定的，但对于人来说，除了本能外还受到社会整体道德意识的选择，具有理性的方面。医学的价值观主要是由医学的目的决定的，维系生命的存在和缓解患者身心痛苦是医学的根本价值观，中医学也是如此，但中西医学在实践中的价值观具有具体的差别。
西方哲学中人们认为永恒不变的本质是世界上最重要的内容，这一点是从空间出发的，以分析、肢解的方式定义静态的本质。追求这些本质贯穿了自柏拉图以来的整个西方哲学和科学进程，而这些本质却一次次被解构。哲学现象学运动最终解构了终极理性，爱因斯坦“相对论”解构了绝对真理，量子理论解构了永恒和必然，可以说整个西方哲学史和科学史就是通过责问自然“人类不自由”的理由而最终导向了人的自由的可能。西方世界观导出的价值观就是理解空间、摆脱空间的束缚而走向独立人格的自由，“人”生的价值就是获得个体的真正尊严。截至目前，西方哲学的终极产品就是融于整体中的充分自由的个人，副产品则是操作空间的现代物质文明。
中医学世界观显然走上了以时间为线索的路径，空间分割不会成为认识论，连续动态现象所演进的关系模式成为认识的重点，关系模式的实现不是由具体实体决定的，而是由关系需求决定的。另外，关系是个网络，需要延展，要延展就需要向外、向上同类相求，这才有了“天人相应”。那么，基于这样的世界观会形成什么样的价值观？“关系”的价值就是对人有利的关系才是价值取向，什么样的关系是值得追求的呢？显然和平、和谐、中和、自然而然的关系才是值得追求的，而这种追求在医学上主要是立足于人的整体性与自然社会环境的同一性前提，这不但有利于人与人良性相处，也有利于人与自然良性相处。而如果是一种不平和的关系，关系体系不稳定就会出现头重脚轻或脚轻头重等问题，这都是极为危险的，会威胁事物存在。因此，也就不难理解中庸、中和、平衡、共赢的关系成为中国传统文化的价值追求。而要达到平衡稳定显然是需要极为复杂的内部关系网络的，简单的系统不但由于缺乏鲁棒性难以稳定，而且也难以形成有效的反馈自稳态。因此，中庸是复杂的、综合的，实现则是多重的。
中国的传统世界观，致力于时间和关系的理解和认识，理解和认识时间导致人们的价值根本是摆脱时间的束缚，摆脱生生灭灭，进入稳固和永恒。例如中医学的医学愿景就是“长寿”甚至“永生”，这一点西医是交给上帝的。副产品则是对生生灭灭的整体预测、宏观把握的能力，这在中国传统的“医学”“运气”“堪舆”“命理”等具体学科中可见一斑。这样的价值观中一个重要缺点就是太过重视整体和长远利益，为了整体的利益牺牲了局部和眼下的利益，没有关照到局部才是孕育变化的母体，最终限制了知识的分化和成长，使系统陷于丧失创新和进化，这种副作用在中医学的发展中是显而易见的。另外，对关系和整体规律的追求，忽略了局部和现实的境遇，没有充分的静态分析，对现象的认识局限于表面。