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毒药-解药模型并非一个单项的过程。尼安德特人也曾在适应性基因渗入的过程中对智人携带的疾病发展出了抵抗力。一名约 10 万年前曾生活在阿尔泰山脉的男性尼安德特人的基因组中包含了来自智人的基因变异，该变异能够增强对病毒感染的免疫应答。 85 但如果适应性基因渗入同时有助于两个物种建立对彼此疾病的免疫力，那么为什么智人得以胜出，而尼安德特人消失了？为了回答这一问题，我们需要考虑气候对传染病传播的影响。
从约 11 万年前持续到约 1.2 万年前的末次冰期让亚欧大陆北部的大部分地区陷入冰封，使尼安德特人难以生存。科学家估计这一时期尼安德特人的人口在 5 000 到 70 000 不等——考虑到从大西洋到西伯利亚都有他们的人口分布，这一数字又显得微不足道了。 86 有证据表明，他们长期进行近亲繁殖，但这一点并不令人意外。对 5 万年前生活在阿尔泰山脉的一名女性尼安德特人进行的DNA分析表明，她的父母是半同胞的兄弟姐妹，而她的近祖中常见近亲交配的情况。 87 对智人居住的非洲而言，末次冰期的灾难性影响远没有那么严重，因为食物仍然充足，气温的下降也使气候变得更加宜居。当现代人类开始走出非洲时，人口有 12 万到 32.5 万， 88 而其基因多样性要比这个数据高出 4 倍。 89 因此，他们对尼安德特人携带的病原体更有抵抗力。
气候还以另外一种方式影响了智人和尼安德特人在面对彼此的病原体时所表现出的生存能力。距离赤道越近的地方，接收到来自太阳的能量就越多，气候就越热，植被往往就更加丰富，从而反哺了更加稠密而丰富多样的动物种群。最显而易见的例子莫过于热带雨林。热带雨林只覆盖了地球表面 5%的面积，却是世界上半数动物的居所。 90 嗡嗡作响的昆虫、啼啸的猿猴、鸣唱的鸟儿，以及偶尔出没的大型猫科动物，都大量地在这里繁衍生息。这些动物身上都伴生着大群微生物，其中一些会引发传染病。绝大多数能够感染人类的疾病是人畜共患的——也就是说，病原体起源于动物，然后跨越物种屏障感染了人类。所以，热带地区繁多的物种多样性意味着，比起温带地区，那里有更多的致命病原体。智人的祖先在非洲生活了数百万年，他们携带的病原体比在欧洲生活了数十万年的尼安德特人要多得多。因此，在尼安德特人对智人的病原体产生耐受性之前，智人就已经对尼安德特人携带的病毒和细菌产生了抵抗力。 91
5 万到 4 万年前，当智人获得对尼安德特人所携病原体的免疫力后，他们终于能够北上迁徙，离开非洲，来到尼安德特人居住的地区，而且不会染上严重的疾病。那个几万年来使地中海东部地区无法居住的诅咒被解除了。我们的祖先深入亚欧大陆，在那里遇到了尼安德特人和丹尼索瓦人。这两个人类种群从未接触过非洲的病原体，也来不及建立起任何免疫力，在不长的一段时间里，他们都灭绝了，取而代之的是新近来到此地，而后无处不在的智人。我们的世界被永远地改变了。它不再像中土世界那样生活着大量的人类种群，而是迅速变成了我们如今居住的这个以智人为主的星球。