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大约 20 年前，考古学家设法提取出约 80 个人的DNA，这些人大约是在 4 900 年前于短时间内死亡的，而且被共同埋葬在瑞典西部的一处庄园遗址。 71 这些遗骨属于居住在欧洲最北端地区的农民。他们生活在由分散的农舍组成的小型聚落中，所以，能找到一座埋葬着如此多人的墓葬群是很难得的。科学家在实验室中分析样本后发现，墓中人的祖先一半是新石器时代农民，一半是此前就生活在这里的狩猎采集者。但他们的死因仍然成谜。
在提取古人DNA的过程中，科学家还提取出了他们死亡时血液中微生物的遗传物质。最初研究人员忽视了大量的信息，但在过去的几年间，他们开始分析从古人牙髓中找到的微生物DNA——因为有珐琅质的保护，牙齿一般比骨骼保存得更好。这项研究正开始颠覆我们对新石器时代瘟疫的认知。
当科学家重新分析从庄园墓葬群古代骸骨中提取的DNA时，他们检测到了鼠疫耶尔森菌的踪迹——这也是迄今为止发现的最早的鼠疫耶尔森菌的存在证据。 72 研究人员总结道，在约 5 000 年前一定有过一场瘟疫横扫了瑞典南部，造成大量人口死亡，其中包括埋葬在庄园墓葬群中的人。然而这项发现的意义远远超出了斯堪的纳维亚半岛的范围。科学家用类似的方法检测了亚欧大陆（从如今的德国到俄罗斯的西伯利亚）其他稍晚近一些的古代骸骨中的鼠疫DNA。 73 ， 74 通过对比这些不同菌株的基因组，就有可能计算出它们是在多久以前开始分化的。结果显示，所有不同的鼠疫耶尔森菌样本都源自一个在约 5 700年前传播过它的共同祖先。
证据表明，在不列颠和欧洲西部其他地区约 5 000 前发生的人口锐减，是由一场“新石器时代的‘黑死病’”导致的。但这场毁灭性的瘟疫与 14 世纪的黑死病在一个关键的方面有所不同。鼠疫耶尔森菌直到公元前 1000 年才演化成由跳蚤传播的淋巴腺鼠疫。 75 在那之前，它一直通过打喷嚏和咳嗽传播，人类被其感染的部位是肺。据世界卫生组织（WHO，简称“世卫组织”）称，如果不及时治疗，肺鼠疫会导致几乎所有患病者死亡；相比之下，腺鼠疫的致死率为 30%到 60%。然而，避免吸入鼠疫耶尔森菌还是比防止自己被感染的跳蚤咬到要容易得多，因为跳蚤由屋顶鼠携带，而在中世纪的欧洲，屋顶鼠无处不在。
现在，科学家对于鼠疫在何处首次感染人类已经有了清晰的认知。 76 建立于约 6 000 年前的世界上最早的城镇位于现今乌克兰的基辅和敖德萨。 77 考古学家在那里发现了 15 处属于库库特尼-特里波利文化的“特大定居点”，每一处面积都超过 1 平方公里——相当于约 200 个足球场的大小。 78 其中最大的一个定居点的面积是这个数字的 3 倍，比伦敦金融城稍大，比纽约中央公园略小。这些城镇中有多达 1.5 万名居民，他们住在建于石质地基上、围着抹灰篱笆墙的房子里，房屋呈同心圆状排列，中间有一块很大的空地。 79 考古学家猜测这块开阔区域可能被用于举行仪式、集会或饲养牲畜。 80
库库特尼-特里波利的超大型定居点之所以能够达到前所未有的规模，是因为该地区的黑土非常肥沃。当地居民主要从事小规模作物种植、果树栽培和动物养殖，再辅以狩猎，以此为生。如此一来，他们就会与驯养的禽畜和寄生生物近距离接触。就人口密度和与动物接触的密切程度而言，传播疫病的条件可谓前所未有。借用詹姆斯·斯科特故作正经的调侃，这些定居点可谓“最好的多物种安置营”。此外，它们位于欧洲东南部和欧亚草原的交会处，再考虑到人类定居此地的时间，综合以上种种因素，鼠疫很可能最早就是在这些超大型定居点成为一种能够感染人类的疾病的。
从库库特尼——特里波利的超大型定居点到欧洲东南部，这场瘟疫可能经由长途贸易网络传遍了亚欧大陆——甚至传到了斯堪的纳维亚半岛那样的边远地区。采用定居农业生活方式之后，手工业者制造出更多产品，刚富起来的精英统治者有了足够的资源购买这些产品，相距遥远的人口之间开始产生联系。对于这段时间发生过的长距离贸易，最引人注目的证据是一件珠宝饰品。这件饰品的制作用到了开采于巴达赫尚省（位于现今阿富汗东北部）的青金石，而发现它的地点则在距离该地 5 000 公里的一座位于埃及的，有着 5 500 年历史的考古遗址。 81 地区之间的连通性日益增长，堪称史前时代的全球化。 82 这些地区间关联的网络促使传染病在亚欧大陆传播——正如航空旅行和旅游业助长了新型冠状病毒的传播。
瘟疫会不会是导致 5 500 到 5 000 年前那次人口崩溃的原因？鼠疫耶尔森菌是不是导致修建巨石阵的第一批农耕民族衰落的元凶？在不列颠群岛还未发现任何远古鼠疫耶尔森菌的踪迹，因此我们不能确定。但我们知道，即便在欧洲的偏远地区也存在过鼠疫，而且生活在英吉利海峡两岸的人们彼此之间也互有接触。 83 不列颠是一座岛屿，这可能在一段时间内保护了它免遭病原体的侵袭，但与世隔绝的地理位置终究让此处的早期农业人口在面临来自欧洲大陆的传染病时更加脆弱。公元前2300 年，当埃姆斯伯里弓箭手和他的牧羊人同伴从欧洲大陆来到不列颠岛上时，面对的可能是一片更加空旷的土地，还有来自新石器时代农民极为有限的抵抗。